عنوان
پدید آورنده
موضوع
رده
کتابخانه
محل استقرار
۳۴۷۴پ
فارسی
آنالیز مجدد داده های توالییابی کل اگزوم در 02 خانواده مبتال به ناشنوایی در جمعیت ایرانی
[پایان نامه]
Reanalysis of whole exome sequencing data in 20 families with hearing loss in Iranian population
علوم توان بخشی و سلامت اجتماعیPsychology & Education of Exceptional Children
۱۴۰۰
۱۷۵ص.
پیوست
19
6
۱۴۰۱/۰۲/۰۸
Introduction: Hearing loss affects millions of people. Approximately 50–60% of hearing loss patients are attributed to genetic causes. With the advancement of Next-Generation Sequencing and bioinformatics tools, exome sequencing (ES) has recently become the most efficient diagnostic test for patients with hearing loss. According to various studies, up to 50% of patients are still undiagnosed; so Reanalysis re-analysis of ES data may improve diagnostic rates in patients who do not have an initial molecular diagnosis.Method and Material: The exome and phenotypic data of twenty undiagnosed hearing loss Iranian patients were re-analyzed. WES Es reanalysis was performed utilizing the most recent GATK and other improved bioinformatics tools to improve variant identification and annotation. The GATK GermlineCNand VCaller was used to perform WES-based CNV analysis.Results: We found two pathogen variants in the DIAPH1 and FGF3 genes in two families after ES data re-analysis. The new finding in DIAPH1 was determined to be due to initially incomplete phenotypic information. A frameshift variation was found in FGF3 which was missed because of absence of proper data analysis pipeline and bioinformatic tools for detection of indels. These are the first reported case in Iranian population with mutation in FGF3 and DIAPH1 gene.Conclusion: Our preliminary analysis resulted in more than 10% increase in diagnostic yield, indicating that periodical reanalysis should be performed in clinical practice.Key words: Reanalysis, whole exome sequencing, hearing loss, diagnostic yield
ناشنوایی میلیون¬ها انسان را در سراسر جهان تحت تاثیر خود قرار داده ¬است .تقریبا 60-50% از موارد ناشنوایی به دلیل نقص¬های ژنتیکی می¬باشد. با توسعه توالییابی نسل بعدی و ابزارهای بیوانفورماتیکی، توالییابی کل اگزوم به عنوان یکی از روش¬های موثر برای تشخیص ناشنوایی ژنتیکی مطرح شده است اما با توجه به مطالعات مختلف، تا 50% از بیماران پس از انجام توالییابی اگزوم به صورت تشخیص داده نشده باقی می مانند؛ بنابراین آنالیز مجدد داده¬های توالییابی اگزوم ممکن است باعث افزایش نرخ تشخیصی در بیمارانی شود که در آنالیز اولیه، تشخیص مولکولی برای آن¬ها صورت نگرفته است.مواد و روش‌هاویژگی¬های فنوتیپی و داده¬های اگزوم 20 بیمار مبتلا به ناشنوایی در جمعیت ایرانی که در آنالیز اولیه تشخیصی برای آن¬ها صورت نگرفت، مورد آنالیز مجدد قرار گرفتند. آنالیز مجدد داده¬های اگزوم با استفاده از به روز ترین نسخه GATK و دیگر ابزار های بیوانفورماتیکی برای بهبود فرآیند تعیین و تفسیر واریانت صورت گرفت. سپس از الگوریتم GermlineCNVcaller نرم‌افزار GATK برای تعیین تغییرات تعداد کپی براساس داده¬های اگزوم استفاده گردید.نتایجارزیابی مجدد فنوتیپ و آنالیز مجدد داده های اگزوم باعث تعیین دو واریانت پاتوژن در ژن های DIAPH1 و FGF3 در دو خانواده گردید. تعیین واریانت پاتوژن در ژن DIAPH1 پس از انجام آنالیز مجدد داده¬های اگزوم، به دلیل عدم وجود یافته¬های بالینی و فنوتیپی کافی در زمان آنالیز اولیه بوده است. واریانت پاتوژن شناسایی شده بعدی یک جهش تغییر چارچوب در ژن FGF3 بوده است که به دلیل عدم وجود پایپلاین¬ها و الگوریتم¬ها و ابزارهای بیوانفورماتیکی مناسب برای تشخیص حذف و درج¬های کوچک در زمان آنالیز اولیه، جهش مورد نظر در آنالیز اولیه شناسایی نگردید. این دو مورد، اولین گزارش جهش در ژن های DIAPH1 و FGF3 به عنوان عامل ناشنوایی در جمعیت ایران می¬باشند.نتیجه گیریدر مطالعه انجام شده، آنالیز مجدد داده¬های اگزوم باعث یک افزایش 10% ای در نرخ تشخیصی گردید که بیانگر این است که آنالیز مجدد داده¬های اگزوم با توجه به پیشرفت ابزار های بیوانفورماتیکی و ارزیابی مجدد اطلاعات فنوتیپی بیماران به صورت دوره¬ای هر 1تا 3 سال می تواند باعث افزایش نرخ تشخیص گردد.کلمات کلیدی: آنالیز مجدد، توالییابی کل اگزوم، ناشنوایی ، نرخ تشخیصی
آنالیز مجدد
Reanalysis
جمشیدی، فرشته
jamshidi,i, Fershte
بابانژاد، مژگان
نجم آبادی، حسین
ایران
دانشگاه علوم توان بخشی و سلامت اجتماعی
20221029
D
TF
279226
a
Y
