عنوان

روش تک مرحله ای در ارزیابی ژنومی صفات تولیدمثلی در گاوهای هلشتاین آذربایجان شرقی

Number

پ۲۷۴۶۸

.Language of Text, Soundtrack etc

per

Title Proper

روش تک مرحله ای در ارزیابی ژنومی صفات تولیدمثلی در گاوهای هلشتاین آذربایجان شرقی

First Statement of Responsibility

سودابه رحمتی

Name of Publisher, Distributor, etc.

کشاورزی

Date of Publication, Distribution, etc.

۱۴۰۱

Specific Material Designation and Extent of Item

۴۹ص.

Accompanying Material

سی دی

Dissertation or thesis details and type of degree

کارشناسی ارشد

Discipline of degree

علوم دامی گرایش اصلاح نژاد دام

Date of degree

۱۴۰۱/۰۶/۱۹

Text of Note

ذخایر جانوری و گیاهی به عنوان سرمایه ملی و ذخایر استراتژیک هر کشور محسوب می¬شوند، حفظ و تکثیر آنها از ارزش و اهمیت بسیاری برخوردار است. صفات تولید مثلی، نقش مهمی در صنعت گاو شیری و بازده اقتصادی آن دارند. باروری از مهم¬ترین صفات تولید مثلی گاوهای شیری محسوب می¬شود که با استفاده از روش¬هایی همراه با اطلاعات ژنومی قابل ارتقا می¬باشد که یکی از این روش¬ها مطالعات پیوستگی در سطح ژنوم (GWAS) است. هدف از این تحقیق، بررسی اثرات چند شکلی¬های تک نوکلئوتیدی (SNP) بر صفات تولید مثلی گاوهای شیری هلشتاین آذربایجان شرقی بود. صفات مورد مطالعه شامل سن اولین زایش، فاصله گوساله¬زایی، روزهای باز، تعداد تلقیح به ازای آبستنی یا درصد گیرایی به تفکیک گاو و تلیسه می¬باشد. در این تحقیق، از روش تک مرحله¬ای (Single step) به منظور بررسی SNP ها و ارزیابی ارزش ژنومی گاوها استفاده شد. همچنین اطلاعات مربوط به صفات تولید مثلی مذکور، از گاوداری¬های با مدیریت تولید مثلی بالا به همراه اطلاعات شجره¬ای کامل برای گاوهای شیری هلشتاین در سطح استان آذربایجان شرقی جمع آوری گردید. اطلاعات ژنوتیپی حیوانات مورد آنالیز که توسط شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شده بودند شامل 47843 نشانگر بود که بر روی 43 گاو ماده هلشتاین مورد بررسی قرار گرفت. مدل آماری شامل اثرات تمامی نشانگرها و اثرات تصادفی حیوانات می¬باشد. در این تحقیق ابتدا فایل داده¬¬های ژنوتیپی با استفاده از نرم¬ افزارهای plink، SAS و R آماده¬سازی شد، سپس با ادغام فایل¬ها و تشکیل فایل شجره، از نرم¬ افزار BLUPF90 برای انجام ارزیابی ژنومی تک مرحله¬ای و برآورد اثر نشانگرها استفاده گردید. پس از انجام محاسبات آماری و رسم نمودارها توسط نرم افزار R، براساس آنالیزهای به دست آمده، در مجموع 6 SNP معنی¬دار مشاهده شد (05/0>P) که از بین آنها یک SNP با عنوان BovineHD2500002215 معنی¬دار برای صفت فاصله گوساله¬زایی بر روی کروموزم شماره 25 قرار داشت. برای صفت روزهای باز نیز دو SNP با عنوان¬های BovineHD0700000032 و BovineHD1900002877 به ترتیب بر روی کروموزم¬های شماره 7 و 19 معنی¬دار شدند. همچنین، در مجموع سه SNP برای صفت تعداد تلقیح به ازای آبستنی با عنوان¬های Hapmap39421-BTA-65907، BovineHD0500011525 و ARS-BFGL-NGS-18771 به ترتیب برکروموزوم-های شماره 4، 5 و 15 معنی¬دار شدند. SNP ها و ژن¬های جدید شناسایی شده در این مطالعه می¬توانند اطلاعات جدیدی را در مورد معماری ژنتیکی صفات تولید مثلی برای بهبود اطلاعات ژنومی گاوهای هلشتاین ماده ارائه دهند.

Text of Note

Abstract: Animals and plants are considered as national wealth and strategic reserves of any country, their preservation and reproduction are very important. Reproductive traits play an important role in the dairy cow industry and its economic efficiency. Fertility is one of the most important reproductive traits of dairy cows that can be improved by using methods with genomic information, one of these methods is the genome-wide association studies (GWAS). The aim of this study was to investigate the effects of single nucleotide polymorphisms (SNP) on reproductive traits of East Azerbaijan Holstein dairy cows. The studied traits included age at first calving, calving interval, open days, and the number of services per conception. In this study, a single-step method was used to study SNPs and evaluate the genomic value of cows. Also, information on reproductive traits and complete pedigree were collected from farms with high reproductive management for Holstein dairy cows in East Azerbaijan province. The genotypic data of the analyzed animals, which were genotyped by Illumina, included 47,843 SNPs that were studied on 43 Holstein cows. The statistical model included the effects of all markers and random effects of animals. In this study, at first, the genotypic data file was prepared using plink, SAS, and R softwares, then by merging the files and forming the pedigree file, BLUPF90 software was used to perform single-step genomic evaluation and estimate the effect of markers. After doing statistical calculations and plotting the graphs by R software, based on the obtained analyzes,6 significant SNPs were observed (P<0.05). One significant SNP named BovineHD2500002215 for calving interval trait was located on chromosome 25. For the open days trait, two SNPs named BovineHD0700000032 and BovineHD1900002877 were significant on chromosomes 7 and 19, respectively. Also, in total, three SNPs for the number of services per conception trait named Hapmap39421-BTA-65907, BovineHD0500011525, and ARS-BFGL-NGS-18771 were significant on chromosomes 4, 5, and 15 respectively. Identified SNPs and genes in this study could provide new information about the genetic architecture of reproductive traits to improve genomic information of Holstein cows

Variant Title

Single step method for genomic evaluation of reproductive traits in East Azerbaijan Holstein cows

Entry Element

‏‏رحمتی،

Part of Name Other than Entry Element

‏سودابه

Relator Code

تهيه کننده

Entry Element

‏علیجانی،

Entry Element

‏جوانمرد،

Entry Element

‏شیخلو،

Part of Name Other than Entry Element

‏صادق

Part of Name Other than Entry Element

‏آرش

Part of Name Other than Entry Element

‏محمد رضا

Dates

استاد راهنما

Dates

استاد مشاور

Dates

استاد مشاور

Entry Element

تبریز