عنوان

بررسي علل ژنتیکی در 20 خانواده مبتلا به بیماری کلیه پلی کیستی اتوزومی غالب به روش توالی یابی هدفمند (پنل) و نیز توالی یابی کل اگزوم برای بیمارانی که در آنان با روش توالی یابی هدفمند (پنل) جهشی یافت نشده است

شماره

۳۳۹۱پ

زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن

فارسی

عنوان اصلي

بررسي علل ژنتیکی در 20 خانواده مبتلا به بیماری کلیه پلی کیستی اتوزومی غالب به روش توالی یابی هدفمند (پنل) و نیز توالی یابی کل اگزوم برای بیمارانی که در آنان با روش توالی یابی هدفمند (پنل) جهشی یافت نشده است

نام عام مواد

[پایان نامه]

عنوان اصلي به زبان ديگر

Identification of genetic causes of autosomal dominant polycystic kidney diseases in 20 families by targeted sequencing panel as well as whole exome sequencing for whom the disease causing mutation was not detected by targeted sequencing panel

نام ناشر، پخش کننده و غيره

علوم توان بخشی و سلامت اجتماعیUniversity of Social Welfare and Rehabilitation Sciences

تاریخ نشرو بخش و غیره

۱۴۰۰

نام خاص و کميت اثر

۱۶۵ص.

متن يادداشت

پیوست

جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن

20

نظم درجات

6

زمان اعطا مدرک

۱۴۰۰/۱۲/۱۷

متن يادداشت

بیماری کلیه پلی کیستی اتوزومی غالب (ADPKD) با شیوع 1500 تا 1/1000 شایع ترین بیماری ارثی کلیه است و 5 تا 10 درصد کل موارد ESRD(نارسایی پیشرفته غیرقابل بازگشت) را تشکیل می دهد. ویژگی اصلی این اختلال وجود تعداد زیادی کیست در قشر و مدولای کلیه است؛ علاوه بر این، کیست ها را می توان در سایر اندام ها از جمله کبد مشاهده کرد. جهش در یکی از دو ژن PKD1) یا (PKD2 عامل بیشتر موارد ADPKD می باشد. آزمایش های ژنتیکی برای تشخیص، پیش آگهی و درمان این بیماری مفید است؛ فناوری هدفمند NGS یک استراتژی قدرتمند برای این منظور است.مواد و روش ها:20 خانواده مبتلا به ADPKD به مرکز تحقيقات ژنتيك دانشگاه علوم توانبخشي و سلامت اجتماعی ارجاع داده شدند. پس از کسب رضایت آگاهانه از کلیه شرکت کنندگان، نمونه خون جمع آوری و DNA ژنومی استخراج شد. توالی یابی نسل جدید هدفمند توسط پلت فرمNextSeq 500 (Illumina) انجام شد. تجزیه و تحلیل داده های NGS توسط برنامه ها و پایگاه های مختلف انجام شد. تایید واریانت های کاندید در هر خانواده با توالی یابی سنگر انجام شد. برای بیمارانی که با روش NGS واریانت محتمل شناسایی نشد توالی یابی سنگر اگزون های 1 و 42 برای ژن PKD1 صورت گرفت.یافته ها:با تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی نسل جدید هدفمند واریانت های محتمل در 13 بیمار شناسایی شد (نرخ تشخیص 65٪ بود). از میان 13 بیمار، واریانت کاندید در ده بیمار در PKD1، دو بیمار در PKD2 و یک بیمار در PKHD1 بود. بر اساس معیارهای ACMG، دوازده واریانت به عنوان بیماری زا یا احتمالا بیماری زا و یک واریانت به عنوان VUSطبقه بندی شدند. در این مطالعه سه واریانت جدید (c.6759delC,p.Q2254SfsTer60 در PKD1، c.2522+1G>A در PKD2 و c.10157-1G>A در PKHD1) شناسایی شد.نتیجه گیری: در این مطالعه، ما گروهی از جهش‌های جدید را در ژن‌های PKD1، PKD2 و PKHD1 شناسایی کردیم که موجب گسترش طیف جهش‌های PKD شد. این داده ها می توانند ارزش تشخیصی آزمایش مولکولی را افزایش دهند.کلمات کلیدی: بیماری کلیه پلی کیستی اتوزومی غالب، فناوری توالی یابی نسل جدید، PKD1، PKD2

متن يادداشت

Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) with a prevalence of 1,500 to 1/1000 is the most common inherited renal disease and accounts for 5 to 10% of all ESRD (end-stage renal disease. The main feature of this disorder is the presence of a large number of cysts in the cortex and medulla of the kidney; in addition, cysts can be seen in other organs, including the liver; Mutations in one of two genes (PKD1 or PKD2) account for most cases of ADPKD. Genetic tests are helpful for diagnosis, prognosis, and treatment of disease; targeted-next generation sequencing (NGS) technology is a powerful strategy to this end.Materials and Methods:Twenty affected families with ADPKD were recruited to the Genetics Research Center at the University of Social Welfare and Rehabilitation Sciences (USWR). Patients were diagnosed with ADPKD by previously established diagnostic criteria. The Blood samples were collected of all participants after obtaining the informed consent, and Genomic DNA was extracted. Targeted-NGS was carried out on a custom design panel by the NextSeq 500 apparatus (Illumina) platform. NGS data analysis was performed by various programs and databases. Candidate pathogenic allele was confirmed in each family by Sanger sequencing. Sanger sequencing of exons 1and 42 of PKD1 gene was performed for whom no causing variants was detected using targeted-NGS.Results:Targeted NGS analysis revealed the probable ADPKD causing variants in 13 of the 20 patients (detection rate was 65%). Among 13 patients, candidate variants were found in ten patients in PKD1, two patients in PKD2, and one patient in PKHD1. According to ACMG criteria, twelve variants were classified as pathogenic or likely pathogenic and one as VUS. In present study, we found three novel variants (c.6759delC, p.Q2254SfsTer60 in PKD1, c.2522+1G>A in PKD2 and c.10157-1G>A in PKHD1).Conclusion:In this study, we identified a group of novel mutations in the PKD1, PKD2, and PKHD1 genes that expanded the spectrum of PKD mutations. These data can increase the diagnostic value of molecular testing.Keyword: Autosomal dominant polycystic kidney disease, NGS technology, PKD1, PKD2

موضوع مستند نشده

بیماری کلیه پلی کیستی اتوزومی غالب

موضوع مستند نشده

Autosomal dominant polycystic kidney disease

مستند نام اشخاص تاييد نشده

حسین پور، مریم

مستند نام اشخاص تاييد نشده

Hossein poor, Maryam

مستند نام اشخاص تاييد نشده

کهریزی، کیمیا

کشور

ایران

سازمان

دانشگاه علوم توان بخشی و سلامت اجتماعی

تاريخ عمليات

20220419

فرمت انتشار

D

نوع ماده

TF

کد کاربرگه

279226

سطح دسترسي

a

تكميل شده

Y