شماره کتابشناسی ملی
شماره
T26940
زبان اثر
زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن
انگلیسی
عنوان و نام پديدآور
عنوان اصلي
Molecular detection of AmpC β- lactamase and phenazine- modifying genes of P. aeruginosa isolated from burn patients
نام عام مواد
Dissertation
نام نخستين پديدآور
Ghassan Mohsen Jassim Al-Shaweili
وضعیت نشر و پخش و غیره
نام ناشر، پخش کننده و غيره
Natural Sciences
تاریخ نشرو بخش و غیره
1401
مشخصات ظاهری
نام خاص و کميت اثر
111p.
ساير جزييات
cd
یادداشتهای مربوط به پایان نامه ها
جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن
M.S.
نظم درجات
Cellular and Molecular Biology
زمان اعطا مدرک
1401/04/09
یادداشتهای مربوط به خلاصه یا چکیده
متن يادداشت
AbstractThe existing study was designed to isolate and identify the clinical isolates of P. aeruginosa from burn wound samples; and to profile of AmpC β- lactamase gene and phenazine- modifying gene (PHZP) through polymerase chain reaction technique (PCR), also to identify the genetic polymorphisms of the AmpC ) and PHZP genes in the goal bacteria (P. aeruginosa) and the observed variants were localized according to their positions within the referring genomic DNA sequences. The total collected samples was (100) which were collected from burn patients during the period from November, 2021 to February 2022 at Al-Hussein Teaching Hospital in Thi-Qar province, Iraq. The suspected isolates as P. aeruginosa identified by microscopic, morphological, and biochemical tests. Only 40% showed gave greenish-blue pigment on nutrient agar; those colonies were not fermented the lactose sugar and those colonies appeared as pale on the macConkey agar, in addition to biochemical tests; those species diagnosed as P. aeruginosa. The results documented that the age group of (10-19 years) was recorded the highest percentage (22.5%) compared with the other age groups, while the lowest percentage (2.5%) which detected in the age group (60-70 years). The results of PCR diagnosis documented that 36 of P. aeruginosa isolates harbored PHZP gene (90%); Whereas the AmpC gene found in 32/40 of P. aeruginosa isolates (80%). The results indicated the presence of about 99% homology between our investigated samples with specific strains of P. aeruginosa in each employed PCR fragment. Regarding the AmpC locus, six genetic variations were identified in this study, A344G, C361T, C538T, G558T, G628A, and C853A. Two of these observed variants exhibited two missense effects on the AmpC protein, namely p.T>A105 and p.R>L175, while only one variant of the PHZP gene exerted a missense effect on its encoded protein, namely p.G>R180. These variations were variably distributed in some of the investigated samples. Regarding PHZP locus, three genetic variations were identified, A3 C272T, G312A, and G494A. Some of these variations were distributed in the majority of the investigated samples. According to these observations, the investigated bacterial samples were positioned in a particular phylogenetic position within the phylogenetic clade of this species in the currently generated comprehensive tree. It was shown that the investigated P. aeruginosa isolates having these variations were positioned in a slightly tilted phylogenetic position within the same clade of their non-variable isolates. Based on these identified AmpC and PHZP variations. Therefore, the utilization of the PCR-sequencing strategy in all analyzed bacterial isolates has presented confirmed the presence of multiple sources of these isolates and showed a distinct pattern of their phylogenetic distribution within the P. aeruginosa sequences. In this study, the majority of identified variations have a missense effect on the AmpC and PHZP protein, which may suggest various degrees of sensitivity to the host immunity interaction. This observation may imply potential adaptation of the analyzed AmpC and PHZP locus to the host immunity. Thus, the majority of investigated isolates have different forms of biologically altered AmpC and PHZP protein, which may show considerable alteration to innate host immunity.
