عنوان

بررسی ارتباط ژن‌های کاندید ‮‭PDK۴‬ و ‮‭THRSP‬ با پارامترهای منحنی رشد مرغان لاین گوشتی,‮‭Assessment Relationship between PDK۴ and THRSP Candidate Genes with Growth Curve Parameters in Chicken Line‬

شماره

‭۲۱۲۷۳پ‬

زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن

per

عنوان اصلي

بررسی ارتباط ژن‌های کاندید ‮‭PDK۴‬ و ‮‭THRSP‬ با پارامترهای منحنی رشد مرغان لاین گوشتی

عنوان اصلي به زبان ديگر

‮‭Assessment Relationship between PDK۴ and THRSP Candidate Genes with Growth Curve Parameters in Chicken Line‬

نام نخستين پديدآور

/رامین نعمت‌زاده

نام ناشر، پخش کننده و غيره

: کشاورزی

تاریخ نشرو بخش و غیره

، ‮‭۱۳۹۸‬

نام توليد کننده

، میرزائی

نام خاص و کميت اثر

‮‭۸۴‬ص‬

متن يادداشت

چاپی - الکترونیکی

جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن

کارشناسی ارشد

نظم درجات

علوم دامی گرایش اصلاح نژاد دام

زمان اعطا مدرک

‮‭۱۳۹۸/۰۳/۱۲‬

کسي که مدرک را اعطا کرده

تبریز

متن يادداشت

الگو و نرخ رشد جزء صفات مهم اقتصادی بشمار می‌روند که غیر از پتانسیل ژنتیکی پرنده برای رشد، تحت تاثیر عوامل دیگری، از جمله پتانسیل ژنتیکی پرنده برای برخی بیماریها، نیز قرار می‌گیرند .اهداف پژوهش حاضر به قرار زیر بودند :الف (مطالعه توابع مختلف جهت شناسایی مناسب‌ترین تابع برای برازش منحنی‌های رشد مرغان سالم و مبتلا به آسیت ب (برازش انفرادی منحنیهای رشد و حصول پارامترهای منحنی برای تک تک پرندگان و بررسی ارتباط وقوع آسیت با پارامترهای منحنی رشد ج (شناسایی ژنهای کاندید موثر بر رشد و شناسایی واریانتهای تک نوکلئوتیدی موجود در آن‌ها با آنالیزهای بیوانفورماتیکی د (شناسایی نشانگرهای ‮‭RFLP‬ مرتبط با واریانتها و ه (بررسی ارتباط چندشکلی در واریانتهای ژن‌های ‮‭PDK۴‬ و ‮‭THRSP‬ با پارامترهای منحنی رشد .برای بررسی ارتباط پارامترهای منحنی رشد با وقوع آسیت، از ‮‭۵۵۸۴‬ رکورد وزن بدن مربوط به ‮‭۸۲۳‬ قطعه جوجه گوشتی از یک خط پدری تجاری ‮‭(۳۸۱‬ قطعه نر، ‮‭۴۴۲‬ قطعه ماده (استفاده شد .چهار مدل غیرخطی لجستیک، گومپرتز، لوپز و ریچاردز برازش داده شدند و مناسبترین تابع برای برازش منحنیهای انفرادی شناسایی گردید .در مرحله بعد اثرات اصلی و متقابل جنسیت و وضعیت سلامت) سالم یا مبتلا به آسیت بودن (و همبستگی‌های فنوتیپی بین پارامترهای منحنی رشد حاصل از تابع ریچاردز بررسی شد .