T27579
انگلیسی
Transcriptome profiling of HCT116 colorectal cancer cell line before and after treatment with Nano Curcumin
Dissertation
Hewa Jalal Azeez
Natural sciences
1401
103p.
cd
Ph.D.
Molecular Genetics
1401/08/08
Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer diagnosed in males and the second most common malignancy in females. Anti-cancer compounds such as curcumin derived from various natural medicines have been well studied for their ability to prevent or even reverse early-stage cancer progression through their potent anti-proliferation and anti-oxidant activities. Turmeric (Curcuma longa) is a popular Indian spice that has been used for centuries in herbal medicines for treatment. Curcumin is a potent antitumor compound that has been shown to influence multiple gene targets in various cancer-related pathways, inhibit cancer cell proliferation, and induce cancer cell death. Here, we aimed to uncover the possible novel targets of gemini curcumin (Gemini-Cur) on colorectal cancer and related cellular pathways. After confirming the cytotoxic effect of Gemini-Cur by MTT and apoptotic assays, RNA sequencing was employed to monitor differentially expressed genes (DEGs) in HCT-116 cells. On a total of 3892 DEGs (padj <0.01), 244 genes showed up-regulation and 198 genes revealed down-regulation. Gene ontology (GO) enrichment analysis was done, and then PPI and gene-pathway networks were constructed using STRING and Cytoscape. The pathway analysis illustrated that Gemini-Cur modulates cell cycle-dependent pathways predominantly. From the list of top DEGs, five genes corresponding to the GADD45G and ATF3 (up-regulated) and BUB1B, CCNA2 and CDK1 (down-regulated) were selected for further studies. Real-time qPCR and western blotting confirmed the significant modulation of the expression of these genes in Gemini-Cur treated cells compared to non-treated cells. In conclusion, our RNA sequencing revealed novel potential targets of curcumin on cancer cells that demand further studies to understand the related molecular mechanisms.
سرطان روده بزرگ سومین سرطان شایع مردان و دومین بدخیمی در زنان می باشد. توانائی مهار و حتی برگرداندن رشد سرطان از طریق فعالیت های ضد تکثیری و ضد اکسیدانی برای عوامل ضدسرطان مستخرج از ترکیبات طبیعی مثل کروکومین به خوبی مطاله شده است. زردچوبه یک ادویه هندی شناخته شده است که مدت ها برای درمان در حوزه گیاهان داروئی استفاده شده است. کورکومین یک ترکیب موثر ضدسرطان می باشد که اهداف مختلف ژنی را در مسیرهای مرتبط با سرطان متاثر ساخته، رشد سلولی را مهار نموده و باعث القای مرگ سلولی می شود. اینجا، ما درصدد مشخص نمودن اهداف ژنی جدید برای جمینی کورکومین و مسیرهای مرتبط سلولی در سرطان روده بزرگ برآمدیم. بعد از تایید سمیت سلولی با آزمایشهای MTT و مرگ سلولی، توالی یابی RNA برای آشکارسازی ژنهای با بیان متمایز (DEGs) در سلول های HCT116 به کار گرفته شد. از حدود 3892 ژن DEG، حدود 244 ژن بیان با بیان بالا و 198 مورد کاهش بیان داشتند. اونتولوژی ژنی مورد بررسی قرار گرفته و سپس، شبکه PPI و مسیر Gene-Pathway توسط برنامه های STRING و Cytoscape ایجاد گردید. آنالیز مسیرها نشان داد که Gemini-Cur اغلب مسیرهای مرتبط با چرخه سلولی را مختل می کند. از بین ژنهای با بیان بالا، 5 ژن شامل GADD45G و ATF3 (بیش بیان) و BUB1B، CCNA2 و CDK1 (کاهش بیان) برای آنالیز بیشتر انتخاب شدند. روش Real-time PCR و western blotting تغییر معنی دار این ژنها را در سلولهای تیمار شده با Gemini-Cur نسبت به غیرتیمار شده ها تایید کردند. در مجموع، توالی یابی RNA ما اهداف ژنی جدیدی را برای Gemini-Cur مشخص نمود که مطالعات زیادی را برای مشخص کردن مکانیسم های مولکولی مرتبط طلب می نماید
مطالعه پروفایل ترانسکریپتوم سلولی سرطانی کلورکتالHTC-116 قبل و بعد از تیماری نانوکورکومین
Gemini curcumin, HCT116 cell line, Transcriptome, RNA sequencing, Gene ontology, Western blotting
جمینی کورکومین، سلول HCT116، ترانسکریپتوم، توالی یابی RNA، Gene Ontology، وسترن بلاتینگ
Jalal Azeez,
Hewa
Producer
Babaei,
Hosseinpour Feizi,
Neri,
Esmaeil
Mohammad Ali
Francesco
Thesis advisor
Consulting advisor
Consulting advisor
Tabriz
ایران
Central Library of Tabriz University
20221114
دکتری پایاننامه QL351.J3 1401
Hewa Jalal Azeez
عبادی
e
TL
276903
a
Y
