بررسی تفاوت های ژنومیک و ترانسکریپتومیک لنفوسیت های TCD4+ و TCD8+ در بیماران مبتلا به مالتیپل اسکلروزیس
General Material Designation
[پایان نامه]
First Statement of Responsibility
زهرا صالحی
.PUBLICATION, DISTRIBUTION, ETC
Name of Publisher, Distributor, etc.
دانشگاه علوم پزشکی تهران، دانشکده پزشکی
Date of Publication, Distribution, etc.
۱۴۰۰
PHYSICAL DESCRIPTION
Specific Material Designation and Extent of Item
۱۸۰ص.
DISSERTATION (THESIS) NOTE
Dissertation or thesis details and type of degree
دکتری تخصصی(PHD)
Discipline of degree
ایمنی شناسی پزشکی
Date of degree
۱۴۰۰/۰۶/۱۴
SUMMARY OR ABSTRACT
Text of Note
مقدمه و هدف: بیماری مالتيپل اسكلروزيس یک بيماري التهابی مزمن و خودایمن سيستم عصبي مركزي است كه با دميلينه شدن پيشرونده آكسون ها و سرانجام فلجي همراه مي باشد. مطالعات نشان داده اند که بیماری به واسطه شكست تولرانس زیر گروه های مختلف سلول های T نسبت به آنتي ژن هاي ميلين شروع مي شود و با عبور سلول هاي T خودواکنشگر از عرض سد خوني - مغزي، آسيب به نورون هاي مركزي صورت مي گيرد. بیماری معمولا در بزرگسالان بين سنين 20 تا 40 سالگي شروع مي شود و در خانم ها نسبت به آقايان شايع تر است. هر چند بيماري مالتيپل اسكلروزيس به وضوح بر اساس يک الگوي مندلي ساده به ارث نمي رسد، اما حدود 20% بیماران مبتلا به مالتیپل اسکلروزیس دارای سابقه خانوادگی ابتلا به این بیماری می باشند. با وجود مطالعات ژنتیکی انجام شده، واریانت های ژنتیکی نادر و همچنین الگوی بیان ژن سلول های ایمنی دخیل در بیماری، به ویژه فرم خانوادگی آن، به خوبی شناخته نشده است. روش کار: در مطالعه حاضر به منظور یافتن واريانتهاي نادر احتمالي با ميزان اثر بالا يا احتمالا ژن جدید از طریق روش توالی یابی اگزوم، نمونه گیری از افراد مبتلا به فرم خانوادگی مالتیپل اسکلروزیس (تعداد خانوده = 3) نمونه گیری و استخراج DNA انجام شد. سپس، جهت تایید واریانت های یافت شده از توالی یابی سنگر استفاده گردید. همچنین، جهت دست یافتن به الگوی بیان ژن در مالتیپل اسکلروزیس، الگوی بیان ژن لنفوسیت های T در بیماران مبتلا به فرم عود کننده-بهبود یابنده در فاز عود (تعداد=4 نفر) در مقایسه با افراد سالم (تعداد=4 نفر) با استفاده از روش توالی یابی کل RNA مورد بررسی قرار گرفت. یافتهها: با استفاده از توالی یابی اگزوم در افراد با سابقه خانوادگی بیماری مالتیپل اسکلروزیس واریانت های ژنتیکی POLD2Arg141cys و NBPF1Gly487Asp به ترتیب به عنوان واریانت های دخیل در فرم خانوادگی مالتیپل اسکلروزیس با الگوی وراثت مغلوب و غالب معرفی شدند، که تاکنون در پایگاه های داده عمومی و جمعیت ایران مشاهده نشده است. از آنجا که واریانت ژنتیکی یافت شده در ژن POLD2 سبب کاهش انرژی حلال قطبی در محصور پروتئینی آن می گردد، واریانت ژنتیکی یافت شده به احتمال زیاد منجر به تغییرات ساختاری در مجموعه آنزیمی DNA پلی مراز می شود. علاوه بر این، با استفاده از بسته نرم افزاری edgeR، 2677 ژن به عنوان ژن تفرق یافته (1278 ژن با بیان بالا و 1034 ژن با بیان پایین) در سلول های TCD4+ در بیماران مبتلا به الگوی عود کننده-بهبود یابنده در فاز عود در مقایسه با افراد سالم شناسایی شدند. ژن های JAML و KDM3A به ترتیب ژن هایی با بالاترین و پایین ترین بیان در بیماران در مقایسه با افراد سالم بودند. ژن های افتراقی شناسایی شده عمدتا به ترتیب بر روی کروموزوم های 1 و 2 بودند. بر اساس آزمون غنی سازی مشخص گردید که ژن های تفرق یافته در بیماران مبتلا به بیماری مالتیپل اسکلروزیس غالبا در فرایندهای زیستی نظیر “regulation of transcription, DNA-templated” (GO: 0006355,)، “regulation of B cell receptor signaling pathway” (GO: 0050855)، "Protein phosphorylation" (GO: 0006468)، " epidermal Growth factor receptor signaling pathway " (GO: 0007173)، "ERBB signaling pathway " (GO: 0038127)، و "positive regulation of neurogenesis" (GO: 0050769) دخیل می باشند. همچنین، 16 مسیر KEGG که عمدتا با مسیرهای سیستم ایمنی و عفونت های ویروسی مرتبط بودند در بیماران یافت شدند. همچنین، در شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین، ژن های UBA52 و TP53 به عنوان ژن های کلیدی شناخته شدند.نتیجه گیری: در مطالعه حاضر به کمک توالی یابی اگزوم واریانت های نادر ژنتیکی احتمالا دخیل در بیماری مالتیپل اسکلروزیس شناسایی شدند. همچنین، با استفاده از ارزیابی الگوی بیان ژن در سلول های T، ژن ها و مسیرهای جدید درگیر در پاتوژنز بیماری معرفی شدند. با این وجود، نتایج حاضر باید توسط مطالعات in vivo و in vitro بیشتر مورد بررسی قرار گیرند.