پ۲۴۱۱۳
per
آنالیز In silico برخی از پروتئین¬های پاسخ دهنده به شوری در پسته
نفیسه اصلانی
کشاورزی
۱۳۹۷
۱۶۲ص
سی دی
کارشناسی ارشد
بیوتکنولوژی و ژنتیک مولکولی محصولات باغبانی
۱۳۹۷/۱۱/۱۸
چکیده: تنش¬های غیر زنده، به¬ خصوص خشکی و شوری از تنش¬های اصلی و مهم هستند که سبب کاهش تولیدات زراعی در سراسر دنیا می¬شوند، تنش شوری یکی از عوامل محیطی محدود کننده رشد و نمو گیاهان است و بر روی فرآیندهای فیزیولوژیکی گیاهان اثر منفی دارد. پسته (Pistacia Vera L.) یکی از مهم¬ترین گیاهان خشکبار در ایران و جهان است که در مناطق خشک و نیمه خشک کشت می¬شود. قبل از تحقیقات اکبری و همکاران بر روی پسته، مکانیسم¬های مقاومت به شوری در این گیاه به خوبی شناخته شده نبود (مکانیسم¬های تحمل به شوری در این گیاه به خوبی درک نشده بود)، اکبری و همکاران در مطالعات خود بر روی پنج پایه پسته (با نام¬های اکبری، بادامی، قزوینی، کله قوچی و UCB-1) با چهار سطح از آب شور ( کنترل، 8، 12 و 16دسی زیمنس بر متر ) به مدت 100 روز آبیاری کردند و فاکتورهای فیزیولوژیک و بیوشیمیایی و آنالیزهای پروتئومیکس را مورد ارزیابی قرار دادند. عملکرد پروتئین¬های شناخته شده بیشتر مربوط به انتقال سیگنال دیواره سلولی و متابولیسم سیتوکسیل، رونویسی، پروتئین¬های مرتبط با فتوسنتز ، متابولیسم پروتئین، متابولیسم کربوهیدرات و انرژی و پروتئین¬های پاسخ¬ دهنده به استرس بودند. امروزه استفاده از دانش رایانه در مسایل زیست¬شناسی مولکولی، منجر به تولد شاخه¬های جدید به نام زیست-انفورماتیک شده است، زیست¬انفورماتیک یا بیوانفورماتیک، دانش استفاده از علم کامپیوتر و آمار و احتمالات در شاخه زیست¬شناسی مولکولی است و یکی از زمینه¬های مهم بیوانفورماتیک پیش¬بینی ساختار سوم پروتئین می¬باشد. نتایج موجود در این مطالعه، بنیان مناسبی برای شفاف سازی¬های عملکردی و همچنین روش¬های اصلاحی مبتنی بر مهندسی ژنتیک در جهت بهبود اصلاح پایه¬های مقاوم به شوری در پسته ارائه می¬کند. در ادامه پژوهش مذکور و در این پایان¬نامه، به آنالیز In silico برخی از پروتئین¬های پاسخ دهنده به شوری در پسته که به طور معنی¬داری در پایه¬های مقاوم و حساس به شوری تظاهر متفاوت داشتند انجام گرفت که شامل تعیین دامنه¬های محافظت شده، پیش¬بینی ساختارهای دوم توالی پروتئین¬ها، خواص فیزیکوشیمیایی و غیره می¬باشد. جهت شناسایی نقاط عملکرد کلیدی در پروتئین¬های مورد آنالیز، ابتدا توالی¬های پروتئینی در گیاهان مختلف مشابه با توالی¬های پروتئینی گیاه پسته از طریق ابزارهای پایگاه¬های داده NCBI و UniProt به¬دست آمدند. سپس انطباق¬های چندتایی مورد بررسی قرار گرفتند. جهت نشان دادن روابط خویشاوندی میان توالی¬های انطباق یافته، درخت فیلوژنتیکی حاصل از انطباق با استفاده از نرم -افزار Mega رسم شد. سایر آنالیزها با استفاده از امکانات پایگاه¬های داده KEGG،Pfam ، PDB، SCOP و غیره انجام گرفت.
Abstract: Abstract: Non-living stresses, especially drought and salinity, are the main and important stresses that reduce agricultural production worldwide. Salinity stress is one of the environmental factors limiting the growth of plants and has a negative effect on the physiological processes of plants. Pistachio (Pistacia vera L.) is one of the most important nutraceutical plants in Iran and the world, cultivated in arid and semi arid regions. Prior to Akbari et al. Research on pistachios, salinity resistance mechanisms in this plant were not well known (salt tolerance mechanisms in this plant were not well understood), Akbari et al., In their studies on five pistachio cultivars (Akbari, Badami, Qazvini, Qaluchakchi and UCB-1) with four levels of saline water (control, 8, 12 and 16 dS / m) for 100 Irrigation day and evaluated physiological and biochemical factors and proteomics analyzes. The function of known proteins is related to wall cellular signal transduction and cytotoxic metabolism, transcription, photosynthesis-related proteins, protein metabolism, carbohydrate metabolism and energy, and stress-response proteins. Today, the use of computer knowledge in molecular biology studies has led to the birth of new branches called biomedicine, Bioinformatics is the knowledge of the use of computer science and statistics and probabilities in the field of molecular biology and one of the important bioinformatics fields is the prediction of the third structure of the protein. The results of this study provide a basis for functional clarifications as well as genetically modified breeding methods to improve the modification of salinity resistant pistachios. In the following study and in this thesis, In silico analysis some of the proteins responsive to salinity in pistachio which were significantly different in resistant and susceptible to salinity were taken, which includes determination of protected domains, determination of repetitive regions and areas of low complexity, prediction of second structure of proteins sequence, physicochemical properties, and so on. To identify the key functional points in the analyzed proteins, protein sequences were first detected in different plants similar to the pistachio plant protein sequences through NCBI and UniProt databases. Then, using different softwares such as UGENE, multiple adaptations were investigated. In order to show the kinship relationships among the adapted sequences, the phylogenetic tree derived from the adaptation was drawn using the Mega softwares. Other analyzes were performed using KEGG, Pfam, PDB, SCOP and other databases.
In Silico Analysis of Salt Responsive Proteins Pistacia Vera L.
اصلانی،
نفیسه
تهيه کننده
مهنا،
فرساد اختر،
برزگر،
ناصر
نادر
ابوافضل
استاد راهنما
استاد مشاور
استاد مشاور
تبریز
