شماره کتابشناسی ملی
شماره
۲۰۵۵پ
زبان اثر
زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن
per
عنوان و نام پديدآور
عنوان اصلي
بررسی تنوع نوکلئوتیدی ژن های مقاومت به زنگ زرد (Yellow rust) در ارقام مقاوم و حساس گندم نان
نام نخستين پديدآور
/الناز عبداله زاده
وضعیت نشر و پخش و غیره
نام ناشر، پخش کننده و غيره
: کشاورزی
مشخصات ظاهری
نام خاص و کميت اثر
۱۰۹ ص، جدول، نمودار، عکس، لوح فشرده
یادداشتهای مربوط به نشر، بخش و غیره
متن يادداشت
چاپی
یادداشتهای مربوط به کتابنامه ، واژه نامه و نمایه های داخل اثر
متن يادداشت
واژه نامه بصورت زیرنویس
متن يادداشت
کتابنامه ص.: ۱۰۱-۱۰۷
یادداشتهای مربوط به پایان نامه ها
جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن
کارشناسی ارشد
نظم درجات
مهندسی کشاورزی- بیوتکنولوژی
زمان اعطا مدرک
۱۳۸۸/۰۶/۲۵
کسي که مدرک را اعطا کرده
تبریز
یادداشتهای مربوط به خلاصه یا چکیده
متن يادداشت
زنگ زرد گندم توسط قارچ Puccinia striiformis Westend f.sp.tritici ایجاد می شود و از عوامل عمده کاهش دهنده عملکرد کمی و کیفی گندم بویژه در مناطق سرد و مرطوب می باشد .در این مطالعه تغییرات ساختاری و تنوع نوکلئوتیدی برخی از ژن های مقاومت به زنگ زرد در هفت ژنوتیپ گندم نان با درجات متفاوت مقاومت به زنگ زرد بررسی شد .ژن های مقاومت به زنگ زرد با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده بر اساس توالی های موجود در بانک های اطلاعاتی تکثیر شدند .قطعات تکثیری پس از اتصال به حامل پلاسمیدیpTZ۵۷R/T ، در باکتری E. coli همسانه سازی و سپس توالی یابی شدند .هم ردیف کردن توالی های تکثیری حاکی از وجود تغییرات نوکلئوتیدی در بین ارقام بود .در توالی های تکثیر شده در برخی از ژن ها تشابه بالایی میان ژنوتیپ ها مشاهده شد ولی در برخی از توالی ها تفاوت قابل ملاحظه ای بین ژنوتیپ ها وجود داشت .بررسی جهش های نقطه ای مشاهده شده نشانگر وجود جایگزینی های همجنس و ناهمجنس در توالی های مورد بررسی با میزان متفاوت بود .حذف و اضافه شدگی در برخی از توالی ها از نظر آماری معنی دار و جزو جهش های تأثیر گذار در تفاوت بین ژنوتیپ ها بود .در کلیه قطعات تکثیری) بجز قطعه تکثیر شده از ژن Aegilops tauschii beta ۱ proteasome توسط جفت آغازگرF/R) - Aeg beta ۱ ۳توالی های حفاظت شده ای در طول قطعات تکثیری مشاهده شدند که فاقد تغییر و یا تغییر بسیار اندک بودند .بررسی توالی اسید های آمینه حاصل از ترجمه توالی های نوکلئوتیدی، تفاوت در تعداد جایگاه های دارای تغییرات مشابه و نامشابه را نشان داد و بر اساس پارامتر D مشاهده شد که تغییرات نامشابه در برخی از توالی ها تحت تاثیر گزینش واقع شده بودند .نتایج مربوط به محاسبه میزان جایگزینی های مشابه (Ks) و میزان جایگزینی های نامشابه (Ka) در مقایسه دو به دوی ژنوتیپ ها نشان داد که در برخی از ژن ها مطابق آنچه بطور معمول در ژن های مقاومت و در نواحی غیر LRRرخ می دهد، Ks بیش از Ka بود که این نواحی تحت تاثیر گزینش مثبت یا گزینش در جهت ایجاد تنوع واقع شده بودند .در توالی برخی از ژنوتیپ ها چندین چهارچوب قرائت آزاد وجود داشت ولی برخی از ژنوتیپ ها فاقد چهارچوب قرائت آزاد بودند .تنها در برخی از ژن ها گروه بندی بر اساس توالی های تکثیری توانست ژنوتیپ های مقاوم را از سایر ژنوتیپ ها تفکیک نماید .بلاست قطعات تکثیری با توالی های موجود در بانک اطلاعاتیNCBI ، شباهت زیاد آن ها را با توالی ژن های مقاومت از جمله ژن هایLRR - NBSو RGA ها نشان داد .قطعات ژن Yr۵ با ژن های rae۶ و rae۷ در Aegilops ventricosa که از ژن های شبیه ژن های مقاومت هستند ونیز با توالی های تکثیری توسط نشانگر های RGAP در گندم نان تشابه بالایی (۸۰ تا ۹۹ درصد (داشتند .قطعات ژن Yr۱۰ باتوالی ژن های RGAYr۱۰ در Aegilops tauschii و Dasypyrum breviaristatum تشابه بالایی نشان دادند .توالی های تکثیر شده از بخش نخست این ژن در کلیه ژنوتیپ ها بجز رقم۱۷- MV، با توالی رمز کننده پروتئین HCBT در Aegilops tauschii که از پروتئین های مرتبط با مقاومت می باشد، مشابهت بالا (۸۷ تا ۹۲ درصد (داشتند .بین کلیه قطعات تکثیری از ژن beta ۱ proteasome با توالی این ژن در NCBI شباهت بالایی (۷۸ تا ۱۰۰ درصد (وجود داشت .در قطعه تکثیری از ژن beta ۱ proteasome توسط جفت آغازگرF/R - Aeg beta ۱ ۵تشابه بالا با توالی پروتئین های فرضی در Brachypodium sylvaticum مشاهده شد.
