امام خمینی در حمکت و عرفان، شاگرد حکیم شاه آبادی است و به تبع او در باب فطرت نظریه پردازی کرده و نوآوری هایی دارد. امام فطرت انسان را از لوازم وجودی او می داند و آن را متصف به خیریت و نورانیت معرفی می نماید. وی از راه های گوناگون با تمسک به مقتضیات فطرت، به اثبات مبدا، توحید و جامعیتش نسبت به صفات کمال می پردازد. وی همچنین مفهوم ولایت را به فطرت پیوند می دهد و بر اثبات معاد نیز استدلال های مبتنی بر فطرت می آورد. امام درباره انگاره فطری بودن دین نیز نظریه پردازی کرده و تحلیلی از رابطه مجموعه معارف دین از یک سو و فطرت انسانی از سوی دیگر، به دست داده است. در آرای امام خمینی بر فطرت عشق به کمال و تنفر از نقص، تکیه فروان شده است. امام خمینی مباحث مربوط به فطرت را در مواضع پراکنده ای از آثارش مطرح کرده است، اما پژوهش حاضر نشان می دهد که مجموعه این مباحث، در دیدگاه امام خمینی، در قالب یک نظریه نظام مند و سازوار قابل صورت بندی است.