عنوان

شناسايي مسیرهای مولکولي درگیر در بیماری ناتواني ذهني در خانواده ای با جهش در ژن POLR3B با استفاده از تکنیک RNA-SEQ

Number

۳۳۰۱پ

.Language of Text, Soundtrack etc

فارسی

Title Proper

شناسايي مسیرهای مولکولي درگیر در بیماری ناتواني ذهني در خانواده ای با جهش در ژن POLR3B با استفاده از تکنیک RNA-SEQ

General Material Designation

[پایان نامه]

Parallel Title Proper

Identification of molecular pathway involved in Intellectual disability in family with mutation in POLR3B gene using RNA-Seq technique

Name of Publisher, Distributor, etc.

دانشگاه علوم توان بخشی و سلامت اجتماعیUniversity of Social Welfare and Rehabilitation

Date of Publication, Distribution, etc.

۱۳۹۹

Specific Material Designation and Extent of Item

۱۰۳ص.

Text of Note

پیوست

Dissertation or thesis details and type of degree

19

Discipline of degree

6

Date of degree

۱۳۹۹/۰۸/۱۲

Text of Note

ناتوانی ذهنی (ID) یک بیماری بالینی مهم و شایع ترین اختلال تکامل عصبی است. اتیولوژی و پاتوژنز این بیماری به صورت ضعیفی شناخته شده است. POLR3B دومین زیر واحد بزرگ RNA پلیمراز III را کد میکند. بیماری های مرتبط با جهش در این ژن شامل لکودیستروفی میلینه کننده با یا بدون علائم Oligodontia، هیپو گنادیسم، هیپوگنادوتروپیک و لکودیستروفی مرتبط با Pol III می باشد. در مطالعات قبلی، توالی یابی اگزوم یک جهش بدمعنی هموزیگوت را در ژن Polr3b آشکار کرده بود. برای کشف این که چگونه این جهش ژنتیکی موجب بروز بیماری می گردد و چه مسیرهای ملکولی را تغییر می دهد، بر روی نمونه های خون بدست آمده از بیماران، توالی یابی RNA انجام شد. به طور کلی 509 ژن با بیان متفاوت (P-value <0.05 و fold change> 1.5) بین بیماران با جهش در ژن Polr3b و افراد سالم شناسایی شد. از این 509 ژن، بیان 225 ژن در بیماران کاهش و بیان 284 ژن دیگر افزایش یافته بود. به منظور درک مسیرهای زیستی که توسط این جهش درگیر شده اند، داده های RNA-Seq خود را با چندین برنامه انتولوژی مانند BioCarta، WikiPathways، KEGG، NCI-Nature و panther مورد بررسی قرار دادیم. علاوه بر درگیری سیستم های ایمنی و ترجمه، مهمترین مسیرهای تغییر یافته شامل "تخریب به واسطه جهش بی معنی (NMD)" ، "مولکول های چسبندگی سلول (CAM) "، "مسیر سیگنالینگ گیرنده شبه NOD (NLR)" و برخی مسیرهای متابولیکی مانند "سنتز سلنوسیستئین"، مسیرهای "آریل آمین" و "سولفور" بود. مطالعه حاضر اهمیت مسیرهای مولکولی NMD و CAM را در ناتوانی ذهنی برجسته می کند و اهمیت پروتئین POLR3B در عملکردهای عصبی را روشن می کند.کلمات کلیدی: Polr3b، Intellectual disability، RNA-Seq، NMD، CAM، NLR

Text of Note

Introduction: Intellectual disability (ID) is a clinically important disease and a most prevalent neurodevelopmental disorder. The etiology and pathogenesis of ID are poorly recognized. Polr3b gene encoding the second largest subunit of RNA polymerase III and diseases associated with mutation in this gene are Hypomyelinating leukodystrophy-8 With or Without Oligodontia And/Or Hypogonadotropic Hypogonadism and Pol III-Related Leukodystrophies. Method: To explore how genetic variants alter cell expression in ID patients, RNA sequencing on blood samples was performed. Exome sequencing revealed a homozygous missense mutation in the Polr3b gene in one ID family and to obtain insights into the biological pathways influenced by Polr3b mutation, we applied our RNA-Seq data to several gene ontology programs such as BioCarta, WikiPathways, KEGG, NCI-Nature and panther Result: Overall, 509 differentially expressed genes (p-value <0.05 and fold change> 1.5) were identified between POLR3B mutant patients and controls, of these 509 genes, 225 genes downregulated and 284 genes upregulated in ID patients. in addition to involving immune and translation systems, the most significantly dysregulated pathways were " Nonsense Mediated Decay", " Cell adhesion molecules (CAMs) ", "NOD-like receptor signaling pathway" and some metabolism pathways such as "Selenocysteine synthesis", "Arylamine" and "Sulfur". Conclusion: The current study highlights the importance of NMD and CAM molecular pathways in intellectual disability and highlights the importance of POLR3B in neuronal functions.Keyword: Intellectual Disability, POLR3B, RNA-Seq

Intellectual disability

ساقی، مصطفی

Saghi, Mostafa

کهریزی، کیمیا

نجم آبادی، حسین

کهریزی، کیمیا

Country

ایران

Agency

دانشگاه علوم توان بخشی و سلامت اجتماعی

Date of Transaction

20211102

D

TF

279226

a

Y