برای شناسایی واریانتهای موجود در ژنهای کاندید‮‭CPT۱A‬ ،‮‭GPR۱۸۲‬ ،‮‭MEF۲A‬ ،‮‭THRSP‬ ، ‮‭FABP۴‬ و ‮‭PDK۴‬ از داده‌های بیان ژن‮‭seq) - (RNA‬استفاده شد و برای تشخیص نشانگر ‮‭RFLP‬ بر روی آنها اقدام شد .چندین نشانگر ‮‭RFLP‬ شناسایی شد که یک نشانگر از هر کدام از ژن‌های ‮‭PDK۴‬ و‮‭THRSP‬ ، که با آنزیم ‮‭Sca I‬ قابل بررسی بودند، برای مطالعه بیشتر انتخاب شدند .در مرحله بعد، تعداد ‮‭۱۱۴‬ قطعه پرنده از ‮‭۲۳‬ خانواده پدری ‮‭(۵‬ پرنده از هر خانواده پدری (به تصادف انتخاب و چندشکلی در ژن‌های انتخاب شده با استفاده از روش‮‭RFLP - PCR‬بررسی شد .نتایج نشان داد که بر اساس آماره‌های مختلف، تابع ریچاردز مناسب‌ترین تابع بود .سرعت رشد جوجه‌های مبتلا به آسیت در بازه زمانی ‮‭۱۴‬ الی ‮‭۲۸‬ روزگی بصورت جزئی بالاتر از جوجه‌های سالم بود و سن رسیدن به نقطه عطف منحنی در پرندگان سالم بطور معنی‌داری بالاتر از پرندگان مبتلا به آسیت بود .(>‮‭(۰۵/۰P‬ سرعت رشد در پرندگان سالم به طور معنی‌داری بالاتر از پرندگان مبتلا به آسیت بود که) حداقل در جمعیت مورد بررسی (ارتباط فنوتیپی مثبتی بین نرخ رشد بالا و احتمال وقوع آسیت را نشان نمیداد .نتایج آنالیز بیوانفورماتیکی شش ژن منتخب نشان داد که تنوع ژنتیکی عظیمی در این لاین وجود دارد .بدین ترتیب که در شش ژن مذکور تعداد ‮‭۷۵‬ واریانت چندشکل قابل اعتماد شناسایی شد .تعیین ژنوتیپ ژن‌های ‮‭PDK۴‬ و ‮‭THRSP‬ نشان داد که در جایگاه مربوط به‮‭PDK۴‬ ، فراوانی ژنوتیپ‌های‮‭CC‬ ، ‮‭TC‬ و ‮‭TT‬به ترتیب برابر‮‭۱۰۵/۰‬ ، ‮‭۶۵۸/۰‬ و ‮‭۲۳۷/۰‬ و فراوانی اللی برای الل‌های ‮‭C‬ و ‮‭T‬ به ترتیب برابر با ‮‭۴۳۵/۰‬ و ‮‭۵۶۵/۰‬ بود .در جایگاه مربوط به ‮‭THRSP‬ نیز فراوانی ژنوتیپ‌های‮‭AA‬ ، ‮‭AG‬ و ‮‭GG‬به ترتیب برابر‮‭۱۸۵/۰‬ ، ‮‭۵/۰‬ و ‮‭۳۱۵/۰‬ و فراوانی اللی برای الل‌های ‮‭A‬ و ‮‭G‬ به ترتیب برابر با ‮‭۴۳۴/۰‬ و ‮‭۵۶۶/۰‬ بود .ژنوتیپهای مختلف مشاهده شده هیچ تفاوت معنیداری از نظر پارامترهای منحنی رشد، نرخ رشد و وزن بدن با یکدیگر نشان ندادند .شاید واریانتهای دیگر موجود در این دو ژن عامل تغییر در عملکرد و رشد پرندهها باشد و پیشنهاد میشود واریانتهای دیگر معرفی شده در این تحقیق نیز در مطالعات آتی مورد بررسی قرار گیرند .شاید بتوان از نتایج تحقیق حاضر برای شناسایی بهتر پرندگان حساس و مقاوم بهره برد .همچنین تکنیکهای ارائه شده در این تحقیق میتواند به عنوان الگوی مناسب برای کاربرد روشهای جدید بیوانفورماتیکی در ژنتیک مولکولی و اصلاح‌نژاد مورد استفاده قرار گیرند

