عنوان
پدید آورنده
موضوع
رده
کتابخانه
محل استقرار
NATIONAL BIBLIOGRAPHY NUMBER
Number
۹۳۱۶۱پ
LANGUAGE OF THE ITEM
.Language of Text, Soundtrack etc
فارسی
Language of Original Work
فارسی
TITLE AND STATEMENT OF RESPONSIBILITY
Title Proper
بررسی بیان 4 ژن وي‍ژه بيضه شامل FSCN3 ,DDX4 ,ACSBG2 و SEPT12 در بیضه و کبد انسان، گاو، موش و رت به منظور بررسی كيفی اطلاعات موجود در بانک اطلاعاتی بین المللی NCBI
General Material Designation
[پایان نامه]
First Statement of Responsibility
علی نجفی
.PUBLICATION, DISTRIBUTION, ETC
Name of Publisher, Distributor, etc.
دانشگاه علوم پزشکی تهران، دانشکده پزشکی
Date of Publication, Distribution, etc.
۱۳۹۶
PHYSICAL DESCRIPTION
Specific Material Designation and Extent of Item
۹۵ص.
Other Physical Details
جدول،نمودار
Accompanying Material
سی دی
DISSERTATION (THESIS) NOTE
Dissertation or thesis details and type of degree
کارشناسی ارشد
Discipline of degree
ژنتیک انسانی
SUMMARY OR ABSTRACT
Text of Note
مقدمه و هدف: ژنهای ویژه بافت آن دسته از ژنها هستند که بیان اختصاصی یا حداقل، بیان افزایشیافتهای در یک بافت خاص دارند. برای ارزیابی دادههای بیان ژن منتج شده از پروفایلهای EST در پایگاه داده UniGene، که یکی از مهمترین پایگاههای داده در زمینه بیان ژن میباشد، 4 ژن ویژه بیضه که در Bos taurus پروفایل غیرطبیعی ویژه کبد داشتند، برای بررسیهای آزمایشگاهی انتخاب شدند. همچنین در مورد این پایگاه داده، هدف دیگر عبارت بود از یافتن موارد کتابخانههای cDNA مشکل دار در این پایگاه، که برای این منظور از ژنهای محافظت شده و دارای بیان افزایش یافته استفاده شد.مواد و روش کار: برای اطمینان از ویژه بیضه بودن ژنهای ACSBG2، DDX4، FSCN3 و SEPT12، بیان این ژنها به صورت آزمایشگاهی در بیضه و کبد انسان، موش سوری، موش صحرایی و گاو بررسی شد. چهار نمونه نرمال از هر بافت مربوط به هر گونه با RT-PCR بررسی شد و نتایج با هضم آنزیمی و توالییابی تایید شد. برای افزایش حساسیت کار هم از روش Semi-nested RT-PCR استفاده شد که خود آن هم تاییدکننده نوارهای به دست آمده در مرحله RT-PCR بود. سپس آنالیزهای بیوانفورماتیکی بر روی دادههای این 4 گونه به اضافه خوک که از پایگاه داده UniGene دانلود شده بود و شامل بیش از 11 میلیون EST و اطلاعات مربوط به آنها بود، انجام شد. ژنهای با بیان بالای 50% در یک بافت خاص از حداقل 3 گونه مورد مطالعه، که در واقع محافظت شدگی به همراه بیان افزایشیافته در بافتی خاص را نشان میدهند، بعنوان ابزاری برای یافتن کتابخانههای غیرطبیعی استفاده شدند. جستجو بر پایه EST و بر پایه ژن برای تمامی کتابخانههای این 5 گونه انجام شد و دادههای نهایی به صورت دستی بررسی شد. آنالیزها توسط زبان برنامهنویسی Python 2.7 و برنامه Notpad++ انجام شدند.