عنوان

شناسایی پلی مورفیسم نوکلئوتیدی برخی ژنهای مرتبط با چربی و ارتباط آن ها با صفات لاشه در بره‌های افشاری و آمیخته‌های افشاری‌ برولا مرینو با استفاده از روش بیزی

‭۱۶۷۸۸پ‬

per

شناسایی پلی مورفیسم نوکلئوتیدی برخی ژنهای مرتبط با چربی و ارتباط آن ها با صفات لاشه در بره‌های افشاری و آمیخته‌های افشاری‌ برولا مرینو با استفاده از روش بیزی

/رحیمه سپهری

: کشاورزی

، ‮‭۱۳۹۵‬

چاپی

دکتری

علوم دامی گرایش اصلاح نژاد دام

‮‭۱۳۹۵/۱۱/۱۹‬

تبریز

گوسفند افشاری جزء گوسفندان سنگین وزن ایران بوده که از لحاظ تولید گوشت اهمیت زیادی دارد .برای افزایش بهره‌صوری در سال ‮‭۱۳۸۶‬ در دانشگاه زنجان با اقدام به انتقال ژن چندقلوزایی ‮‭(FecB)‬ از گوسفند نژاد برولامرینو به نژاد افشاری و ایجاد آمیخته‌صهای افشاری ‌ برولامرینو، در واقع ترکیب ژنتیکی جدیدی ایجاد شد .تحقیق حاضر، با هدف شناسایی چندشکلی‌ص‍)های (تک نوکلئوتیدی در برخی ژصن‌صهای کاندیدای مؤثر بر چربی لاشه در بره‌صهای این ترکیب ژنتیکی جدید) آمیخته‌صهای افشاری‌ برولامرینو (و نیز بره‌صهای خالص افشاری و تأثیر آن بر برخی صفات از جمله صفات لاشه انجام شد .جهت اجرای تحقیق حاضر از ‮‭۱۳۳‬ رأس بره تقریبا هم سن ‮‭(۱۱‬ ماهه (در دوگروه آمیخته افشاری) نسل اول تلاقی برگشتی نژاد افشاری با آمیخته های افشاری‌ برولا مرینو یا ‮‭B۱)‬ و افشاری استفاده شد .صفات مورد بررسی عبارت بودند از :صفات لاشه) وزن لاشه، ران، سردست، قلوه‌صگاه، گردن، راسته، دنبه و ضایعات(، اندازه‌صهای بدن) ارتفاع جدوگاه، طول بدن و دور سینه (و داده‌صهای سونوگرافی چربی پشت) ضخامت چربی پشت، عمق عضله راسته و سطح عضله راسته بین دنده ‮‭۱۲‬ و .‮‭۱۳)‬ در مورد بره‌صهای افشاری، امکان کشتار بره‌صها وجود نداشت .لذا از این بره‌صها تنها برای شناسایی چندشکلی استفاده شد و داده‌صهای فنوتیپی مربوط به بره‌صهای ‮‭B۱‬ می‌صباشد .پس ازاستخراج ‮‭DNA‬ از نمونه های خون، تکثیر نواحی موردنظر از هریک از ژن‌صها انجام شد .شناسایی چندشکلی صدر نواحی موردنظر در ژن‌صهای‮‭GH‬ ، ‮‭DGAT۱‬ و ‮‭TRIB۳‬ به روش توالی‌صیابی مستقیم و در ژن‌صهای‮‭LEP‬ ،‮‭FABP۴‬ ،‮‭FASN‬ ، ‮‭SCD‬ و ‮‭PPAR‬به‌صروش ترکیبی توالی‌صیابی- هضم آنزیمی محصولات تکثیر شده انجام شد .محاسبه فراوانی های آللی، ژنوتیپی و بررسی وجود تعادل هاردی- واینبرگ در هر یک از ژن‌صها به کمک نرم افزار ‮‭Popgene V=۱.۳۲‬ انجام شد .برای بررسی ارتباط چندشکلی‌صهای مشاهده‌صشده با صفات موردنظر ابتدا محتمل‌صترین مدل آماری برای هر یک از صفات به‌صروش بیزی‮‭(BMA)‬ شناسایی و تعیین شد .سپس تجزیه واریانس داده‌صهای فنوتیپی و ژنوتیپی در نرم‌صافزار ‮‭SAS(v.۹.۲)‬ صورت گرفت .مقایسه میانگین‮‭SNP‬های معنی‌صدار نیز به روش توکی-کرامر انجام شد .براساس نتایج به‌صدست آمده، در ژن‌صهای ‮‭LEP‬ و ‮‭TRIB۳‬ به ترتیب دو و یک چندشکلی در نواحی اگزون ‮‭۳‬ و ‮‭۲‬ در ژن‌صهای‮‭FABP۴‬ ، ‮‭GH‬ و ‮‭DGAT۱‬ به‌صترتیب در نواحی اینترون‮‭۲‬ ، ‮‭۳'UTR‬ و ‮‭۵'UTR‬ یک چندشکلی شناسایی شد .در ژن‌صهای‮‭PPAR‬، ‮‭FASN‬ و ‮‭SCD‬ چندشکلی در نواحی مورد بررسی مشاهده نشد .در ژن‮‭LEP‬ ، چندشکلی ‮‭c.۵۸۷G>A‬ با صفات وزن لاشه و وزن گردن (=‮‭(۰۳/۰p‬ چندشکلی ‮‭g.۳۸۲۶C>A‬ که برای اولین بار در ناحیه اینترون ‮‭۲‬ ژن ‮‭FABP۴‬ شناسایی شد، با صفت وزن قلوه‌صگاه (=‮‭(۰۳/۰p‬ ارتباط معنی‌صداری نشان داد .در ژن‮‭GH‬ ، چندشکلی ‮‭g.۲۸۸۱_۲۸۸۲insA‬ با صفات عمق عضله راسته (=‮‭(۰۵۶/۰p‬ و وزن ضایعات (=‮‭(۰۷۵/۰p‬ ارتباطی نزدیک به معنی‌صداری نشان داد .در ژن ‮‭DGAT۱‬ چندشکلی ‮‭g.۱۲۷C>A‬ ارتباط معنی داری با وزن ران (=‮‭(۰۴/۰p‬ و در ‮‭TRIB۳‬ چندشکلی ‮‭c.۲۳۸A>G‬ با وزن دنبه (=‮‭(۰۳۷/۰p‬ رابطه معنی‌صدار و با وزن لاشه (=‮‭(۰۸۳/۰p‬ ارتباطی نزدیک به معنی‌صداری داشت .در کل، با توجه به یافته‌صهای این پژوهش، به نظر می‌صرسد پس از بررسی چندشکلی در این کدون‌صها در سطحی وسیع‌صتر و در صورتی‌صکه نتایج این پژوهش در آن سطح نیز تأیید گردد، بتوان از این چندشکلی‌صها به عنوان نشانگر مولکولی برای صفات لاشه در انتخاب به کمک نشانگرها استفاده کرد

