بررسی پروفایل تقویت ژنی و تغییر تعداد نسخه ژن های HER2، FGFR1، MYC، TOP2A، cyclin D1 و ESR دخیل در سرطان اولیه مجرایی زودرس پستان یک جمعیت ایرانی با روش های Real time PCR و FISH
نام عام مواد
[پایان نامه]
نام نخستين پديدآور
اسعد آذر نژاد
وضعیت نشر و پخش و غیره
نام ناشر، پخش کننده و غيره
دانشگاه علوم پزشکی تهران، دانشکده پزشکی
تاریخ نشرو بخش و غیره
۱۳۹۷
مشخصات ظاهری
نام خاص و کميت اثر
۱۷۰ص.
ساير جزييات
جدول نمودار
مواد همراه اثر
سی دی
یادداشتهای مربوط به پایان نامه ها
جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن
دکتری تخصصی PHD
نظم درجات
ژنتیک پزشکی
یادداشتهای مربوط به خلاصه یا چکیده
متن يادداشت
مقدمه و اهداف: تقویت ژنی به عنوان افزایش تعداد کپی یک ناحیه خاص از کروموزوم شناخته می شود. تقویت ژنی یا اختلالات تعداد کپی DNA به طور متناوب در تومورهای سفت مشاهده شده است و عقیده بر این است که به تکامل سرطان کمک می¬کند. بنابراین، تغییرات در تعداد کپی DNA به طور موثری نقش تعیین کننده داشته باشد و ممکن است در مدیریت بیماری از جمله پیش آگهی، پیش بینی و تشخیص حیاتی باشند. از این رو، جای تعجب نیست که طیف گسترده ای از روش-های آزمایشگاهی برای شناسایی این تغییرات تعدا کپی توسعه یافته اند. اهداف این مطالعه، (1) شناسایی تقویت ژنی HER2, TOP2A, CCND1, C-MYC, FGFR1 و ESR1 در سرطان زودرس پستان با استفاده از دو رویکرد تعیین کمیت نسبی qPCR مبتنی بر SYBR Green I، (2) تایید نتایج با روش FISH و (3) بررسی همراهی تقویت ژن های انتخاب شده با مشخصات بالینی و پاتولوژیکی می باشند.مواد و روش ها: سی و پنج نمونه تومور از آرشیو مربوز به بیماران مبتلا به سرطان پستان زودرس انتخاب شدند. برش های نازک حاوی بیش از 85% سلول های توموری برای بررسی تعداد کپی توسط روش های qPCR (E-∆Ct و E-∆∆Ct ) و FISH تهیه شدند. آزمون مربع کای برای مقایسه فراوانی تقویت ژنی بین گروه ها و برای آنالیز همراهی تقویت ژنی با خصوصیات بالینی و پاتولوژیکی استفاده شد. ارزش P<0.05 به عنوان ارزش آماری معنادار در نظر گرفته شد. آنالیز های آماری با ورژن 16 نرم افزار SPSS انجام شد. نتایج: تقویت ژنی HER2، TOP2A، CCND1، C-MYC، FGFR1 و ESR1 به ترتیب در 1/37%، 4/31%، 28/34%، 57/28%، 14/17% و 4/31 % از سی و پنج نمونه مورد مطالعه مشاهده شد. نتایج qPCR به طور معناداری توسط روش FISH (P<0.000) منحنی ROC به ترتیب نشان دهنده محیط زیر منحنی 962/، 980/، 90/، 85/، 83/ و 822/ برای شناسایی تقویت ژنی HER2، TOP2A، CCND1، C-MYC، FGFR1 و ESR1 بود. هر دو روش تعیین تعداد کپی E-∆Ct و E-∆∆Ct همبستگی معناداری دار و ارتباط خطی با روش FISH به عنوان استاندارد طلایی نشان دادند. مقایسه هر دو روش E-∆Ct و E-∆∆Ct نیز نشان داد که هر دو روش محاسبه تعداد کپی دارای همبستگی قوی هستند. همبستگی بین E-∆∆Ct و FISH در محدوده 83-94% برای ژن های مختلف بود (P<0.000). همراهی بین E-∆Ct و E-∆∆Ct در محدوده 90-94% بود. از آنجایی که اطلاعات IHC مربوز به ژن ESR1 در دسترس بود، نتایج