NATIONAL BIBLIOGRAPHY NUMBER
Number
۲۲۵۵۸پ
LANGUAGE OF THE ITEM
.Language of Text, Soundtrack etc
per
TITLE AND STATEMENT OF RESPONSIBILITY
Title Proper
ردیابی، شناسایی مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی RNA ماهواره ای جدایه های ویروس برگ بادبزنی مو از میزبان های مختلف در منطقه شمال غرب ایران
Parallel Title Proper
Detection, Molecular Characterization and Genetic Diversity of Satellite RNA from Grapevine Fanleaf Virus Isolates from Different Hosts in Northwest of IRAN
First Statement of Responsibility
/افسانه دلپسندخبازی
.PUBLICATION, DISTRIBUTION, ETC
Name of Publisher, Distributor, etc.
: کشاورزی
Date of Publication, Distribution, etc.
، ۱۳۹۸
Name of Manufacturer
، میرزائی
PHYSICAL DESCRIPTION
Specific Material Designation and Extent of Item
۷۷ص
NOTES PERTAINING TO PUBLICATION, DISTRIBUTION, ETC.
Text of Note
چاپی - الکترونیکی
DISSERTATION (THESIS) NOTE
Dissertation or thesis details and type of degree
دکتری
Discipline of degree
گیاه‌پزشکی -ویروس شناسی گیاهی
Date of degree
۱۳۹۸/۱۱/۱۷
Body granting the degree
تبریز
SUMMARY OR ABSTRACT
Text of Note
ویروس برگ بادبزنی مو (GFLV) Grapevine fanleaf virus نپوویروسی از راستهPicornavirales ، خانواده Secoviridae و زیر خانواده Comovirinae یکی از مهمترین ویروس های بیمارگر مو می باشد .تمام جدایه های این ویروس دارای دو قطعه آر ان ای ژنومی تک رشته ای و سنس مثبت بوده و در طبیعت عمدتا توسط نماتد خنجری Xiphinema index و نیز X. italiae منتقل می شود .با تحقیقات انجام شده تا به امروز مشخص شده است که برخی از جدایه های ویروس، علاوه دو قطعه آر ان ای ژنومی، دارای یک قطعه آر ان ای سوم به نام آر ان ای ماهواره ای می باشند .تا به حال از مناطق مختلفی این آر ان ای ردیابی و گزارش شده است .در تمام موارد گزارش شده شباهت های زیادی بین توالی های مربوط به این آر ان ای وجود دارد .اما تاکنون گزارش رسمی از ردیابی آر ان ای ماهواره ای ویروس برگ بادبزنی مو از آسیا و علی الخصوص از ایران وجود ندارد .از این رو برای ردیابی این آر ان ای، بر مبنای توالی های آر ان ای ماهواره ای ثبت شده در ژنبانک، آغازگرهایی طراحی گردید که امکان تکثیر این قطعه را در تعدادی از نمونه ها فراهم کرد .برای یافتن منبع ویروسی، نمونه برداری از تاکستان های شمال غرب کشور شامل آذربایجان شرقی ئ غربی و اردبیل صورت گرفت .ردیابی ویروس با استخراج dsRNA و یا آر ان ای کل صورت گرفت .در مرحله بعد، دی ان ای مکمل (cDNA) سنتز شده و با کمک آغازگرهای اختصاصی gf۷۵۰ و gr۷۵۰ قطعه ای به طول تقریبی۷۵۰ - ۷۰۰جفت باز از روی cDNA افزایش یافت .همچنین انتقال ویروس و آر ان ای ماهواره ای آن به نسل بعد بررسی شده و با استخراج dsRNA و آرتی- پی سی آر بر روی آنها نتیجه انتقال مثبت شد .از خاک مو آلوده به ویروس برگ بادبزنی مو که نتیجه آرتی -پی سی آر با آغازگرهای آختصاصی پروتئین پوششی و آر ان ای ماهواره ای ویروس مثبت بود، برای ردیابی نماتدXiphinema index ، نمونه برداری صورت گرفت .استخراج dsRNA و آر ان ای کل از نماتدها صورت گرفت و با انجام آرتی-پی سی آر، ویروس برگ بادبزنی با غلظت مناسب و آر ان ای ماهواره ای آن با غلظت پایین تر از آنها ردیابی شد .قطعات حاصل از آرتی-پی سی آر به پلاسمیدpTG۱۹ - Tمتصل شد و همسانه سازی آنها در باکتری Ecoli, DH۵ و آنگاه ترادف یابی آنها صورت گرفت .