Boorola Merino crosses were used. Phenotypic traits considered were carcass traits (weight of carcass, thigh, shoulder, flank area , neck, sirloin and waste (tail, back and visceral fat), ultrasonographied traits (back fat, loin muscle depth and loin muscle area) and biometrical traits (height at wither, body length, heart girth) in cross lambs. Afshari lambs only were used for identification of SNPs. DNA was extracted using phenol-chloroform procedure from all the samples. Then, using designed specific primers, the target DNA was amplified with PCR procedure. Identification of potential SNP(s) were done with direct sequencing method for some genes namely GH, DGAT1 and TRIB3 and in other genes using sequencing-RFLP procedure. To assess association of SNPs with traits, first, we identified most probable statistical model in each trait with bayesian model averaging (BMA) approach. To do this, we used BMA package (bic.glm function) in R software (v.3.3.1). Then analysis of variances were done with Mixed proc in SAS(v.9.2). The least square means comparison in significant SNPs was done using tuckey-kramer method. According to the results, two SNPs in exon3 of LEP, one SNP in exon2 of TRIB3, one SNP in intron2 of FABP4, one SNP in 5'UTR of DGAT1 and two SNPs in 3'UTR of GH Genes were detected. There were no SNPs in targeted area of PPAR ,SCD and FASN genes. The missense polymorphisms in LEP (c.425G>A and c.587G>A) leads to amino acid arginine/glutamine change at codon 142 and 196, respectively. c.587G>A were associated with carcass and neck weights (p<0.05). Identified SNP in TRIB3 gene lead to amino acid serin/ Glysin change at codon 80 of the gene and was shown significant effect on fattail weight (p<0.05) in studied lambs. The SNP (g.3826C>A) in intron 2 of FABP4 had significant association with flank area weight. One of the identified SNPs in GH gene (g.2881_2882insA) had association (close to significant) with ULMD (p=0.056) and waste weight (p=0.075). Finally g.127C>A in DGAT1 had significant effect on femur weight (p<0.05). Therefore, based on the results obtained and the variations observed in some previous studies, if the changes associated with these traits be confirmed in next studies, these polymorphisms could be used in marker-assisted selection in breeding programs‌Afshari sheep is one of the heavy weight breed in Iran, and regarded as important breed in terms of meat production. In order to increase productivity in this breed, The FecB gene from Booroola Merino sheep was introgresed to this breed in University of Zanjan in 2007. Following the introgression of the gene (FecB) to Afshari breed, Afshari- Booroola Merino crosses were developed as a new genetic combinations. This study aimed to identify single nucleotide polymorphisms (SNP) in 8 fat related candidate genes (LEP, FABP4, DGAT1, GH, FASN, PPAR, SCD and TRIB3) and their association with carcass treats in male Afshari and cross lambs. To achieve this, 133 lambs at nearly the same age (11 months) in two groups of Afshari breed and Afshari

سپهری، رحیمه

علیجانی، صادق، استاد راهنما

شجاع غیاث، جلیل، استاد راهنما

هرکی نژاد، محمدطاهر، استاد راهنما

رافت، سید عباس، استاد مشاور

سیاه و سفید

نمایه‌سازی قبلی