روش های qPCR با نتایج IHC مقایسه شد به طوری که نتایج نشان داد که qPCR با روش FISH همبستگی بیشتری دارد و همبستگی qPCR-IHC حدود 80% بود. تقویت ژنی HER2 و TOP2A به طور معناداری با درجه توموری بزرگتر (به ترتیب P=0.023؛ P=0.045)، مرحله توموری بزرگتر (به ترتیب P=0.020؛ P=0.007) همراه بود. تقویت ژنی TOP2A همچنین با سن تشخیص زودتر همراهی معناداری نشان داد (P=0.008). تقویت ژنی CCND1 به طور معناداری با مراحل 1 و 2 توموری (P=0.005)، وضعیت مثبت متاستازی (P=0.042)، سابقه خانوادگی مثبت (P=0.042) و وضعیت ژن C-MYC (P=0.005) همراهی معناداری نشان داد. تقویت ژنی C-MYC با اندازه توموری بیشتر از 2 سانتی متر (P=0.021)، درجه 3 تومور (P=0.018)، مرحله 3 تومور (P=0.032) و وضعیت FGFR1 (P<0.000) رابطه معناداری داشت. تقویت ژنی FGFR1 با اندازه تور (P=0.041) و وضعیت مثبت ER (P=0.042) رابطه معنادار داشت. تقویت ژنی ESR1 با بیان پروتئین ER (P=0.03)، پاسخ مثبت به درمان با تاموکسیفن (P=0.0005)، درجه پایین تومور (P=0.027) و مرحله پایین تومور (P=0.005) همراهی معناداری نشان داد.نتیجه گیری: بررسی تعداد کپی ژن های مورد مطالعه در نمونه های سرطان یک جزء اساسی در تعیین پیش آگهی و مدیریت بیماری است. با توجه به پیامدهای بالینی و مادی تعیین تعداد کپی، تست های دقیق و به صرفه از نظر زمانی و مادی بسیار ضروری است. نتایج ما نشان دادکه رویکردهای به کار گرفته شده مبتنی بر روش SYBR Green qPCR قادر است تعداد کپی نسبی را با حساسیت و اختصاصیت بالا تعیین کند. در مقایسه با روش E-∆Ct ، روش E-∆∆Ct دقت بالاتری از خود نشان داد که علت آن استفاده از ژن رفرنس داخلی باشد هر چند که رویکرد E-∆Ct از نظر زمان و هزینه به صرفه تر است و همچنین E-∆Ct تطابق قابل توجهی با روش FISH نشان داد به طوری که می توان به عنوان یک روش مکمل یا جایگزین برای تعیین تعداد کپی استفاده کرد.. همچنین در روش ریل تایم نسبی از میکرودایسکشن به منظور جداسازی جمعیت خالصی از سلول های توموری استفاده گردد. همچنین نتایج ما نشان دادند که تقویت ژنی ژنهای مورد مطالعه دارای همراهی معناداری با برخی از پارامترهای بالینی و پاتولوژیکی دارند و می تواند ارزش پیش گویی کنندگی داشته باشند. با این حال، برای اینکه بتوان با قاطعیت بیشتری در مورد نتایج این مطالعه ادعا کرد، نیاز است که در مطالعات بزرگتر نتایج تکرار و تایید شوند.
موضوع (اسم عام یاعبارت اسمی عام)
موضوع مستند نشده
تعداد نسخه ژن
موضوع مستند نشده
تقویت ژنی
موضوع مستند نشده
سرطان پستان اولیه
موضوع مستند نشده
سرطان مجرایی مهاجم
موضوع مستند نشده
TOP2A
موضوع مستند نشده
HER2
موضوع مستند نشده
FISH
موضوع مستند نشده
qPCR
موضوع مستند نشده
ESR1
موضوع مستند نشده
C-MYC FGFR1
موضوع مستند نشده
CCND1
موضوع مستند نشده
Real time PCR
موضوع مستند نشده
Gene copy number
موضوع مستند نشده
Gene amplification
موضوع مستند نشده
Early onset breast cancer
موضوع مستند نشده
Invasive ductal carcinoma
نام شخص به منزله سر شناسه - (مسئولیت معنوی درجه اول )