در برخی منابع ذکر شده که سید جمال الدین اسد آبادی متولد اسعدآباد نزدیک کُنَر، در شرق ناحیه کابل افغانستان از خانواده ای حنفی مذهب بود. با این وجود، منابع شیعی، شهر تولد او را همدان در ایران ذکر کردند. این گزارش ها نشان دهنده این است که او، وانمود می کرده که افغانی تبار است، تا از قدرت مستبدانه حکومت ایران فرار کند . به استناد بهترین مدرک، او ابتدا در خانه آموزش یافت، سپس توسط پدرش برای تحصیل بیشتر به قزوین، سپس تهران و در حالی که جوان بود، به عتبات، شهرهای زیارتگاه شیعیان در عراق فرستاده شد. به استناد رهبران شیخی، او تحت تاثیر مکتب شیعی قرار گرفته بود. اسدآبادی تحت تاثیر افکار فیلسوفهای مسلمان، از جمله ابنسینا، خواجه نصیرالدین طوسی و ملاصدرا قرار گرفت . به گفته یمحمد عبده شاگرد ایشان وی ایرانی بود ولی به دو علت خود را افغانی معرفی مینمود: اول اینکه بتواند در کشورهای عربی خود را سنی معرفی کند و به هدفهایش برسد. دوم اینکه خود را از دست مقررات سختی که دولت ایران برای اتباعش در خارج قرار داده بود برهاند. یرواند آبراهامیان نیز معتقد است وی پس از مهاجرت به استانبول برای مخفی کردن زمینه شیعه خود، نام افغان را برگزید