Comparison of the expression of non-coding GACAT3 and FTX genes in tissue samples of patients with hepatocellular carcinoma and investigation of the relationship with the presence of HBV
Dissertation
Rana kadhim
Natural Sciences
1401
75p.
cd
M.S.
Cellular and Molecular Biology
1401/04/01
Liver cancer, also called hepatic cancer, is one of the most common cancers in the world. It is the fifth most common cancer in men and the ninth most common in women. It has different origins, either liver or elsewhere that cancerous cells metastasis to the liver. They called primary and secondary respectively. The most frequent liver cancer, accounting for approximately 75% of all primary liver cancers, is hepatocellular carcinoma (HCC).HCC has many different risk factors but among them, viral infection especially HBV and HCV infection has a large share. So, finding exclusive diagnostic and therapeutic targets for both viral and non-viral HCC is so important. LncRNAs as their name suggests are long non-coding RNAs that different studies show their role as biomarkers or therapeutic targets in different types of cancers. Either downregulation or upregulation of these genes’ expressions might be meaningful and important. According to these pieces of information, we have chosen two lncRNA genes to compare their expression rates with each other in tissue samples and with marginal cells. Also, we investigated the role of HBV in regulation of expression of these gens. Samples have been taken from patients with HCC and the samples with or without HBV was approved by pathologists. Quantitative reverse transcription PCR was the main method to measure the expression rates.The results show that the difference in gene expression in tumor and marginal tissue in both genes is significant. The study of gene expression in tumor tissue in the groups that were performed according to age, sex, metastasis, stage of cancer and HBV infection, did not show a significant difference in gene expression. Also, the ROC diagrams of both genes showed that these two genes could not be used as biomarkers.
سرطان کبد یکی از شایع ترین سرطان ها در سراسر جهان است. رتبه 5 در مردان و نهم در زنان. این نوع از سرطان منشأ متفاوتی دارد، چه در کبد شروع شود و چه در جاهای دیگر که سلولهای سرطانی به کبد متاستاز میکنند. آنها را به ترتیب اولیه و ثانویه مینامند. شایع ترین سرطان کبد که تقریباً 75 درصد از کل سرطان های اولیه کبد را تشکیل می دهد، کارسینوم کبدی (HCC) است.HCC فاکتورهای خطر زیادی دارد اما در بین آنها عفونت ویروسی به ویژه عفونت HBV و HCV سهم زیادی دارد. بنابراین، یافتن اهداف انحصاری تشخیصی و درمانی برای HCC ویروسی و غیر ویروسی بسیار مهم است.LncRNA ها همانطور که از نامشان پیداست RNA های طولانی غیر کد کننده ای هستند که مطالعات مختلف نقش آنها را به عنوان نشانگرهای زیستی یا اهداف درمانی در انواع مختلف سرطان ها نشان می دهد. کاهش یا کاهش بیان این ژن ها ممکن است معنی دار و مهم باشد. با توجه به این اطلاعات، ما دو ژن lncRNA را برای مقایسه میزان بیان آنها با یکدیگر در نمونه های بافتی و با سلول های حاشیه ای انتخاب کرده ایم. همچنین نقش HBV در تنظیم بیان این ژن ها بررسی شد. از بیماران مبتلا به HCC نمونه برداری شده و نمونه های با یا بدون HBV مورد تایید پاتولوژیست قرار گرفته است. رونویسی معکوس کمی PCR روش اصلی برای اندازه گیری میزان بیان بود.نتایج نشان می دهد که تفاوت بیان ژن در بافت تومور و حاشیه در هر دو ژن معنی دار است. بررسی بیان ژن در بافت تومور در گروههایی که بر اساس سن، جنس، متاستاز، مرحله سرطان و عفونت HBV انجام شد، تفاوت معنیداری در بیان ژن نشان نداد. همچنین نمودارهای ROC هر دو ژن نشان داد که نمی توان از این دو ژن به عنوان نشانگر زیستی استفاده کرد.
مقایسه بیان ژنهای غیرکد کننده GACAT3 و FTX در نمونه بافتی بیماران مبتلا به کارسینوم هپاتوسلولار و بررسی ارتباط آن با وجود ویروس هپاتیت B
Hepatocellular carcinoma, Hepatitis B Virus (HBV), lncRNA, GACAT3, FTX
کارسینوم هپاتوسلولار، ویروس هپاتیت B، رنا غیر کد کننده طویل، ژن GACAT3، ژن FTX