پ۲۸۷۲۲
per
بررسی پلی مورفیسم در ژن کد کننده گیرنده استروژن ( ESR2 ) در برههای دورگ قزل × رومانوف
فریبا تیغ زن
کشاورزی
۱۴۰۰
۵۶ص.
سی دی
کارشناسی ارشد
مهندسی علوم دامی –گرایش ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور
۱۴۰۰/۰۶/۲۴
دوقلوزايي، يكي از صفات اقتصادي در گوسفند مي باشد که، بطور مستقیم تاثیر کلیدی، بر بازده تولید مثلی گله را دارد. هدف از پژوهش حاضر، شناسایی جهشهای مطلوب ژن ESR2 در دورگ حاصل از نژاد گوسفند قزل و رومانوف میباشد، در این مطالعه40 نمونه خون کامل از برههای دورگ حاصل از قزل و رومانوف جمع آوری و استخراج DNA با روش بهینه سازی شده صمدی شمس انجام شد. سپس، کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با استفاده از نانودراپ در طول موجهای 260 و 280 بررسی شد. سپس با توجه به محل استقرار جهش در ژن ESR2 (rs423810437) که در کروموزوم 7 گوسفند مستقر است توالی قطعه از سایت Esemebl استخراج(NM_001009461) و با استفاده از نرم افزارهای طراحی پرایمر primer 3 و Oligo و DNAsis دو قطعه با اندازههای تقریبی 500 و 300 جفت بازی طراحی و برای سنتز به نمایندگی شرکت چین اسکریپ جین( بیومجیک ایران) ارسال گردید. پس از دریافت پرایمرها واکنش زنجیره پلی مراز با استفاده از برنامه مناسب و محلولهایی با غلظت استاندارد انجام گرفت. الکتروفورز و تهیه ژل آگاروزی و رنگ آمیزی و عکسبرداری با استفاده از روشهای متداول صورت گرفت. نتایج این مطالعه برای پرایمرهایی که اولین بار طراحی شده بود دو باند واضح و بدون تکثیر غیر اختصاصی به اندازه 500 و 300 جفت بازی را به صورت موفقیت آمیز نشان داد ولی از آنجا که قطعه 500 جفت بازی بزرگتر و واضح تر بود تعداد 25 نمونه از این قطعه برای توالی یابی به شرکت بیومجیک ارسال شد. پس ار دریافت نتایج و توالیهای خام، با استفاده نرم افزار FinchTV بررسی کیفیت داده های خام انجام شد و پس از تایید کیفیت و هم اندازه کردن همه توالیها با استفاده از نرم افزار MAFFT همردیفی توالی انجام و حضور جهش تایید شده قبلی بررسی مجدد شد. این جهش از نوع: g.73383249T>C در ناحیه intergenic variant ژن ESR2 میباشد. که T الل وحشی و C الل موتانت با ارتباط ژنتیکی با دو قلوزایی گزارش شده در مقالات پیشین میباشد. نتایج این پژوهش در گام اول در تبدیل مارکر گزارش شده از GWAS به مارکر ساده PCR-sequencing موفق بود و وجود جهش در همان ناحیه تایید مجدد شد و همچنین از مجموع 25 نمونه توالی یابی شده 20 نمونه حاوی الل T و فقط 5 نمونه حاوی اللC بود و البته تا حدودی این روند با نتایج مشابه در نژادهای مختلف گوسفند همخوانی داشت. به علت محدودیتهای موجود همچون نبود رکورد تولید مثلی و سابقه زایش جمعیت مورد مطالعه( دورگهای قزل و رومانوف بره بودند و به سن زایش نرسیده بودند) امکان بررسی فراتر و بررسی ارتباط این جهش با صفت دوقلوزایی نبود و بنابراین برای تحقیقات آینده بررسی این جهش در جمعیتهای بزرگ تر و با رکوردهای فنوتیپی دقیق توصیه میشود. این پژوهش اولین گام در شناسایی و رمز گشایی مکانیزم دوقلوزایی در دورگهای قزل و رومانوف میباشد.
Abstract:Litter size is one of the economic traits in sheep that directly has a key role on the reproductive efficiency of the herd. The aim of present report was to identify the favourable mutations of ESR2 gene in sheep, Ghezel and Romanov F1 cross and to compare the allele frequency with similar pervious litratures. In this study, 40 whole blood samples from Romanov and Ghezel cross lambs were collected. DNA collection and extraction will be done by the optimized method of Samadi Shams instrctutions. Next step, the quantity and quality of the extracted DNA were calculated and evaluated using nanodrops at 260 and 280 OD wavelengths. Then, according to the position of the mutation in ESR2 gene (rs423810437), which is located on chromosome 7 of the sheep, the fragment sequence was extracted from Esemebl site (NM_001009461) and using primer 3 and Oligo primer design software and DNAsis, two candidate fragments with approximately 500 and 300 bp pairs of were designed and sent for synthesis to the representative of China GENESCRIPT Company (Iran BIOMAGIC). After receiving the primers, the polymerase chain reaction(PCR) was performed using a suitable program and a proper solution with standard concentration. Electrophoresis and prepration procedure of agarose gel and staining and photography were performed using routine methods accordingly. The results of this study for the primer that was designed for the first time showed two bands of Shap without nonspecific bands of 500 and 300 bp, but since the 500 bp part was larger and sharper, 25 individuals with satisfactory quality of 500 bp fragment was sent to BIOMAGIC (BGI China) for sequencing. After that raw sequences was opened using FinchTV software, the quality of the raw data was checked and after confirming the quality and measuring all the sequences using the software. MAFFT sequence alignment was performed and the presence of a previously confirmed mutation was re-evaluated.This mutation is: g.73383249T> C in the intergenic variant region of the ESR2 gene, in which wild T allele and mutant C allele are genetically related to twinning reported in The results of this study were successful in converting the reported marker from GWAS to a simple PCR-sequencing marker in the first step, and the presence of mutations in the same region was reaffirmed, and out of a total of 25 sequenced samples, 20 contained T alleles and only 5 contained C, although this trend was somewhat consistent with similar results in different sheep breeds. The reason for the existing limitations such as lack of reproductive record and birth history of the study population (lambs and did not reach childbearing age) could not be further investigated and the relationship between this mutation and litter size and therefore for future research on this mutation in larger populations with records Accurate phenotype is recommended. This study is the first report in identifying and decoding the litter size mechanism in Romanov and Ghezel cross.
Polymorphisms in genes encoding estrogen receptor (ESR2) in Ghezel ×Romanov crossbreeds
تیغ زن،
فریبا
تهیه کننده
شجاع،
جوانمرد،
حسن پور،
جلیل
آرش
کریم
استاد راهنما
استاد راهنما
استاد مشاور
تبریز