متن يادداشت
Stripe rust caused by Puccinia striiformis Westend f.sp.tritici is considered as one of the most important disease of wheat which reduces the grain yield and nutritional quality. In this study, structural changes and nucleotide diversity in some of the yellow rust resistance genes was investigated in seven bread wheat genotypes. Yellow rust resistance genes were amplified using specific primers designed based on the sequences available on gene banks. The ampilified fragments were cloned in E. coli after transferring into pTZ57R/T plasmid vector and then were sequenced. Sequences alignment indicated the presence of nucleotide diversity among genotypes in analyzed genes. There was high sequence similarity among genotypes in some of the genes, whereas in some of the isolated sequences, the differences were high. Analysis of point mutations showed the presence of both trasition and transversion mutations with different amount in various genes. Assessment of insertion/deletion revealed non-neutral mutations in some of the genotypes. All of the isolated genes (except fragmnets amplified by Aeg beta1-3F/R primers) contained conserved sequences with no or few differences between genotypes. In the amino acid sequences obtained from translation of the isolated nucleotide sequences different amount of synonymous and nonsynonymous changes was observed. Based on D parameter, some of the nonsynonymous changes were effected by diversifying selection. The higher rate of synonymous substitution compared with nonsynonymous substitution was in agreement the event which commonly ocures in non-LRR-coding regions of resistance genes. The amplified genes in some of the genotypes had several open reading frames (ORFs), whereas in some genotypes ORFs were not detected. Based on some of the isolated sequences, the resistance genotypes separated from susceptible ones. Blast of the isolated sequences with the sequences available in NCBI revealed high similarity of the sequences with resistance gene sequences such as NBS-LRR genes and RGAs. Yr5 fragments showed high similarity with rae6 and rae7 resistance alike genes in Aegilops ventricosa and sequences amplified based on RGAP in bread wheat. High similarity was observed between Yr10 gene sequence isolated in our study and RGAYr10 genes from Aegilops tauschii and Dasypyrum breviaristatum. The fragment amplified from this gene using the first primer pair in all genotypes except MV-17 showed high similarity with HCBT protein of Aegilops tauschii which is a putative candidate defence related protein. All the isolated fragments from beta1 proteasome gene showed high similarity with the related gene in NCBI. The amplified fragments of beta1 proteasome gene using Aeg beta1-5F/R primers, had high sequence similarity with "hypothetical protein" from Brachypodium sylvaticum
موضوع (اسم عام یاعبارت اسمی عام)
موضوع مستند نشده
Resistance genes
موضوع مستند نشده
Cloning
موضوع مستند نشده
Nucleotide diversity
نام شخص به منزله سر شناسه - (مسئولیت معنوی درجه اول )
مستند نام اشخاص تاييد نشده
عبداله زاده، الناز
نام شخص - ( مسئولیت معنوی درجه دوم )
مستند نام اشخاص تاييد نشده
محمدی، سیدابوالقاسم، استاد راهنما
مستند نام اشخاص تاييد نشده
اهری زاد، سعید، استاد مشاور
دسترسی و محل الکترونیکی
يادداشت عمومي
سیاه و سفید
وضعیت فهرست نویسی
وضعیت فهرست نویسی
نمایه‌سازی قبلی
