عنوان
پدید آورنده
موضوع
رده
کتابخانه
محل استقرار
۹۷۹۸۲پ
فارسی
بررسی ژنتیکی 10 شجره دارای سندرم ژوبرت به روش Whole Exome Sequencing و تایید مولکولی یافته ها در سطح شجره
[پایان نامه]
آرزو کرم زاده
دانشگاه علوم پزشکی تهران، دانشکده پزشکی
۱۴۰۰
۳۰۰ص.
سی دی
دکتری تخصصی(PHD)
ژنتیک پزشکی
۱۴۰۰/۱۱/۱۰
مقدمه: سندرم ژوبرت (JS) یک اختلال مژگانی نادر با توارث مغلوب است که شیوع آن 1 در هر100.000 تولد تخمین زده می¬شود. البته این نرخ در جوامع با میزان بالای ازدواج خویشاوندی بالاتر پیش¬بینی می¬شود. مشخصه اصلی شناسایی آن، مشاهده علامت مشابه با دندان مولار (MTS) در مقطع آگزیال MRI کرانیال است و از دیگر ویژگی¬های نورولوژیک عمومی تاخیر تکاملی، ناتوانی ذهنی و هایپوتونی پیشرونده بسمت آتاکسی می¬باشد. درگیری متغیر شبکیه، کلیه¬ها، کبد و یا تغییرات اسکلتی در JS، منجر به همپوشانی بالینی چشمگیر این سندرم با اختلالات مژگانی و غیرمژگانی دیگر شده، لذا تشخیص بیماری با چالش مواجه می¬گردد. تاکنون حدود 40 ژن کاندید برای بیماری JS شناسایی شده است که عامل بیماری در حدود 60 درصد از موارد می¬باشند. در JS به دلیل هتروژنی لکوسی و فنوتایپی قابل توجه، شناسایی ژن درگیر و واریانت بیماری¬زا، ضمن بهبود تشخیص کلینیکی، می¬تواند در تعیین دقیق¬تر نوع بیماری، پیش آگهی سیر بیماری، پیش بینی پایش¬های بالینی مورد نیاز، شناسایی افراد در خطر خانواده و همچنین برنامه-ریزی درمانی موثر واقع شود. بکارگیری تکنیک¬های مبتنی بر نسل جدید توالی¬یابی (NGS) از جمله توالی-یابی کل اگزوم (WES) که امکان بررسی همزمان تعداد نامحدودی ژن را فراهم می‌کنند، گزینه مناسبی جهت بررسی ژنتیکی بیماری¬هایی با هتروژنی لکوسی بالا همچون JS بشمار می¬روند. مطالعه حاضر نخستین مطالعه در ایران با هدف ارزیابی کارایی روش WES در شناسایی عامل بیماری در گروهی از بیماران مبتلا به JS می¬باشد. مواد و روش¬ها: معیارهای ورود به مطالعه تشخیص نمای MTS یا ناهنجاری¬های مشابه، در MRI کرانیال بیمار در کنار مطابقت علائم بالینی نورولوژیک با JS می¬باشد. بر این اساس 12 خانواده جهت ارزیابی انتخاب شدند. علاوه بر این، یک خانواده با وجود عدم دسترسی به MRI پروباند، برمبنای یافته¬های CT اسکن مغز و همخوانی بالای یافته های بالینی با JS و خانواده¬ای دیگر نیز پیرو شناسایی واریانتی نول در یکی از ژن¬های شناخته شده JS در داده¬های ژنومی فرزند مبتلا به نقص ایمنی، وارد مطالعه شدند. نمونه DNA ژنومی پروباندهای 14 خانواده مذکور، به روش WES مورد توالی¬یابی قرار گرفتند. پس از پردازش داده¬های خام فایل FASTQ، فایل اکسل حاوی واریانت¬های annotate شده بدست آمده، تحت مراحل مختلف فیلترینگ و اولویت¬بندی واریانت¬ها (variant prioritization) قرار گرفت. پس از شناسایی واریانت احتمالی عامل بیماری و تایید مطابقت تشخیص ژنتیکی با علائم بالینی پروباند توسط پزشک متخصص، حضور واریانت مذکور با روش مولکولی دیگری در شخص بیمار تایید گردید. سپس جهت تعیین الگوی Segregation، والدین پروباند، دیگر افراد مبتلا و برخی از افراد سالم خانواده نیز به روش PCR-Sanger sequencing ارزیابی شدند. سرانجام طبقه¬بندی واریانت¬ها از نظر احتمال بیماری¬زایی، بر مبنای شواهد بدست آمده از هر واریانت و بهره¬مندی از دستورالعمل ACMG، صورت پذیرفت. یافته¬ها: در مجموع 14 خانواده مورد مطالعه، 14 آلل جهش یافته مختلف، همگی با ژنوتایپ هموزیگوت شناسایی گردید که 8 مورد آن¬ها جدید بودند. همچنین 10 مورد آن¬ها طبقه¬بندی Pathogenic، 1 مورد طبقه¬بندی Likely pathogenic و3 مورد طبقه¬بندی VUS داشتند. در دو خانواده با شناسایی واریانت¬هایی پاتوژنیک به ترتیب در ژن PEX1 و دمین خاصی از AHI1، ابتلای پروباند¬ها به سندرم زلوگر و فنوتایپی جدید و متفاوت از JS مورد تایید قرار گرفت. در 12 خانواده باقی مانده، واریانت عامل بیماری در 9 خانواده شناسایی شد و بازده تشخیصی مطالعه 75% محاسبه گردید. نتیجه¬گیری: در مطالعه حاضر کارایی توالی¬یابی اگزوم در شناسایی واریانت¬های جدید، افزایش گستره جهش¬های شناخته شده در JS، شناسایی ژن جدید، فراهم نمودن شرایط برای آنالیز مجدد داده¬ها در بیماران فاقد تشخیص ژنتیکی و همچنین در تشخیص افتراقی JS از اختلالات همپوشان از نظر بالینی چون سندرم زلوگر به وضوح اثبات گردید.
سندرم ژوبرت
توالی یابی اگزوم
تغییر ژنتیکی (واریانت)
بيماري زا
احتمالا بيماري زا
بيماري زايي با اهميت نامشخص
Pathogenic
Likely pathogenic
Uncertain significance
Whole Exome
Sequencing
تایید مولکولی
، پدیدآور
کرم زاده، آرزو
، استاد راهنما
کرامتی پور، محمد
دانشگاه علوم پزشکی تهران، دانشکده پزشکی
ایران
20230205
۲۲۷۹ف
دانشگاه علوم پزشکی تهران، کتابخانه دانشکده پزشکی
p
TF
92029
a
Y
