پ۲۵۱۶۷
per
بررسی ژنتیکی بیمارناشنوا از والدین شنوا بدون نسبت فامیلی از منطقه ی شمالغرب کشور ایران با استفاده از روش NGS
فرانک رودباری
علوم طبیعی
۱۴۰۰
۹۵ص
سی دی
کارشناسی ارشد
زیست شناسی گرایش ژنتیک
۱۴۰۰/۰۶/۲۴
چکیده : ناشنوایی یک ویژگی ناهمگن از نظر اتیولوژیکی است که می تواند دارای بسیاری از دلایل شناخته شده ژنتیکی و محیطی باشد. اگرچه تعداد زیادی از ژن ها به وضوح می توانند باعث ناشنوایی شوند ، اما جهش های مغلوب در یک مکان واحد ، GJB2 یا Connexin 26، بیش از نیمی از موارد ژنتیکی را در برخی از موارد ، اما نه همه جمعیت ها ،شامل می شوند.مطالعات مولکولی نشان داده است که جهش های مختلفی در مکان های مختلف ، ممکن است باعث ناشنوایی سندرمیک یکسان شود.بیشتر موارد ناشنوایی ژنتیکی ناشی از جهش در یک مکان واحد است ، اما تعداد فزاینده ای از نمونه هایی که جهش های مغلوب در دو مکان درگیر هستند شناخته می شوند. فناوری های تعیین توالی نسل بعدی (NGS) انقلابی در غربالگری تشخیصی موارد بیماری نادر از جمله اختلالات اولیه میتوکندری ، به ویژه موارد ناشی از نقص ژن هسته ای ایجاد کرده اند . رویکردهای NGS قادر به شناسایی نقایص ژن مسبب در خانواده های کوچک و حتی افراد مجرد هستند که با تجزیه و تحلیل داده های حاصل،نتایج سودمندی حاصل می شود. همچنین از انواع توالي یابي نسل جدید،توالي یابي اگزوم (WES) هست که جهت تشخیص های بالیني ارزشمند است .اگزون ها تنها%۲ کل ژنوم را تشکیل می دهند، ولی حدود ٪ ۸۵ از جهش های مولکول DNA را که سبب بسیاری از بیماریهای ژنتیکی در انسان می باشد را شامل می شود.در این پژوهش برای شناسایی دلیل ناشنوایی کودک از پدر و مادر دارای شنوایی و بدون ازدواج فامیلی از تکنیک NGS استفاده کردیم. مواد و روش ها : پس از مشاوره ی ژنتیک خانواده و جمع آوری اطلاعات مربوط به بیمار ، نمونه گیری از بیمار ناشنوا و استخراج DNA انجام شد و برایNGS ارسال گردید که پس از دریافت اطلاعات از NGS ،وآنالیز داده ها ،پرایمر مورد نظر طراحی گردید و با استفاده ازمقایسه نواحی کاندید جهش با همان توالی در والدین از طریق روش سنگر ، جهش مورد نظر در کودک تشخیص داده شد.نتایج : پس از آنالیز داده ها با استفاده از توالی یابی کل ژنوم ، با توجه به اینکه بیمار داری علائم ناشنوایی از پدر ومادر شنوا و بدون ازدواج فامیلی می باشد و دارای چشم های رنگ آبی از پدر و مادر دارای چشم قهوه ای، است و احتمال اینکه جهش جدید رخ داده است ،در نهایت یک جهش در منطقهsplice site در واریانتG > T 1+428c. در کروموزوم 22، اگزون شماره 2 ،ژنSOX10 شناسایی شد که تا به امروز این جهش گزارش نشده است که بصورت هتروزیگوت و بصورت اتوزومال غالب از والدین سالم و هموزیگوت در بیمار ایجاد شده است و یاعث ایجاد سندرم واردنبورگ در فرزند شده است.
Abstract : Deafness is an etiologically heterogeneous trait that can have many known genetic and environmental causes. Although a large number of genes can cause deafness, recessive mutations in a single location, GJB2 or Connexin 26, involve more than half of the genetic causes in some, but not all populations. Molecular studies have shown that different mutations at different locations may cause the same syndromic deafness. Most cases of genetic deafness are caused by mutations in a single location, but an increasing number of specimens are known to have recessive mutations involved in two locations. Next-generation sequencing (NGS) technologies are revolutionizing diagnostic screening for rare diseases, including early mitochondrial disorders, especially those caused by nuclear gene defects. NGS approaches can identify the underlying gene defects in small families and even single individuals, which results in useful results by analyzing the data. It is also a new generation of exome sequencing (WES) that is valuable for clinical diagnoses and offers a broad view of the genetic makeup of a disease. Exons make up only 2% of the total genome, but about 2%. Includes 85% mutations in the DNA molecule that cause many genetic diseases in humans. In this study, we used the NGS technique to identify the cause of a child's deafness from hearing parents without consanguineous marriage. materials and methods : The family underwent genetic counseling and we collected information about the sick child, then sampling the deaf patient and DNA extraction was done and the sample was sent to NGS, which after receiving information from NGS, and analyzing the data by reputable databases and performing filtration We analyzed the data and designed the desired primer and identified the desired mutation in the child by comparing the candidate regions of the mutation with the same sequence in the parents through the trench method. Results :After reviewing and analyzing the data from the whole genome sequencing, based on the initial observations of the patient who has symptoms of deafness from hearing parents without consanguineous marriage and has blue eyes from brown-eyed parents, and the possibility Given that a new mutation has occurred, eventually, a mutation in the splice site region in variant C: 428+1 G > T On chromosome 22, exon 2, the SOX10 gene was identified, which has not been reported to date. This mutation is heterozygous and autosomal dominant in healthy and homozygous parents of the patient and has caused Wardenburg syndrome in the child.
Genetic evaluation of deaf patient from hearing parents from northwestern Iran using NGS method
رودباری،
فرانک
تهيه کننده
جبارپور بنیادی،
مرتضی
استاد راهنما
تبریز