یافته‌ها: نتایج حاصل از RT-PCR و Semi-nested RT-PCRنشان داد که ACSBG2، DDX4، FSCN3 و SEPT12 در بافت بیضه گونههای مورد مطالعه رونویسی میشوند و در بافت کبدی آنها بیانی ندارند. این نتایج توسط روشهای هضم آنزیمی و توالییابی هم تایید شدند و بررسی بیان این ژنها توسط روش RT-PCR بر روی چند بافت دیگر منجمله پروستات، تیروئید و پستان هم، حاکی از عدم بیان این ژنها در نمونههای نرمال این بافتها بود. نتایج نشان داد که یک کتابخانه مربوط به B. taurus با نام GC_BGC-04 که در پایگاه داده UniGene بعنوان کتابخانهای دارای منشا بافت کبدی معرفی شده است، در واقع مربوط به بافت بیضه میباشد. آنالیزهای بیوانفورماتیکی هم صحت این مورد را تایید کردند و علاوه بر این، حداقل 7 کتابخانه دیگر مربوط به B. taurus و S. scrofa نیز به عنوان کتابخانههای با نامگذاری غلط تشخیص داده شد. یک کتابخانه انسانی هم به صورت مشکوک گزارش شد که امکان تایید قطعی اشتباه بودن نامگذاری آن به علت این که این کتابخانه به اندازه کافی بزرگ نبود، وجود نداشت. همانطور که انتظار میرفت، برخی بافتها دارای ژنهای ویژه/با بیان افزایش یافته مشترکی با همدیگر بودند که یکی از موارد جالب، مربوط به ژنهای اختصاصی مغز-بیضه بود. در کل، حداقل 1.29% از ESTهای بافتهای نرمال این 5 گونه مربوط به کتابخانههای cDNA با نامگذاری اشتباه یا مخلوط شده گزارش شد.نتیجه‌گیری: استفاده از روش ارائه شده در این مطالعه که مبتنی بر یافتههای آزمایشگاهی و بیوانفورماتیکی میباشد، به غیر از روش استفاده از ژنهای اختصاصی جنس، تنها روش در دسترس برای یافتن کتابخانههای cDNA یا datasetهای با نامگذاری اشتباه در پایگاههای داده بیانی است. با توجه به محدودیتهای این روش، باید توجه شود که مقدار واقعی کتابخانههای مخلوط شده در UniGene بیشتر از مقدار تقریبی 1.3% یافت شده در این مطالعه است. اثبات وجود خطا در چنین پایگاههای دادهای،از یک سو ضرورت دقت بیشتر در طول روند نمونهگیری تا ثبت دادههای مربوط به آن و از سوی دیگر هم لزوم غربالگری دیتاهای ثبت شده در پایگاههای داده قبل از نمایش عمومی آنها برای وجود هر گونه خطا را نشان میدهد. همچنین محققین باید نسبت به وجود چنین خطاهایی آگاه باشند.
TOPICAL NAME USED AS SUBJECT
ژنهای ویژه بافت
UniGene
کتابخانه های cDNA با نامگذاری اشتباه
ژنهای با بیان افزایش یافته بافتی
SEPT12
FSCN3
DDX4
ACSBG2
Testis specific genes
Mislabelled cDNA libraries
Tissue enriched genes
PERSONAL NAME - PRIMARY RESPONSIBILITY
Relator Code
، پدیدآور
نجفی، علی
PERSONAL NAME - SECONDARY RESPONSIBILITY
Relator Code
، استاد راهنما
Relator Code
، استاد مشاور
مدرسی، محمدحسین
بیگم مباشری، مریم
CORPORATE BODY NAME - SECONDARY RESPONSIBILITY
Entry Element
دانشگاه علوم پزشکی تهران، دانشکده پزشکی
ORIGINATING SOURCE
Country
ایران
Date of Transaction
20230223
LOCATION AND CALL NUMBER
Call Number
۱۷۱۸ف
DATA NOT CONVERTED FROM SOURCE FORMAT
Tag of the Source Format Field
دانشگاه علوم پزشکی تهران، کتابخانه دانشکده پزشکی
p
TF
92029
a
Y
