عنوان

برآورد ضریب همخونی ژنومی و عدم تعادل پيوستگی در برخی از گله- هاي هلشتاین استان آذربایجانشرقی با استفاده از دادههاي تراشه متراکم نشانگرهاي چند شکل تک نوکلئوتيدي

شماره

پ۲۸۷۷۴

زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن

per

عنوان اصلي

برآورد ضریب همخونی ژنومی و عدم تعادل پيوستگی در برخی از گله- هاي هلشتاین استان آذربایجانشرقی با استفاده از دادههاي تراشه متراکم نشانگرهاي چند شکل تک نوکلئوتيدي

نام نخستين پديدآور

سيده مهکامه رضاپور

نام ناشر، پخش کننده و غيره

کشاورزی و منابع طبیعی اهر

تاریخ نشرو بخش و غیره

۱۴۰۰

نام خاص و کميت اثر

۹۹ص.

مواد همراه اثر

سی دی

جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن

کارشناسی ارشد

نظم درجات

علوم دامي گرايش ژنتيك و اصلاح دام

زمان اعطا مدرک

۱۴۰۰/۰۶/۳۰

متن يادداشت

هدف: هدف از زحقي حا ضر برآورد ضر يب همخوني ژنوميك و برر س ي ميیان عدم زعادل پيو ستگ ي( LD ( در برخي از گلههاي گاو هل شتا ين استان آذربا يجان شرق ي با استفاده از اطلاعات داده هاي زراشهمتراكم نشانگرهاي زك نوكلتوزيدي بود.روششنناسنی پژوهش: در اين زحقي از اطلاعات ژنوزيپي 4۳ راس زليسککه متعل به ۵ واحد گاوداريشککيري نژاد هلشککتاين شککهرسککتان زبريی براي برآورد همخوني ژنوميك و عدم زعادل پيوسککتگي اسککتفادهگرديد . فوميكومهاي مو هر حيوان ) 80 زا 100 رشکککته( از ناح يه انتها ي دم نمونه گيري شکککده و پس ازاسکتخراد دي ان اي با اسکتفاده از آرايه Illumina BovineSNP50 BeadChip زعيين ژنوزيپ شکدند.كنترل كيفي دادهها بر اساس نرخ فراخوان ي زعيين ژنوزيپ، انحراف از زعادل هادري- وينبرگ و فراوانيآملهاي نادر در جا يگاههاي مختلف انجام شکککد و 40۹07 جا يگاه براي انجام آنام يیهاي بعد ي انتخاشکککدند. ضکککريب همخوني ژنوميك بر اسکککاس رشکککته هاي هموزيگوت ژنومي ) ROH ( و عدم زعادلپيوستگي بين جفت نشانگرها با استفاده از مربع ضر يب همبستگ ي بين دو جايگاه مجاور زوسط نرم افیارPLINK برآورد گرديد.یافته ها : ميانگين زعداد رشکککته هاي هموزيگوت ژنومي با طول قطعات 1 ، ۲ ، 4 ، 8 و 16 مگاباز به زرز يب7 / ۲۵ ، 6 / ۲۵ ، ۲0 ، 14 / ۹ ، 8 / ۲ برآورد گرد ي د كه با افیا يش طول قط عات مدنظر برا ي رشککک ته هايهموزيگوت ژنومي، ميانگين زعداد قطعات در ح يوانها كاهش يافت. ميانگين طول قطعات رشکککته ه ايهموزيگوت ژنومي با حداقت طول 1 ، ۲ ، 4 ، 8 زا 16 مگاباز به زرز يب ۳ / ۲16 ، 1 / ۲16 ، 6 / 1۹7 ، 1 / 1۳7 و67 برآورد گرديد. طولاني زرين قطعه رشته هاي هموزيگوت ژنومي مشاهده شده در يك حيوان حدود70 مگاباز طول داشت كه شامت 1066 نشانگر SNP بود. بيشترين زعداد رشته هاي هموزيگوت ژنوميدر بين كروموزومهاي زحت بررسکککي در كروموزوم شکککماره 1 و 10 به زرزيب با 71 و 6۳ رشکککته در هركروموزوم بود. بيشترين طول رشته هاي هموزيگوت ژنومي متعل به حيواني بود كه ۳71 مگاباز از ژنومآن ب صورت هموزيگوت قرار دا شت كه ۳1 قطعه ر شته هموزيگوت ژنومي در ژنوم اين حيوان وجودداشت . حيوانهاي زحت بررس ي از محاظ زعداد قطعات رشته هاي هموزيگوت ژنومي و مقداري از طولژنوم كه بصورت هموزيگوت قرار داشت با همديگر متفاوت بودند. ميانگين ضريب همخوني ژن وميكبرآورد شده با استفاده از قطعات رشته هاي هموزيگوت ژنومي 1 ، ۲ ، 4 ، 8 و 16 مگابازي به زرزيب 6 / 8 ،6 / 8 ، 7 ، ۵ و ۲ درصکد بود. عدم زعادل پيوسکتگي در فاصکله 10 كيلو بايتي 7۳1 / 0 برآورد گرديد. مقدارLD همراه با افیايش فاصککله بين جفت SNP ها روند كاهشککي داشککت بطوريكه كمترين مقدار آن درفاصکککله 1000 كيلو با يتي ۳64 / 0 برآورد گرديد . روند كاهش LD در فواصکککت بيش از ۵00 كيلوبايتبسيار كند شده و به سطح نسبتاً ثابتي رسيد. ميیان LD در بين كروموزومهاي مختلف با هم متفاوت بود.نتي جهگيري: بر اسکککاس نتايج اين زحقي ، آميیش بين دامهاي خويشکککاوند باعد بوجود آمدن دامهايهمخون در گله ها شکککده اسکککت. بطوريكه ميانگين ضکککريب همخوني ژنوميك گاوها با در نظر گرفتنقطعات رشکککته هاي هموزيگوت ژنومي 1 مگابايتي 6 / 8 درصکککد برآورد گرديد . با افیايش طول قطعاتمدنظر براي رشته هاي هموزيگوت ژنومي به 16 مگابايت، ميانگين همخوني ژنوميك گاوها به ۲ درصدكاهش يافت. بيشکتر بودن فراواني رشکتههاي هموزيگوت ژنومي كوزاهتر نسکبت به قطعات بلندزر نشکاندهنده اين موضوع بود كه قسمت عمده همخوني موجود در دامها مربوط به نست هاي گذشته بوده و دراثر وجود اجداد م شتر ک در ن ست هاي دور شجره بوجود آمده ا ست . بر ا ساس نتايج اين زحقي ، سطحLD در جمعيت زحت بررسککي درفواصککت نشککانگري كمتر از 1000 كيلوبايت بيشککتر از ۳ / 0 بود. بر ايناسککاس، زراكم نشککانگر ي به كار برده شککده در اين زحقي ) 50kb ( براي بدسککت آوردن دقت كافي درمطامعات انتخا ژنومي در جمعيت زحت بررسککي مناسککب بود. مقدار بالاي LD برآورد شککده در اينزحقي حاكي از افیايش همخوني و كاهش زنوع ژنتيكي در جمعيت زحت بررسي بود.

