عنوان

بررسی جایگاه های صفات کمی مرتبط با سندروم آسیت به کمک داده¬های نسل جدید توالی یابی

شماره

پ۲۴۷۸۹

زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن

per

عنوان اصلي

بررسی جایگاه های صفات کمی مرتبط با سندروم آسیت به کمک داده¬های نسل جدید توالی یابی

نام نخستين پديدآور

احسان احمدی

نام ناشر، پخش کننده و غيره

کشاورزی

تاریخ نشرو بخش و غیره

۱۴۰۰

نام خاص و کميت اثر

۶۹ص.

مواد همراه اثر

سی دی

جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن

کارشناسی ارشد

نظم درجات

علوم دامی گرایش ژنتیک اصلاح نژاد دام و طیور

زمان اعطا مدرک

۱۴۰۰/۰۵/۲۴

متن يادداشت

چکیده: سندروم آسیت یک بیماری متابولیکی است که بیشتر در جوجه های گوشتی دیده می¬شود و امروزه یکی از مشکلات جدی صنعت طیور گوشتی در جهان است که سالانه خسارات چشمگیری را به وجود می¬آورد. از آنجایی که اندام¬های مختلفی در بروز آسیت تاثیر دارند در این مطالعه از داده های ترنسکریپتومی بافت¬های شریانی، کلیه، قلب و کبد برای ارتباط دادن با داده های QTL استفاده شده است. به عبارت دیگر ارتباط QTLهای مرتبط با صفات رشد و سندروم آسیت با ژن¬های با بیان افتراقی و متاژن¬های حاصل از مطالعات RNA-seq بافت¬های مذکور بررسی شد. اطلاعات QTLهای مرتبط با صفات رشد و سندرم‌آسیت یا سندرم پرفشاری خون ریوی از پایگاه داده chickenQTL db استخراج شد و ژن¬های با بیان افتراقی و متاژن مرتبط با این صفات از مطالعات بیان ژن گرداوری شد. جهت ارتباط دادن داده¬های بیان ژن با داده¬های QTL، ژن¬های با بیان افتراقی و متاژن¬ها موجود در محدوده 50Kb± هر QTL شناسایی گردید و آنالیزهای پایین دست از قبیل آنالیزهای هستی شناسی مسیرهای متابولیکی بر روی آن¬ها انجام شد. با ارتباط دادن ژن¬های با بیان افتراقی و متاژن¬ها با QTLها، ژنهای موثر بر رشد و سندروم آسیت شناسایی شد. از نتایج تحقیق حاضر مشخص شد که از مجموع 1615 ژن با بیان افتراقی در 6 آزمایش مجزا تعداد 246 ژن با QTL ها ارتباط داشته¬اند. به بیان دقیق تر، از ارتباط سنجی 400 ژن بافت کلیه مرغ 42 ارتباط، 236 ژن بافت کلیه خروس 31 ارتباط، 394 ژن بافت شریانی خروس 83 ارتباط، 42 ژن بافت قلب خروس 4 ارتباط، 160 ژن بافت کبد مرغ 21 ارتباط و 383 بافت کبد خروس 65 ارتباط مشاهده شد. تعدادی از این ارتباطات در 6 آزمایش مشابه و مشترک بودند و بدین ترتیب تعداد 140 ژن منحصربفرد با QTLهای مرتبط با رشد و وزن بدن ارتباط داشتند. بین QTLهای مرتبط با آسیت و ژن¬های با بیان افتراقی هیچ گونه ارتباطی مشاهده نشد. تعدادی ژن هایی که در 6 آزمایش به تعداد بیشتری با QTLها ارتباط نشان دادند شامل ژن های C7, GOS2, IFT46, LDB2, OSMR بودند. همچنین QTL هایی که بیشترین ارتباط را با ژن¬های با بیان افتراقی داشتند شامل :QTL96626، QTL95418، QTL96651، QTL135730، QTL62161 و QTL135733 بودند. از فراتحلیلی 6 آزمایش و 26102 ژن تعداد 838 ژن معنی دار شناسایی شد و به عنوان متاژن نامگذاری شد. از بین 838 متاژن تعداد 127 متاژن با QTLهای مرتبط با صفات رشد و وزن بدن ارتباط داشتند ولی هیچ ژنی با QTLهای مرتبط با آسیت ارتباط نشان ندادند. نتایج ژن آنتولوژی نشان داد ژن¬ها با بیان افتراقی تعداد 4 ترم هستی شناسی معنی دار ( P <0.05 ) در زیر شاخه فرآیندهای بیولوژیکی شناسایی شدند و تعداد 1 ترم هستی شناسی معنی دار (P <0.05) در زیر شاخه اجزای سلولی شناسایی شدند و تعداد 1 ترم هستی شناسی معنی دار (P <0.05) در زیر شاخه عملکرد مولکولی شناسایی شدند. به همین ترتیب در متاژن¬ها تعداد 3 ترم هستی شناسی معنی دار ( P <0.05) در زیر شاخه فرآیندهای بیولوژیکی شناسایی شدند و تعداد 1 ترم هستی شناسی معنی دار ( P <0.05) در زیر شاخه اجزای سلولی شناسایی شدند و تعداد 2 ترم هستی شناسی معنی دار (P <0.05) در زیر شاخه عملکرد مولکولی شناسایی شدند که نشان دهنده¬ی ارتباط این نتایج با آسیت است.

