بر اساس یکی از دیدگاه های طرح شده، روش شناسی ملاصدرا در حکمت متعالیه تفکیکی است. مدعای این نظرگاه این است که ملاصدرا در سیر تحول روشی خود از رویکرد فلسفی- عرفانی و تاویلی نخستین خویش به رهیافتی وحیانی دست می یابد. مستند تفکیک انگاری مطالعه ای موردپژوهانه بر رویکرد ملاصدرا در مساله معاد جسمانی است. اگر چه نگاه تحولی به حکمت متعالیه و سنجش عینی تفکر صدرایی از مزایای این طرح پژوهشی است، ضعف هایی چون: نگاه حصرگرایانه به تحول، ایهام ملازمت تلفیق و تاویل، عدم کفایت ادله، و خلط ایستار فلسفی و ایستار وحیانی این نظریه را با چالش جدی مواجه می سازد.