عنوان

شناسایی پروتئین های کلیدی و مسیرهای پیام رسانی دخیل در سرطان پستان از نوع HER2-negative از طریق آنالیز داده های پروتئومیکس و بررسی بیان ژن کلیدی با روش آزمایشگاهی

شماره

پ۲۷۱۴۶

زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن

per

عنوان اصلي

شناسایی پروتئین های کلیدی و مسیرهای پیام رسانی دخیل در سرطان پستان از نوع HER2-negative از طریق آنالیز داده های پروتئومیکس و بررسی بیان ژن کلیدی با روش آزمایشگاهی

نام نخستين پديدآور

زهرا امراللهی بیوکی

نام ناشر، پخش کننده و غيره

علوم طبیعی(پردیس)

تاریخ نشرو بخش و غیره

۱۴۰۱

نام خاص و کميت اثر

۷۸ص.

مواد همراه اثر

سی دی

جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن

کارشناسی ارشد

نظم درجات

ژنتیک

زمان اعطا مدرک

۱۴۰۱/۰۶/۲۱

متن يادداشت

سرطان پستان یک بیماری پیچیده است که می تواند با تغییرات مولکولی متعدد،باعث تکثیر سلولی و بی ثباتی ژنتیکی شود. بررسی مطالعات بیوانفورماتیک پروتئومیکس و شبکه های چند لایه منجر به درک بهتر بیماری زایی و درمان این بیماری موثرمي شود.در این پروژه سعی داریم تا پروتئین های کلیدی و مسیرهای اصلی پیام رسانی در شبکه بیماری را شناسایی کنیم.مواد و روش هاجهت بدست اورد این لیست ژنی برای آنالیز پروتئومیکس از رویکرد های متفاوتی از قبيل بررسي مقالات, ,KEEG DisGeNET ,String, GEOاستفاده شد. سپس با رسم شبکه هاي پروتئینی، تعیین ماژول های عملکردی در کل شبکه با استفاده از MCOD صورت گرفت تا اصلی ترین مسیر زیستی که اجزای هر ماژول به طور معنی داری درآن ایفای نقش می نمایند مشخص شود. مطالعات بیوانفورماتیکی، در نهایت منجر به انتخاب LNCRNA ABCA12 و ژن fn1 شد و بعد از سفارش و دریافت پرایمرها بیان آن¬ها در 30 بافت توموری پستان و 30 بافت مجاور سالم آن ها با استفاده از روش Real-time PCR ارزیابی شد.نتایج بیان نسبی fn1 در گروه‌های مورد مطالعه، حاکی از افزایش بیان این ژن در بافت سرطان پستان در مقایسه با بافت مجاور می‌باشد . بیان نسبی ABCA12 lncRNA در گروه‌های مورد مطالعه، حاکی از افزایش بیان این lnc RNA در بافت سرطان پستان در مقایسه با بافت مجاور می‌باشد. مقایسه بیان نسبی fn1 در گروه‌های مورد مطالعه، حاکی از افزایش بیان این ژن در مرحله 3 بیمای نسبت به مرحله 1 آن می¬باشد. که از نظر آماری این افزایش بیان، معنا دار بود p=0/0057)).بحثارتباط بیانی بین ABCA12 و ژن fn1 در سرطان پستان HER2 منفی بررسی نشده بود. باتوجه به اینکه ژن fn1 امروزه درمطالعات به عنوان اهداف درمانی در سرطان پستان مورد بررسی قرار میگیرد، بررسی تاثیرات برهمکنش بیانLNC بر تغییرات بیان این ژن و وجود ارتباط مثبت بین آن ها میتواند به عنوان یک تنظیم کننده بیان fn1 در ژن درمانی موثر باشد.

متن يادداشت

AbstractBreast cancer is a complex disease that can cause cell proliferation and genetic instability through numerous molecular changes. Bioinformatics studies of proteomics and multi-layered networks help to better understand the pathogenesis and treatment of this disease.Method: In order to obtain this gene list for proteomics analysis, different approaches were used in advance, searching articles, KEEG, DisGENET, String, GEO. Then, by drawing protein networks and using MCDE, functional modules were determined in the entire network to determine the main biological pathway in which the components of each module play a significant role. Bioinformatics studies finally led to the selection of LNCRNA ABCA12 and FN1 gene, and after ordering and receiving the primers, their expression was evaluated in 30 breast tumor tissues and 30 adjacent healthy tissues using Real-time PCR method. Result: The relative expression of FN1 in the studied groups indicates an increase in the expression of this gene in breast tumor tissues compared to the adjacent healthy tissues. The relative expression of ABCA12 in the studied groups indicates an increase in the expression of this lnc RNA in breast tumor tissuse compared to the adjacent healthy tissues. The comparison of the relative expression of FN1 in the studied groups indicates an increase in the expression of this gene in stage 3 of cancer compared to the stage 1 is it. that this increase in expression was statistically significant.(p=0.0057) Conclusion:The relationship between the expression of this LNC and this gene in HER2 negative breast cancer had not been investigated. Since fn1 gene is currently being investigated in studies as therapeutic targets in breast cancer, investigating the interaction effects of LNC expression on changes in gene expression and positive relationship between them can be effective as an fn1 expression regulator in gene therapy.

عنوان گونه گون

The identification of involved key-role player proteins and signaling pathways in HER2 negative breast cancer through proteomics data analysis by computational and experimental approaches

عنصر شناسه اي

‏امراللهی بیوکی،

ساير عناصر نام

‏زهرا

کد نقش

تهيه کننده

عنصر شناسه اي

‏حسینپورفیضی،

عنصر شناسه اي

صفرعلیزاده،

ساير عناصر نام

‏محمدعلی

ساير عناصر نام

‏ رضا

تاريخ

استاد راهنما

تاريخ

استاد راهنما

عنصر شناسه اي

‏ تبریز