پیداکردن ژن های مرتبط با ناتوانی ذهنی اتوزومال مغلوب همراه با آتاکسی در ده خانواده ایرانی به روش نقشه برداری هموزیگوسیتی
[پایاننامه]
Identification of genes involved in autosomal recessive intellectual disabilitiy associated with ataxia in ten Iranian families by homozygosity mapping
علوم بهزیستی و توانبخشی University of Social Welfare and Rehabilitation sciences))
، ۱۳۹۴
ه،۱۰۹ص.
چاپی
دکترا
ژنتیک پزشکی Medical genetics
۱۳۹۴/۰۷/۰۵
علوم بهزیستی و توانبخشی University of Social Welfare and Rehabilitation sciences))
ناتوانی ذهنی شایعترین ناتوانی تکاملی است که در حدود نیمی از موارد، علت ژنتیکی دارد .با توجه به شیوع ازدواج فامیلی در کشور ما، شناسایی ژن های مرتبط با ناتوانی ذهنی ژنتیکی از اهمیت خاصی برخوردار است .هدف از این تحقیق، شناسایی ژن های جدید مرتبط با ناتوانی ذهنی همراه با آتاکسی، درده خانواده ایرانی دارای دو فرزند مبتلا، با استفاده از روش نقشه برداری اتوزیگوسیتی و Whole Exome Sequencing بود .پس از معاینات بالینی دقیق، پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی در کل ژنوم بررسی و آنالیز پیوستگی برای این خانواده ها انجام شد و نواحی با بیشترینLOD score ، برای هر خانواده مشخص گردید .با بررسی توالی های کد کننده پروتئین در کل ژنوم،ما پنج تغییر)یک جهش بی معنی، یک جهش تغییر قاب و سه جهش بد معنی (، شامل چهار ژن جدید SNX14, DDX3X, MRPL10 وRIPPLY1 ، بعلاوه یک موتاسیون جدید در ژن شناخته شده SURF1 پیدا کردیم .سه تا از این ها، ژن های خانه داری هستند و در فعالیت های پایه ای سلول، از قبیل تنظیم همانندسازی، نسخه برداری و ترافیکینگ داخل سلولی نقش دارند، و دو تا از آن ها، پروتئین های میتوکندریایی را کد می کنند .بیماریزایی این جهش ها با روش های بیوانفورماتیک، مرور شواهد پزشکی و بیولوژیکی، انجام مطالعات تفکیک در خانواده و بررسی تغییر یافت شده در جمعیت نرمال مورد ارزیابی قرار گرفت .کلید واژه ها :ناتوانی ذهنی، آتاکسی ، ازدواج خویشاوندی، نقشه برداری هموزیگوسیتی،Whole exome sequencing ، ایران
Intellectual disability is the most prevalent developmental disorder, which has genetic cause in more than half of cases. Due to consanguineous marriage prevalence in our country, its important to identifying genes related to genetical intellectual disability. The aim of this study was identification of novel genes, related to intellectual disability associated with ataxia in ten consanguineous Iranian families having at least two affected children, by means of autozygosity mapping and Whole exome sequencing. Following exact clinical exams, SNPs in whole genome were investigated, linkage analysis was performed and regions with maximum LOD score were detected for each family. Investigating protein coding sequences in whole genome, we identified five variants(one nonsense, one frameshift and three missense), including four novel genes RIPPLY1, SNX14, DDX3X and MRPL10 in addition to a new mutation in known gene SURF1. Three are housekeeping genes, implicating in transcription and translation regulation and intracellular trafficking, and two enchode mitochondrial proteins. pathogenesis of these variants were evaluated by bioinformatic methods, review of medical and biological relevances, co-segregation studies in the particular family and normal population study. Key words: intellectual disability, ataxia, gene, consanguineous marriage, homozygosity mapping, Whole exome sequencing, Iran
ba
Identification of genes involved in autosomal recessive intellectual disabilitiy associated with ataxia in ten Iranian families by homozygosity mapping