یکی از مسائل جدید کلامی و نیز یکی از مباحث فلسفه دین، مسئله رابطه دین و اخلاق است. در این مبحث پرسش اصلی متوجه کیفیت رابطه دین و اخلاق از دیدگاه های مختلف معرفت شناسی و روانشناسی و ... می باشد. مرحوم علامه طباطبایی از متفکرانی است که در آثار خود به اجمال یا به تفصیل به این مسئله پرداخته اند. در مجموع میتوان آراء علامه را با در نظر گرفتن جنبه های مختلف مسئله بدینصورت ترسیم نمود: از جنبه معرفت شناسی میتوان ارتباط دین و اخلاق را در دو حیطه مورد نظر قرار داد. در مرتبه نخست از جهت آنجه مفاهیم باید و نباید و حسن و قبح و گزاره های حاوی این مفاهیم، در حوزه دین و اخلاق بدان ناظر می باشند. در این جهت باید گفت هر دو سلسله از مفاهیم و گزاره های حاوی این مفاهیم در حوزه دین و اخلاق، ناظر به حقایق واحدی هستند. بدین معنی که در مورد "باید" و "نباید" نظریه رابطه علّی میان فعل و اثر آن و یا عدم وجود این ارتباط، می باشد. در مورد حسن و قبح، نظریه کمال و نقص نوع یا فرد است. پس بر این اساس می توان گفت از این حیث، بین اخلاق و این جنبه از دین وحدت حاکم است. دومین جهت در جنبه معرفت شناسی مربوط به ارتباط منطقی میان دین و اخلاق است. دین در مقام ادراکات حقیقی، با اخلاق، به عنوان ادراکات اعتباری، دارای ارتباط منطقی و تولیدی نمی باشد. پس میان دین و اخلاق رابطه منطقی (تولیدی) وجود ندارد. از جنبه هستی شناختی باید گفت از طرفی دین(بعنوان متن مقدس)، تنزل یافته یک حقیقت برین در مراتب طولی هستی است. و از طرف دیگر نظام اعتباری اخلاقی در بطن خود قائم به نظام تکوینی و آنگاه تنزل یافته مراتب عالی هستی است. بنابراین باید گفت دین و اخلاق از حیث هستی شناختی، در مراتب عالم هستی، موجود بوجود واحدند و دارای وحدت می باشند. ارتباط دین و اخلاق در منظر روانشناسی در دو جهت قابل بررسی است. در مرتبه نخست در جهت ارتباط ایمان و خلقیات و ملکات نفسانی، که در این حالت بین ایمان و خلقیات رابطه علی و معلولی حاکم است. بدین معنا که ایمان نسبت به اخلاق بعنوان علت ناقصه محسوب می گردد و بستگی خاصی بین ایمان و اخلاق وجود دارد. در مرتبه دوم از جهت رابطه حس پرستش و حس اخلاقی می توان به رابطه آنها پرداخت. در این حالت علامه معتقدند حس اخلاقی منشعب از حس پرستش و از لوازم و آثار آن محسوب می گردد. نظرات علامه در بر دارنده نوعی ارتباط جامعه شناختی نیز می باشد. در این حالت نظر به آثار جامعه شناختی دین و اخلاق است. عقیده بر این است که ثبات و نظم و انتظام در جامعه در سایه دین و اخلاق میسور است. دین و اخلاق هر دو دارای آثار مشترکی در جامعه هستند و از این جهت بین این دو وحدت حاکم است.