کتابخانه حضرت آیت الله العظمی خامنه ای اصفهان در سال 1385 با مساحت حدود 500 متر تاسیس گردید، کتابخانه بصورت مخزن باز است و حدود 43500 جلد کتاب و منبع به زبان فارسی ، عربی، اردو، چینی، لاتین، فرانسوی و با عناوین فقه، اصول، کلام، قرآن، حدیث، فلسفه، عرفان، تفسیر، تاریخ، تاریخ اسلام، روانشناسی، حقوق ، ادبیات فارسی، ادبیات عرب، ادیان، اخلاق و . . . دارد