عنوان

NGS Analysis of patients with deafness from Tabriz (North-west of Iran)

Number

T24831

.Language of Text, Soundtrack etc

انگلیسی

Title Proper

NGS Analysis of patients with deafness from Tabriz (North-west of Iran)

General Material Designation

Dissertation

First Statement of Responsibility

Jabar Kamal Mirza Abdalla

Name of Publisher, Distributor, etc.

Department of Biology

Date of Publication, Distribution, etc.

1400

Specific Material Designation and Extent of Item

67p.

Other Physical Details

cd

Dissertation or thesis details and type of degree

degree of Master

Discipline of degree

These is approved for the master of sciences in Genetics

Date of degree

1400/06/06

Body granting the degree

Tabriz

Text of Note

Hearing loss (HL) is one of the most common disorders observed in lived-birth babies. Inheritance pattern of non-syndromic hearing loss (NSHL) could be autosomal dominant, autosomal recessive and X-linked. Next Generation Sequencing (NGS) is one of the most recent techniques enables studying several different genetic disorders simultaneously. Applying NGS technique in studying of people with NSHL resulted in discovering several new genes involved in hearing loss. In this study, people with hearing loss of north-west of Iran were selected in order to be studied by NGS. Selected families, were first screened for mutation in GJB2 gene which is one of the most common mutated gene (50-60%) among people with NSHL. Families negative for GJB2 mutation were selected to be further studied. Methods: In this study, 13 un-relative families with NSHL who were negative for GJB2 mutations, were selected, and after sampling, DNA from these people were extracted and probands were studied by NGS. After analyzing data from NGS, the obtained results were confirmed by applying Sanger Sequencing. Results: In thirteen probands studied by NGS the following results were obtained: one compound heterozygote recessive LOXHD1 c.1894 G>T (p. G632C) and c.1876 G>T (p. G626C), three heterozygotes dominant DIAPH3, MCM2, PRPS1L1 c.881 C>T (p. A294V), c.1186G>A (p. A396T), c.145C>G (p. R49G) and Nine homozygote recessive as MYO15A, PDZD7, NARS2, RMND1, SLC26A4, WHRN, FGF3, CDH23, MYO7A, c.7967-2A>T, c.203T>G (p. I68S), c.1082A>G (p. N361S), c.965T>A (p. L322Q), c.164del 1G (p. S55Ifs*10), c.406G>C (p. G136R), c.45del 1C (p. W16Gfs*62), c.3088C>T (p. L1030F), c.6025G>A ( p. A2009T) respectively. Four of the families were non consanguineous and nine consanguineous family were studied in this investigation.Conclusion: Of 13 families with NSHL who were negative for GJB2 gene mutations, NGS analysis resulted in identifying one compound heterozygous, nine homozygous and three heterozygous with dominant inheritance pattern. Out of 13 families, nine of them were consanguineous marriage and the rest were non-consanguineous marriage.

Text of Note

پس زمینه : ناشنوائی یکی از شایع ترین بیماریهای مشاهده شده در نوزادان زنده بدنیا آمده میباشد. الگوهای وراثتی ناشنوائی غیرسندرمی میتواند به انواع مختلفف اتوزوم غالب، اتوزوم مغلوب و یا وابسته به جنس باشد.توالی نسل بعدی (NGS) یک نوآوری مترقی بوده که امکان غربالگری و بررسی همزمان تعداد زیادی از ژنهای بیماریزا در مبتلایان به بیماریهای ژنتیکی را میدهد. بکارگیری این تکنیک توالی نسل بعدی در کشف ژنهای بیماریزایی ناشنوائی در مبتلایان به ناشنوائی ارثی، منتهی به کشف ژنهای جدید ناشنوائی گردیده است. در این مطالعه، ناشنوایان از منطقه شمالغرب کشور ایران انتخاب گردیده تا بروش تکنیک تعیین توالی نسل بعدی، مورد بررسی ژنتیکی قرار بگیرند. خانواده های انتخاب شده، اول برای موتاسیون در ژن کانکسین 26 که یکی از ژنهایی است که در 50 الی 60 درصد از ناشنوایان غیرسندرمیک ارثی متحمل جهش میشود، کنار گذاشته شده و در صورت منفی بودن برای این موتاسیون، وارد مطالعه گردیدند.روش بررسی: در این مطالعه، سیزده خانواده غیرخویشاوند با ناشنوائی ارثی که منفی برای موتاسیون در ژن کانکسین 26 بودند، انتخاب شده و از مبتلایان خونگیری بعمل آمده و DNA آنها استخراج شده و جهت بررسی بروش NGS مورد مطالعه قرار گرفتند. بعد از آنالیز دیتای بدست آمده از NGS، موتاسیونهای بدست آمده بروش سنگر سکانسینگ مورد تایید قرار گرفتند.يافته ها: در 13 پروباند انتخاب شده تعیین توالی نسل بعدی، نتایج زیر بدست آمدند: یک مورد هتروزیگوت ترکیبی LOXHD1 c.1894 G>T (p. G632C) و c.1876 G>T (p. G626C) سه مورد هتروزیگوت غالب DIAPH3، MCM2, PRPS1L1 c.881 C>T (p. A294V), c.1186G>A (p. A396T), c.145C>G (p. R49G) و 9 مورد هموزیگوت مغلوب به قرار زیر MYO15A, PDZD7, NARS2, RMND1 , SLC26A4, WHRN, FGF3, CDH23, MYO7A, c.7967-2A>T, c.203T>G (p. I68S), c.1082A>G (p. N361S), c.965T>A (p. L322Q), c.164del 1G (p. S55Ifs*10), c.406G>C (p. G136R), c.45del 1C (p. W16Gfs*62), c.3088C >T (p. L1030F), c.6025G>A (p. A2009T) . در این مطالعه، از 13 خانواده بررسی شده، چهار خانواده با ازدواج غیرفامیلی و 9 خانواده با ازدواج فامیلی بودند.نتیجه گیری: از 13 خانواده با ناشنوائی غیرسندرمیک ارثی که فاقد موتاسیون در ژن کانکسین 26 بودند، بررسی ژنتیکی بروش NGS نشانگر وجود موتاسیون بصورت هموزیگوت در 9 مورد، یک مورد هتروزیگوت ترکیبی و سه مورد هتروزیگوت غالب بوده است. از 13 خانواده بررسی شده، 9 خانواده دارای ازدواج فامیلی و بقیه ازدواج غیرفامیلی بودند

Variant Title

بررسی ژنتیکی ناشنوائی از منطقه شمالغرب کشور ایران با استفاده از روش NGS

Subject Term

Hearing loss, autosomal recessive non-syndromic hearing loss (ARNSHL), Whole Exome Sequencing, NGS

Subject Term

ناشنوایی، ناشنوایی غیر سندرمی اتوزومی (ARNSHL)، توالی کامل اکسوم، NGS

Entry Element

Mirza Abdalla,

Part of Name Other than Entry Element

Jabar Kamal

Relator Code

Producer

Entry Element

Jabbarpour Bonyadi,

Part of Name Other than Entry Element

Mortaza

Relator Code

Thesis advisor

Entry Element

Tabriz

Country

ایران

Agency

center library of tabriz

Call Number

ارشد پایاننامه QL351 .M57 1400

Electronic name

e

TL

276903

a

Y