پ۲۷۴۲۲
per
بررسی فراوانی اللی پلی مورفیسم های rs849563، rs594445، rs1805087، rs1390938، rs736707، rs17219315 و rs12273892 در افراد سالم در جمعیت شمال غرب ایران
سروش رجبی
علوم طبیعی
۱۴۰۱
۱۶۰ص.
سی دی
کارشناسی ارشد
رشته ژنتیک
۱۴۰۱/۰۶/۲۷
اختلال طیف اوتیسم به مجموعه ی ناهمگونی از اختلالات عصب تکوینی اطلاق می شود که علائم آن بسته به شدت وضعیت آن، سطح رشد و سن کودک متفاوت است و به همین منظور از اصطلاح طیف برای توصیف بهتر تظاهرات بالینی و فنوتیپی این اختلال استفاده می شود. علائم بالینی اوتیسم در سنین 1 تا 3 سالگی قابل مشاهده می باشند که این علائم با اختلالات سه گانه ی مشکلات کلامی و غیر کلامی، تعاملات اجتماعی محدود و رفتارهای تکراری و کلیشه ای شناخته می شوند. معمولا در فرد دارای اوتیسم اختلالات روانی و عصبی و جسمی دیگری مثل بیش فعالی-نقص توجه، اختلال نافرمانی مقابله جویانه، افسردگی، صرع، اختلال وسواس اجباری و مشکلات گوارشی نیز دیده می شود. علاوه بر عوامل ژنتیکی، مشخص شده است که فاکتورهای اپی ژنتیکی و محیطی مثل اختلال در مکانیسم متیلاسیون DNA و همچنین سن بالای مادر به هنگام بارداری و دیابت بارداری به عنوان ریسک فاکتورهای اوتیسم عمل می کنند. علاوه بر این مشخص شده است که قرار گرفتن جنین در حال تکوین در معرض دو داروی تالیدوماید و والپروآت نیز در افزایش ریسک به وجود آمدن این اختلال نقش دارند. در این مطالعه 54 فرد سالم که هیچ کدام فنوتیپ اوتیسم را نشان نداده است مورد بررسی قرار گرفتند تا همراهی پلی مورفیسم های rs849563، rs594445، rs1805087، rs1390938، rs736707، rs17219315 و rs12273892 با بیماری اوتیسم مشخص شود. علاوه بر این، واریانت ها به منظور مقایسه فراوانی اللی آنها در جمعیت های دیگر موجود در پایگاه های داده Iranome، gnomAD، al-MENA، 1000 Genome مورد ارزیابی قرار گرفتند و اطلاعات مربوط به این واریانت ها از پایگاه های داده یاد شده استخراج گردید. همچنین تمامی واریانت ها به منظور پی بردن به تاثیر انها بر روی ساختار پروتئین و ساختار ثانویه RNA مورد ارزیابی های بیوانفورماتیکی مختلف قرار گرفتند. پس از بررسی نتایج مشخص شد که بین فراوانی اللی محاسبه شده به طور میانگین برای الل G از واریانت rs849563 در پایگاه داده ژنومیکی Iranome و همچنین فراوانی این الل در افراد سالم مورد بررسی قرار گرفته در این تحقیق مشابهت وجود دارد. بررسی های بیوانفورماتیکی این واریانت نشان دهنده ی Benign بودن آن است. علاوه بر این مشخص شد بین فراوانی هر دو الل واریانت rs594445 در جمعیت افراد سالم محاسبه شده در این پژوهش و افراد سالم مطالعه ی دیگری که پیش از این بر روی جمعیت ایران صورت گرفته نزدیکی وجود دارد، اما با فراوانی اللی جمعیت بیمار آن متفاوت است. طبق انالیزهای بیوانفورماتیکی مختلف بر روی این واریانت مشخص شد که likely benign می باشد. همچنین مشخص شد که بین فراوانی هر دو الل واریانت rs1805087در جمعیت افراد سالم محاسبه شده در این پژوهش و افراد سالم مطالعه ی دیگری که پیش از این بر روی جمعیت ایران صورت گرفته نزدیکی وجود دارد، اما با فراوانی اللی جمعیت بیمار آن متفاوت است. اما فراونی اللی این واریانت در جمعیت افراد سالم مورد پژوهش با فراوانی هر دو الل این واریانت با افراد سالم و بیمار مطالعه ی دیگری که بر روی جمعیت چین انجام شده است تفاوت محسوسی وجود دارد. آنالیزهای بیوانفورماتیکی صورت گرفته بر روی این واریانت نشان دهنده ی likely benign بودن آن می باشد. فراوانی هر دو الل واریانت rs1390938در جمعیت افراد سالم محاسبه شده در این پژوهش با افراد سالم و بیمار مطالعه ی دیگری که پیش از این بر روی جمعیت ایران صورت گرفته تفاوت زیادی دارد و آنالیزهای بیوانفورماتیکی مختلف نشان داد که این واریانت possibly damaging می باشد. برای واریانت rs12273892 مشخص شد که بین فراوانی الل T واریانت rs12273892درجمعیت افراد سالم محاسبه شده در این پژوهش و فراوانی اللی محاسبه شده به طور میانگین در پایگاه داده al-MENA و gnomAD شباهت زیادی وجود دارد، و آنالیزهای بیوانفورماتیکی انجام گرفته نشان داد که این واریانت possibly damaging می باشد. برای واریانت rs17219315 مشخص شد که بین فراوانی هر دو الل واریانت rs17219315در جمعیت افراد سالم محاسبه شده در این پژوهش و افراد سالم مطالعه ی دیگری که پیش از این بر روی جمعیت چین صورت گرفته نزدیکی وجود دارد، اما با فراوانی اللی جمعیت بیمار آن متفاوت است. در نهایت بررسی واریانت rs736707 نشان داد که بین فراوانی هر دو الل واریانت rs736707در جمعیت افراد سالم محاسبه شده در این پژوهش و افراد سالم و بیمار مطالعه ی دیگری که پیش از این بر روی جمعیت ایران صورت گرفته نزدیکی وجود دارد، اما با فراوانی اللی جمعیت سالم و بیمار که در مطالعات دیگری بر روی جمعیت های آفریقای جنوبی و چین صورت گرفته است تفاوت وجود دارد و انالیزهای بیوانفورماتیکی نشان داد که این واریانت از نوع benign می باشد.