متن يادداشت

AbstractResearch Aim: The aim of the present study was to estimate the genomic inbreeding coefficient and to investigate the degree of linkage disequilibrium (LD) in some Holstein cattle herds in East Azerbaijan province using high-density single nucleotide polymorphism (SNP) data.Research method: In this study, genotypic data of 43 heifers belonging to 5 Holstein dairy farms in Tabriz were used to estimate the genomic inbreeding and linkage disequilibrium. Hair follicles of each animal (80 to 100 strands) were sampled from the tail end and genotyped after DNA extraction using Illumina BovineSNP50 BeadChip array. Data quality control was performed based on genotype calling rate, Hadry-Weinberg equilibrium deviation and minor allele frequency in different loci and 40907 loci were selected for further analysis. Genomic inbreeding coefficient and linkage disequilibrium between pairs of markers were estimated based on runs of homozygosity (ROH) and squared correlation coefficient between two adjacent loci using PLINK software.Findings: The average number of runs of homozygosity with lengths of 1, 2, 4, 8 and 16 MB were estimated to be 25.7, 25.6, 20, 9.14, and 2.8, respectively. Average number of ROH were decreased with increasing the length of the ROH considered. The average lengths of ROH with minimum lengths of 1, 2, 4, 8 to 16 MB were estimated to be 216.3, 216, 197.6, 137.1 and 67, respectively. The longest ROH observed in an animal was about 70 MB in length, containing 1066 SNP markers. The highest number of ROH among the studied chromosomes was on chromosomes 1 and 10 with 71 and 63 ROH per chromosome, respectively. The longest ROH belonged to an animal, of which 371 MB was homozygous, of which 31 were genomic homozygous strands in the genome of this animal. The longest ROH belonged to an animal that 371 MB of its genome being homozygous with 31 ROH in its genome. The animals studied differed in the number of ROH and the length of the genome that was in ROH. The average genomic inbreeding coefficient estimated using 1, 2, 4, 8 and 16 MB lengths were 8.6, 8.6, 7, 5 and 2%, respectively. The linkage disequilibrium at a distance of 10 kb was estimated to be 0.731. The amount of LD decreased with increasing distance between pairs of SNPs so that its lowest value in the range of 1000 KB was estimated to be 0.364. The trend of LD decay at distances of more than 500 KB was very slow101and reached a relatively constant level. LD levels varied between different chromosomes .Conclusion: According to the results of this study, mating between related animals has caused inbred cows in the herds. Average genomic inbreeding coefficient of cows was estimated to be 8.6% by considering the ROH lengths of 1 MB. By increasing the length of the ROH considered to 16 MB, the average genomic inbreeding of cows decreased to 2%. The greater frequency of shorter ROH than longer ones indicated that most of the inbreeding in livestock was from previous generations and was due to the existence of common ancestors in distant generations. According to the results of this study, the LD level in the studied population at marker intervals of less than 1000 KB was more than 0.3. Accordingly, the marker density used in this study (50 kb) was appropriate to obtain sufficient accuracy in genomic selection studies in this population. The high level of LD estimated in this study showed an increase in inbreeding and a decrease in genetic diversity in this population..

عنوان گونه گون

Estimation of genomic inbreeding coefficient and linkage disequilibrium in some Holstein herds of East Azerbaijan province using high-density SNP chip data

عنصر شناسه اي

‏رضاپور‏،

ساير عناصر نام

سيده مهکامه ‏

کد نقش

تهیه کننده

عنصر شناسه اي

‏شيخلو،‏

عنصر شناسه اي

‏حسنپور،

عنصر شناسه اي

‏صفري،

ساير عناصر نام

محمدرضا ‏

ساير عناصر نام

کریم ‏

ساير عناصر نام

رشيد ‏

تاريخ

استاد راهنما

تاريخ

استاد راهنما

تاريخ

استاد مشاور

عنصر شناسه اي

‏ تبریز