"سیاسی-اجتماعی داستان دو مدرسه: فیضیه و حقانی (به تصویر صفحه مراجعه شود) امروز دیگر حقانی یک مدرسه نیست،یک جریان فکری اثرگذار و تعیینکننده است بین آیت الله مصباح یزدی و شهید بهشتی در برداشت از نوشتهها و عقاید دکتر شریعتی اختلافنظر اساسی وجود داشت زمانی که مبارزات رهبر و بنیانگذار انقلاب اسلامی ایران به اوج رسید،نام مدرسه فیضیه به عنوان پایگاه و خاستگاه نهضت امام خمینی (ر ه)در اذهان جا گرفت. با وجود چنین باوری،اطلاعات ناچیزی راجع به مدرسه حقانی،چگونگی تأسیس، نحوه اداره،شرایط گزینش طلبه و (به تصویر صفحه مراجعه شود) آیت الله مصباح یزدی پس از انقلاب به ترمیم گروه حقانی و تثبیت طیف خود در قم اقدام کرد ..... غروب همان روز برخوردی بین مقلدان و شاگردان حضرت آیت الله العظمی بروجردی با کسانی که خود را جزو گروه مرحوم نواب شهید بهشتی برای طلاب مدرسه حقانی یک دوره درسی 17 ساله تدوین کرده بود (به تصویر صفحه مراجعه شود) صفوی معرفی میکردند روی داد که اتفاقا بعد از انقلاب نیز در صحن مجلس شورای اسلامی مطرح شد. مطلعین میگویند که آیت الله مصباح یزدی در طول سالهای بعد از انقلاب،پس از ترمیم گروه حقانی در قم به تثبیت طیف خود در این شهر پرداخت و در این راه به موفقیتهای بسیاری نیز نایل آمد و از مؤسسه در راه حق جدا شد و با کمک یکی از سرمایهداران خیر مؤسسه دیگری بنام امام باقر(ع)تشکیل داد که بعدها تکمیل و هماکنون با کمک و بودجه عمومی به خصوص بنیاد مستضعفان و جانبازان اداره میکردند."
متن يادداشت
مدرسه فیضیه تا پیش از این زمان ساختمان و محل انبار وسایل خدمه آستانه حضرت معصومه (س) بود .ساختمان مدرسه مربوط به زمان صفویه و متروکه بود و استفاده علمی از آن نمیشد و در واقع مرکزیت حوزه علمیه با تاسیس فیضیه جدید (تغییر شکل کاربردی از انبار به محل تدریس علم) شکل گرفت.