متن يادداشت

Abstract: Ascites syndrome is a metabolic disease that is more common in broilers and nowadays is one of the serious challenging issue of the poultry industry in the worldwire that causes significant annual damage. Morever, due to different organs are involved in the development of ascites, present report used transcriptome data from blood vessel, kidney, heart, and liver tissues to association with QTL database. In other words, the relationship between QTLs related to growth traits and ascites syndrome with genes with differential expression and metagens from RNA-seq studies of these tissues is investigated. QTL data related to growth traits and ascites syndrome (or pulmonary hypertension syndrome) were extracted from the chickenQTL db database, and genes with differential expression and metagen associated with these traits were collected from gene expression studies. In order to correlate gene expression data with QTL data, genes with differential expression and metagens in the range of 50 Kb of each QTL were identified and downstream analyzes such as ontology gene analyzes and metabolic pathways were performed on them. By assigning genes with differential expression and metagens to QTLs, genes influencing growth and ascites syndrome were identified. Our observation addressed in overall, 1615 genes with differential expression in six indipendend experiments, 246 genes were associated with QTLs. To be more precise, from the measurement of 400 chicken’s kidney tissue genes 42 connections, 236 rooster kidney tissue genes 31 connections, 394 rooster artery genes 83 connections, 42 rooster heart tissue genes 4 connections, 160 chicken liver tissue genes 21 connections and 383 tissues Rooster liver 65 correlations were observed. A number of these associations were similar in six experiments, and thus 140 unique genes were associated with QTLs related to growth and body weight. No association was found between ascites-related QTLs and genes with differential expression. A number of genes that were associated with QTLs more in six experiments included C7, GOS2, IFT46, LDB2, and OSMR genes. Also, the QTLs that were most associated with genes with differential expression included: QTL96626, QTL95418, QTL96651, QTL135730, QTL62161 and QTL135733. From six meta-analyzes of six experiments and 26102 genes, 838 significant genes were identified and named as metagens. Of the 838 metagens, 127 were associated with QTLs related to growth and body weight, but no genes were associated with QTLs associated with ascites. The results of gene ontology showed that the genes were identified by differential expression of 4 significant ontology terms (P <0.05) under the branch of biological processes and 1 term of significant ontology (P <0.05) under the branch of cellular components and 1 significant semester of ontology (P <0.05) was identified under the branch of molecular function. Similarly, in metagens, 3 significant ontology terms (P <0.05) were identified under the branch of biological processes, and 1 significant ontology term (P <0.05) was identified under the branch of cellular components, and 2 semesters of existence. Significant cognition (P <0.05) was identified in the subset of molecular function, indicating the association of these results with ascites.

عنوان گونه گون

Investigation of quantitative trait loci associated with ascites syndrome using next generation sequencing data

عنصر شناسه اي

‏احمدی،

ساير عناصر نام

‏‏احسان

کد نقش

تهيه کننده

عنصر شناسه اي

‏حسن پور،

عنصر شناسه اي

علیجانی،

عنصر شناسه اي

جوانمرد،

ساير عناصر نام

‏کریم

ساير عناصر نام

‏صادق

ساير عناصر نام

‏آرش

تاريخ

استاد راهنما

تاريخ

استاد مشاور

تاريخ

استاد مشاور

عنصر شناسه اي

‏ تبریز