Abstract:Autism spectrum disorder refers to a heterogeneous set of neurodevelopmental disorders whose symptoms vary depending on the severity of the condition, the level of development, and the age of the child, and for this purpose, the term spectrum is used to better describe the clinical and phenotypic manifestations of this disorder. The clinical symptoms of autism can be seen between the ages of 1 and 3 years, and these symptoms are characterized by three signs verbal and non-verbal problems, limited social interactions, and repetitive and stereotyped behaviors. Usually, a person with autism has other mental, nervous, and physical disorders such as attention deficit hyperactivity disorder, oppositional defiant disorder, depression, epilepsy, obsessive-compulsive disorder, and digestive problems. In addition to genetic factors, it has been found that epigenetic and environmental factors such as disruption of the DNA methylation mechanism, as well as maternal age during pregnancy, and gestational diabetes act as risk factors for autism. In addition, it has been determined that exposure of the developing fetus to two drugs, thalidomide, and valproate, also plays a role in increasing the risk of this disorder. In this study, 54 healthy individuals, none of whom showed autism phenotype, were examined to determine the association of rs849563, rs594445, rs1805087, rs1390938, rs736707, rs17219315, and rs12273892 polymorphisms with autism. In addition, the variants were evaluated to compare their allelic frequency in other populations available in Iranome, gnomAD, al-MENA, and 1000 Genome databases, and the information about these variants was extracted from the aforementioned databases. Also, all variants were subjected to different bioinformatic evaluations to find out their effect on protein structure and RNA secondary structure. After examining the results, it was found that there is a similarity between the allelic frequency calculated on average for the G allele of rs849563 in the Iranome genomic database and also the frequency of this allele in the healthy subjects examined in this research. Bioinformatics studies of this variant indicate that it is benign. In addition, it was found that the frequency of both allele variants of rs594445 in the population of healthy people calculated in this study and the healthy people of another study that was previously conducted on the population of Iran is close, but it is different from the allelic frequency of the patient population. According to different bioinformatic analysis of this variant, it was determined that it is likely benign. It was also found that the frequency of both allele variants of rs1805087 in the population of healthy people calculated in this study and the healthy people of another study that was previously conducted on the population of Iran is close, but it is different from the allelic frequency of the patient population. But the allele frequency of this variant in the population of healthy people under study is significantly different from the frequency of both alleles of this variant with healthy and sick people in another study that was conducted on the Chinese population. The bioinformatic analysis performed on this variant show that it is likely benign. The frequency of both allele variants of rs1390938 in the population of healthy people calculated in this study is very different from the healthy and sick people of another study that was previously conducted on the population of Iran, and various bioinformatic analysis showed that this variant is possibly damaging. For the rs12273892 variant, it was found that there is a great similarity between the T allele frequency of the rs12273892 variant in the population of healthy people calculated in this study and the average allele frequency calculated in the al-MENA and gnomAD databases, and the bioinformatics analysis performed showed that this variant It is possibly damaging. For the rs17219315 variant, it was found that there is a close relationship between the frequency of both alleles of the rs17219315 variant in the population of healthy people calculated in this study and the healthy people of another study previously conducted on the Chinese population, but it is different from the allelic frequency of the patient population. Finally, the investigation of the rs736707 variant showed that there is a close relationship between the frequency of both alleles of the rs736707 variant in the population of healthy people calculated in this study and the healthy and sick people of another study that was previously conducted on the population of Iran, but with the allelic frequency of the population There is a difference between healthy and sick that has been done in other studies on the populations of South Africa and China, and bioinformatic analysis showed that this variant is bengin.
Investigation of allele frequency of rs849563, rs594445, rs1805087, rs1390938, rs12273892, rs17219315 and rs736707 polymorphisms in healthy people in the population of northwestern Iran
رجبی،
سروش
تهيه کننده
جبارپور بنیادی،
رأفت،
حقی
مرتضی
سید عباس
مهدی
استاد راهنما
استاد مشاور
استاد مشاور
تبریز