متن يادداشت
مطالعه موجود به منظور جداسازی و شناسایی ایزوله‌های بالینی P. aeruginosa از نمونه‌های زخم سوختگی طراحی شد. و مشخصات ژن β-لاکتاماز AmpC و ژن اصلاح کننده فنازین (PHZP) از طریق تکنیک واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR)، همچنین برای شناسایی پلی مورفیسم های ژنتیکی ژن های AmpC و PHZP در باکتری های هدف (P. aeruginosa) و گونه های مشاهده شده با توجه به موقعیت آنها در توالی های DNA ژنومی ارجاع شده بومی سازی شدند. مجموع نمونه‌های جمع‌آوری‌شده (100) بود که از بیماران سوختگی در فاصله زمانی نوامبر 2021 تا فوریه 2022 در بیمارستان آموزشی الحسین در استان ثقار عراق جمع‌آوری شدند. جدایه های مشکوک به عنوان P. aeruginosa با آزمایش های میکروسکوپی، مورفولوژیکی و بیوشیمیایی شناسایی شدند. تنها 40 درصد نشان دادند که رنگدانه سبز مایل به آبی را روی مواد مغذی آگار دادند. این کلنی ها قند لاکتوز تخمیر نشده بودند و آن کلنی ها علاوه بر آزمایش های بیوشیمیایی روی آگار macConkey رنگ پریده ظاهر شدند. آن گونه که به عنوان P. aeruginosa تشخیص داده شده است. نتایج نشان داد که گروه سنی (19-10 سال) بیشترین درصد (22.5 درصد) را در مقایسه با سایر گروه های سنی و کمترین درصد (2.5 درصد) را در گروه سنی (60-70 سال) به خود اختصاص داده است. . نتایج تشخیص PCR نشان داد که 36 جدایه P. aeruginosa دارای ژن PHZP (90%) بودند. در حالی که ژن AmpC در 40/32 جدایه P. aeruginosa (80%) یافت شد.نتایج حاکی از وجود همولوژی حدود 99 درصدی بین نمونه های مورد بررسی ما با سویه های خاص P. aeruginosa در هر قطعه PCR استفاده شده بود. با توجه به جایگاه AmpC، شش تنوع ژنتیکی در این مطالعه شناسایی شد، A344G، C361T، C538T، G558T، G628A، و C853A. دو تا از این گونه‌های مشاهده‌شده دو اثر نادرست بر پروتئین AmpC نشان دادند، یعنی p.T>A105 و p.R>L175، در حالی که تنها یک نوع از ژن PHZP تأثیر نادرستی بر پروتئین کدگذاری‌شده آن، یعنی p.G>R180 داشت. این تغییرات به طور متغیر در برخی از نمونه های مورد بررسی توزیع شده است. با توجه به جایگاه PHZP، سه تنوع ژنتیکی A3 C272T، G312A و G494A شناسایی شد. برخی از این تغییرات در اکثر نمونه های مورد بررسی توزیع شد. با توجه به این مشاهدات، نمونه‌های باکتریایی مورد بررسی در یک موقعیت فیلوژنتیکی خاص در کلاد فیلوژنتیکی این گونه در درخت جامع کنونی تولید شده قرار گرفتند. نشان داده شد که جدایه های P. aeruginosa بررسی شده دارای این تغییرات در یک موقعیت فیلوژنتیکی کمی کج شده در همان کلاد جدایه های غیر متغیر خود قرار گرفتند. بر اساس این تغییرات AmpC و PHZP شناسایی شده است. بنابراین، استفاده از استراتژی توالی‌یابی PCR در تمام جدایه‌های باکتریایی آنالیز شده، حضور منابع متعدد این جدایه‌ها را تایید کرده و الگوی متمایز توزیع فیلوژنتیک آنها را در توالی‌های P. aeruginosa نشان داده است. در این مطالعه، اکثر تغییرات شناسایی شده یک اثر نادرست بر روی پروتئین AmpC و PHZP دارند، که ممکن است درجات مختلفی از حساسیت را به تعامل ایمنی میزبان نشان دهد. این مشاهدات ممکن است دلالت بر انطباق بالقوه منبع AmpC و PHZP تجزیه و تحلیل شده با ایمنی میزبان داشته باشد. بنابراین، اکثر جدایه های بررسی شده دارای اشکال مختلف پروتئین AmpC و PHZP تغییر بیولوژیکی هستند که ممکن است تغییرات قابل توجهی در ایمنی ذاتی میزبان نشان دهد.
عنوانهای گونه گون دیگر
عنوان گونه گون
تشخیص مولکولی ژن های اصلاح کننده AmpC β-لاکتاماز و فنازین سودوموناس آئروژینوزا جدا شده از بیماران سوختگی
اصطلاحهای موضوعی کنترل نشده
اصطلاح موضوعی
lactamase ,Pseudomonas aeruginosa phenazine ,Burn patients
اصطلاح موضوعی
لاکتاماز، فنازین سودوموناس آئروژینوزا، بیماران سوختگی
نام شخص به منزله سر شناسه - (مسئولیت معنوی درجه اول )
عنصر شناسه اي
Mohsen Jassim Al-Shaweili,
ساير عناصر نام
Ghassan
کد نقش
Producer
نام شخص - ( مسئولیت معنوی درجه دوم )
عنصر شناسه اي
Razeghi,
عنصر شناسه اي
Dakheel Mutar,
ساير عناصر نام
Jafar
ساير عناصر نام
Abbas
کد نقش
Thesis advisor
کد نقش
Consulting advisor
شناسه افزوده (تنالگان)
عنصر شناسه اي
Tabriz
مبدا اصلی
کشور
ایران
سازمان
کتابخانه مرکزی دانشگاه تبریز
شماره دستیابی
شماره بازیابی
ارشد پایاننامه QL351.M67 1401
دسترسی و محل الکترونیکی
نام الکترونيکي
Ghassan Mohsen Jassim Al-Shaweili
ارتباط براي تسهيلات دسترسي
عبادی
وضعیت انتشار
فرمت انتشار
e
اطلاعات رکورد کتابشناسی
نوع ماده
TL
کد کاربرگه
276903
اطلاعات دسترسی رکورد
سطح دسترسي
a
تكميل شده
Y