متن يادداشت

Growth pattern is an important, economic trait that along with the genetic potential of the bird, is influenced by other non-genetic factors including the birds health status. The objectives of the present study were: A) To assess the goodness of fit of various growth-curves functions to find the most suitable function for the ascitic and healthy chickens, B) To achieve the growth curve parameters (GCPs) for individual birds and study the association of ascites with the GCP, C) To identify the candidate genes related to both ascites and growth rate and variant (SNP) calling on them using bioinformatics analyses, D) To detect RFLP markers associated with the identified variants, and E) To study the association of polymorphism in two selected RFLP markers on PDK4 and THRSP genes with the GCPs. To investigate the probable association of ascites incidence with the growth-curves parameters, a total of 5584 body-weight records belonging to 823 chickens (381 male and 442 female) from a pure broiler line were used. Four nonlinear models including Logistic, Gompertz, Lopez, and Richards functions were fitted on the data and the most appropriate function was identified in order to fit on the individual curves. In the next step, the effect of sex and health-status (ascitic or healthy) on the GCPs was assessed. Six genes including CPT1A, GPR182, MEF2A, CPT1A, FABP4 and PDK4 were subjected to variant calling using gene expression (RNA-seq) data. 58 RFLP markers were identified on the six genes and two of them (one on PDK4 and one THRSP), which could be genotyped by Sca I restriction enzyme, were selected for further analyses. A total of 114 chicks, offspring of 23 sires (five birds per each sire), were subjected to genotyping for both of the markers. Finally, the association of GCPs with the identified genotypes were analyzed using PCR-RFLP. The results showed that, Richards function outperformed others. The ascitic birds were slightly faster in growth rate than others during the 14-28 days of age, and reached the infection point of curve earlier than their healthy counterparts (p<0.05). Growth rate of healthy birds in the entire of rearing period was significantly higher than their ascitic counterparts, suggesting that (at least in the studied population) there is no direct relationship between the rapid growth rate and the incidence of ascites. The results of bioinformatics analyses of the six selected genes showed that there is a huge genetic diversity in this line and at least 75 reliable SNP variants were identified. Genotyping of the two markers on the PDK4 and THRSP genes showed that, in PDK4 gene the frequency of CC, TC and TT genotypes were 0.105, 0.658, 0.237, respectively and allelic frequency of C and T allels were, 0.435, 0.565, respectively. For THRSP gene, frequency of AA, AG and GG genotypes were 0.185, 0.5, 0.315, respectively, and allelic frequency of C and T allels were 0.434, 0.566, respectively. The overall association results demonstrated that there were no no statistically significant differences between the genotypes in terms of growth curve, growth rate, and body weight. This was seen for both of the genes. Perhaps other variants in the studied genes are responsible for changes in the performance and growth of the birds, and it can be suggested that the other variants and markers which were introduced in this study be investigated in the future studies. The results of the current study may be useful to better identify the susceptible and resistant chickens to ascitic. Also, the bioinformatics techniques presented in this research can be used as a modern methodology to identify and detect the markers to be applied in molecular genetics and breeding

عنوان اصلي به زبان ديگر

‮‭Assessment Relationship between PDK۴ and THRSP Candidate Genes with Growth Curve Parameters in Chicken Line‬

مستند نام اشخاص تاييد نشده

نعمت‌زاده، رامین

مستند نام اشخاص تاييد نشده

Nematzadeh, Ramin

مستند نام اشخاص تاييد نشده

علیجانی، صادق، استاد راهنما

مستند نام اشخاص تاييد نشده

شجاع، جلیل، استاد مشاور

مستند نام اشخاص تاييد نشده

حسن‌پور، کریم، استاد مشاور

يادداشت عمومي

سیاه و سفید

وضعیت فهرست نویسی

نمایه‌سازی قبلی