عنوان
پدید آورنده
موضوع
رده
کتابخانه
محل استقرار
شماره کتابشناسی ملی
شماره
TL51384
زبان اثر
زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن
انگلیسی
عنوان و نام پديدآور
عنوان اصلي
In Vivo Proximity Labeling of Translation Initiation Complexes and Repressive RNA Granules by APEX-Seq
نام عام مواد
[Thesis]
نام نخستين پديدآور
Padron, Alejandro
نام ساير پديدآوران
Ingolia, Nicholas T.
وضعیت نشر و پخش و غیره
نام ناشر، پخش کننده و غيره
University of California, Berkeley
تاریخ نشرو بخش و غیره
2019
يادداشت کلی
متن يادداشت
83 p.
یادداشتهای مربوط به پایان نامه ها
جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن
Ph.D.
کسي که مدرک را اعطا کرده
University of California, Berkeley
امتياز متن
2019
یادداشتهای مربوط به خلاصه یا چکیده
متن يادداشت
RNA localization is a fundamentally important regulatory mechanism for the control of gene expression. I developed an in vivo subcellular RNA proximity labeling technique called APEX-Seq to monitor RNA localization and organization in the cell. In my approach, a proximity labeling enzyme is fused to a query protein and rapidly (<1 minute) biotinylates nearby RNAs in vivo upon addition of a labeling substrate, allowing their subsequent purification and analysis. We show first that APEX-Seq can distinguish the localization of transcripts to different regions of the cell. Further, we can detect the enrichment of specific transcripts in proximity to translation initiation proteins, showing that our system can capture more subtle, RNA-protein localization patterns. Finally, we present a high-resolution time course of protein and RNA condensation into stress induced RNA granules. A powerful aspect of APEX-Seq is the ability to match the spatial transcriptome with quantitative spatial proteomics, allowing for a more complete picture of the spatial landscape of the cell. Additionally, I rationally engineered a split APEX enzyme for conditional spatial proteomics and transcriptomics. I found evidence of unique translation initiation complexes through the use of split APEX on the initiation factors eIF1A/eIF4H, and eIF4A/eIF4B. Overall, these tools open the door for comprehensive and high throughout spatial transcriptomics, and proteomics with subcellular resolution.
اصطلاحهای موضوعی کنترل نشده
اصطلاح موضوعی
Genetics
اصطلاح موضوعی
Molecular biology
نام شخص به منزله سر شناسه - (مسئولیت معنوی درجه اول )
مستند نام اشخاص تاييد نشده
Padron, Alejandro
نام شخص - ( مسئولیت معنوی درجه دوم )
مستند نام اشخاص تاييد نشده
Ingolia, Nicholas T.
شناسه افزوده (تنالگان)
مستند نام تنالگان تاييد نشده
University of California, Berkeley
دسترسی و محل الکترونیکی
نام الکترونيکي
مطالعه متن کتاب وضعیت انتشار
فرمت انتشار
p
اطلاعات رکورد کتابشناسی
نوع ماده
[Thesis]
کد کاربرگه
276903
اطلاعات دسترسی رکورد
سطح دسترسي
a
تكميل شده
Y