میزان اختلاف ژنتیکی توالی آر ان ای ماهواره ای در بین جدایه های ایرانی و جدایه های از قبل تعیین توالی شده و نیز توالی آر ان ای ماهواره ای ویروس موزائیک آرابیس (ArMV)توسط نرم افزار GeneDoc و CLC sequencer بررسی و ماتریس اختلافات توسط نرم افزار آنلاین Sequence identity server بدست آمد .بین توالی آر ان ای ماهواره ای جدایه های ایرانی توالی یابی شده۱۰۰ - ۹۶درصد، بین این توالی ها و جدایه های از قبل توالی یابی شده۹۸ - ۷۰درصد و بین توالی آر ان ای ماهواره ای جدایه های ایرانی با جدایه های۷۱ - ۶۹درصد شباهت آشکار شد
Text of Note
Grapevine fanleaf virus (GFLV), a nepovirus from Secoviridae, is one of the most severe viruses of the grapevine. All the virus isolates have two single-stranded positive sense genomic RNAs. This virus is naturally transmitted by the dagger nematode Xiphinema index. It has been demonstrated that some of the virus isolates have also a third RNA as satellite RNA. The satRNA has been reported from different regions which have more similarities with each other. There is so far no published report of the GFLV satRNA from Asia, especially from Iran. So, we designed specific primers based on registered satRNA sequences in Genbank which amplified the satRNA cDNA from few samples. For detection of the virus, sampling was done from vineyards in northwest region of Iran. DsRNA and/ or total RNA extraction from diseased samples were used for the virus detection. cDNA was synthesized and the PCR was carried out by the use of the satRNA specific primers (gf750, gr750) resulting in amplification of a 750 bp fragment corresponding to the satRNA. GFLV and the satRNA transmission to the progeny plants were also checked. Accordingly, seeds from Chenopodium amaranticolor (?) plants which were naturally infected with GFLV and the satRNA were sown and the resulting seedlings were subjected to RNA extraction and RT-PCR showing that the virus together with the satRNA were transmissible to the next generation of the host plant. Sampling from rhizosphere of the infected grapevine was also done. dsRNA and total RNA from nematodes were also subjected to RT-PCR and the results showed that the infection with the virus and its satRNA occur in nematodes though at a low concentration. The RT-PCR fragment (700-750 bp) was ligated into pTG19-T, cloned in Ecoli and sequenced. Sequence comparisons were done between the newly sequenced satRNA isolates, and also between these sequences and previously published GFLV satRNAs, in addition to comparison between the Irans GFLV satRNA sequences and that of ArMV. The comparisons revealed identity levels of 96-100 within Irans isolates, 70-98 between Irans isolates and previously published GFLV satRNAs, and 69-71 between Irans GFLV satRNA sequences and that of ArMV
PARALLEL TITLE PROPER
Parallel Title
Detection, Molecular Characterization and Genetic Diversity of Satellite RNA from Grapevine Fanleaf Virus Isolates from Different Hosts in Northwest of IRAN
PERSONAL NAME - PRIMARY RESPONSIBILITY
دلپسندخبازی، افسانه
Delpasand Khabbazi, Afsaneh
ELECTRONIC LOCATION AND ACCESS
Public note
سیاه و سفید
نمایه‌سازی قبلی
