یکی از اتهامات قاضی همدانی، ترویج تعالیم باطنیه، به ویژه باور آنان درباره امام است و مغرضان، ضرورت دستگیری پیر از مریدان را که در آثار قاضی فراوان مورد تاکید قرار گرفته، دستاویز این اتهام نمودند. حقیقت آن است که این دو مفهوم، به لحاظ وجودی مشابهت های فراوانی با یکدیگر دارند، زیرا تصوف و تشیع، هر دو به ساحتی باطنی معتقداند که فراتر از فهم و ادراک ظاهری انسان است و راه یافتن و بهره مندی از آن کار هر کسی نیست. این باور، مستلزم معرفی امام/پیر به عنوان انسان کامل و جانشین پیامبر در هر عصر، و تعلیم حقایق باطنی و تاویل متون مقدس به عنوان مهم ترین منصب امام/پیر ملهم از جانب خداوند، و ضرورت تبعیت کامل از وی از سوی شیعه/مرید می باشد که همگی آنها از سوی اکثریت اهل سنت مردود و غیر قابل پذیرش است.