سیاق مهم ترین قرینه در فهم و تفسیر آیات به شمار می رود. علامه طباطبایی در تفسیر خود به این روش اهتمام بسیاری ورزیده است. برخی از مهم ترین مواردی که وی در آنها به سیاق تکیه کرده، به این قرار است: کشف معانی و مفاهیم واژه ها و محتوای آیات، شناخت ترتیب آیات، پذیرفتن یا رد روایات مربوط به تفسیر آیات، نقد و یا تایید آرا مفسران، شناخت و تشخیص آیات و سوره های مکی و مدنی، بیان احکام شرعی، و تفسیر آیات قبل به وسیله آیات بعد یا برعکس، تفسیرجمله ای با جمله ای دیگر در یک آیه، فهمیدن و کشف غرض و هدف آیات.