عنوان

مقایسه ساختاری پروتئین با استفاده از روش‌های مبتنی بر متن

‭۱۰۹۵۰پ‬

per

مقایسه ساختاری پروتئین با استفاده از روش‌های مبتنی بر متن

/صلاح رستمی

: دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر

‮‭۸۶‬ص‬

چاپی

کارشناسی ارشد

رشته مهندسی کامپیوتر گرایش هوش مصنوعی

‮‭۱۳۹۲/۰۶/۳۱‬

دانشگاه تبریز

امروزه شاهد رشد روزافزون توالی‌های ناشناخته و ساختارهای داده‌ای پروتئین در بانک‌های اطلاعاتی مربوطه هستیم که زیست‌شناسان را ترغیب می‌کند با استفاده از ابزارهای تجزیه و تحلیل کارآمد، میان مولکول‌های زیستی بینش زیستی را استخراج کنند .مقایسه‌ی ساختار پروتئین و ترازبندی از ابزارهای مهم در مطالعات زیست‌شناسی جهت پیدا کردن ارتباط مابین پروتئین‌ها است .ترازبندی چندگانه ما بین رشته‌های زیستی مانند پروتئین، ‮‭DNA‬ و ‮‭RNA‬ یکی از کارهای مهم در زمینه بیوانفورماتیک و تجزیه و تحلیل رشته‌ای است .این ترازبندی ممکن است حاوی اطلاعات بسیار مهمی برای دانشمندان جهت پیش‌بینی ساختارهای رشته‌ای باشد .تعیین روابط تکاملی بین آن‌ها می‌تواند مفید باشد .متأسفانه همترازی چندگانه یک مسئله ‮‭NP‬ کامل است .علاوه بر این فقدان یک روش معتمد برای ترازبندی رشته‌ها و ارزیابی آن، مسئله را دشوارتر کرده است .در این پایان‌نامه یکی از جدیدترین و قویترین الگوریتم‌های هوش جمعی یعنی الگوریتم پرنده فاخته جهت همترازی چندگانه مورد استفاده قرار داده‌ایم .جهت تعمیم الگوریتم فوق آن را نیز با الگوریتم جستجوی محلی سرد شدن تدریجی فلزات ادغام نموده‌ایم .نتایج به‌دست آمده نشان می‌دهد که همترازی چندگانه با استفاده از این الگوریتم به نسبت روش‌های مشابه، نسبتا بهتر است .معیار ارزیابی نیز امتیاز حاصله از جمع ستونی کلیه زوج رشته‌ها است که بیانگر کیفیت ترازبندی ایجادشده است

Complete. In addition, the lack of a reliable method makes it very hard to align the sequences reliably and to evaluate the alignment outcomes. In this disseration, I use one of the newest and strongest Swarms Intelligent Algorithms, ie, cucko optimaziation algorithm (COA) for aligning of multiple sequence alignment (MSA). To generalize the above algorithm with a local search algorithm, we have incorporated Simulated Anneling (SA). Results indicate that the multiple alignment algorithm using the same methods, is relatively better. The rating also reflects the quality of the assessment criteria is sum of pair (sop) Alignment is created -Today, rapidly growing amount of unknown sequences and structures data of protein databases has motivated biologists to derive biological insights among these biomolecules through efficient analysis tools. Structural comparison of proteins is an important tool in structural biology to study relationships between proteins.Aligning multiple biological sequences such as protein sequences or DNA/RNA sequences is a fundamental task in bioinformatics and sequence analysis. These alignments may contain invaluable informationthat scientists need to predict the sequences' structures, determine the evolutionary relationships betweenthem is useful. Unfortunately, multiple sequence alignment (MSA) is NP

رستمی، صلاح

بالافر، محمدعلی، استاد راهنما

کریمیان، قادر، استاد مشاور

سیاه و سفید

نمایه‌سازی قبلی