۷۹۵۷پ
per
بررسی ویروس‌های شایع گوجه‌فرنگی درمزارع جنوب استان آذربایجان شرقی
/شهین صبحی
: دانشکده کشاورزی
۹۸ص
چاپی
بصورت زیرنویس
کارشناسی ارشد
رشته بیماری‌شناسی گیاهی
۱۳۹۰/۰۶/۲۵
تبریز
گوجه‌صفرنگی از نظر اقتصادی یکی از مهم‌صترین محصولات سبزی و صیفی در سطح دنیا می‌صباشد .کشت گوجه‌صفرنگی در ایران از اهمیت خاصی برخوردار می‌صباشد و در سال‌صهای اخیر کشت گلخانه‌صای این محصول رشد فزاینده‌صای داشته است .بیماری‌صهای ویروسی به عنوان یکی از مهم‌صترین مشکلات موثر در کشت گوجه‌صفرنگی در اکثر مناطق کشت و برداشت این محصول مطرح می‌صباشند .تعدادی از ویروس‌صهای آلوده کننده گوجه‌صفرنگی ویروس وای سیب زمینی(PVY) ، ویروس ایکس سیب زمینی(PVX) ، ویروس موزاییک گوجه‌صفرنگی(ToMV) ، ویروس موزاییک خیار(CMV) ، ویروس پژمردگی لکه‌صای گوجه‌صفرنگی (TSWV) و ویروس موزاییک آرابیس (ArMV) را شامل می شوند .هدف از این تحقیق بررسی وجود CMV ، TSWV، ToMV و TMV می‌صباشد .ویروس پژمردگی لکه‌صای گوجه‌صفرنگی متعلق به خانواده بنیاویریده و از جنس توسپوویروس می‌صباشد .این ویروس یکی از ۱۰ ویروس گیاهی مخرب می‌صباشد .این ویروس و تریپس ناقل آن همه جا منتشر شده و منجر به خسارت اقتصادی در محصولات کشاورزی می-شود .ویروس موزاییک گوجه‌صفرنگی و ویروس موزاییک توتون متعلق به خانواده ویرقاویریده و از جنس توبموویروس می‌صباشند که از ویروس‌صهای شایع و یک مشکل جدی در گوجه‌صفرنگی در اکثر مناطق سبزی کاری دنیا هستند .ویروس موزاییک خیار متعلق به خانواده بروموویریده و از جنس کوکوموویروس می‌صباشد .دامنه میزبانی وسیعی دارد و در مزارع ایران نیز شیوع دارد .از آنجا که ردیابی ویروس‌صها و بررسی تغییرات ژنتیکی جمعیت آنها گامی موثر در جهت کنترل ویروس‌صها می‌صباشد، در نتیجه هدف از این تحقیق استفاده از روش‌صهای مناسب در ردیابی ویروس‌صهای شایع گوجه‌صفرنگی با استفاده از مایه‌صزنی گیاهان محک، روش-های سرولوژیک و مولکولی را شامل می‌صشد .در مطالعه حاضر به منظور ردیابی ویروس‌صهای شایع گوجه-فرنگی از مزارع جنوبی آذربایجان شرقی طی تابستان و پاییز سال ۱۳۹۰ تعداد ۲۰۵ نمونه گیاهی مشکوک به آلودگی با ویروس نمونه‌صبرداری شد .علائم شامل موزاییک، کوتولگی، باریک شدن برگ‌صها، بدشکلی برگ-ها و میوه‌صها و نکروز برگ‌صها بودند .در مطالعات گلخانه‌صای از گیاه سلمه تره (Chenopodium amaranticolor) به عنوان میزبان لکه موضعی برای خالص سازی بیولوژیک و از کدو (Cucurbita pepo) و توتون (Nicotiana samson) به عنوان میزبان‌صهای تکثیری و تشخیصی ویروس‌صصصهای مذکور استفاده شدندELISA -. TASبا آنتی بادی‌صهای تشخیص دهنده ویروس موزاییک خیار انجام شد و از ۱۰۵ نمونه ای که مشکوک به آلودگی با CMV بودند ۲۸ نمونه واکنش مثبت نشان دادند .آرتی-پی سی آر برای ویروس‌صهایCMV ، اعضای جنس توسپوویروس و جنس توبموویروس انجام شد .برای جنس توسپوویروس، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر قسمتی از آر.ان.ای بزرگ (L) و با دمای اتصال C۴۸ منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول ۸۰۰ جفت باز در شش نمونه آلوده شد .قطعات تکثیر یافته با پی سی آر با آنزیم‌صهای HindIII و EcoRI برش یافته و قطعه‌صای به طول ۸۰۰ جفت باز ایجاد شد که نشان داد این جدایه‌صها متعلق به TSWVمی‌صباشند .برای جنس توبموویروس، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر پروتئین پوششی و انتهای '۳ و با دمای اتصال C۵۰ منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول ۸۰۰ جفت باز در ۳۷ نمونه آلوده شد .قطعات تکثیر یافته با پی سی آر با آنزیم TaqI برش یافته و دو قطعه به طول ۲۸۲ و ۴۳۰ جفت باز ایجاد شد که تعلق نمونه‌صها به ToMV طبق پروفایل برشی را نشان می‌صداد .در این تحقیق TMV در نمونه‌صهای جمع آوری شده ردیابی نشد .در مورد ویروس موزاییک خیار، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر ژن رمز کننده پروتئین پوششی و با دمای اتصال C۵۰ منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول ۸۷۰ جفت باز در شش نمونه شد .قطعات تکثیر یافته در پی سی آر با آنزیم MspI برش یافته و نشان داده شد که جدایه‌صها در زیر گروه I ویروس موزاییک خیار قرار دارند .قطعات تکثیر یافته ۸۰۰ جفت بازی TSWV به پلاسمید pTZ۵۷R متصل و در باکتری E. coli DH۵ کلون شدند .باکتری‌صهای ترانسفورم شده با پلاسمید نوترکیب بر روی محیط کشت LB حاوی آمپی سیلین، IPTG وGal - Xغربال شده و پلاسمید از آنها به روش لیز آلکالینی استخراج گردید .پلاسمیدهای استخراج شده با آنزیم‌صهای EcoRI و HindIII با محل اثر در دو طرف محل اتصال دی.ان.ای خارجی برش داده شدند .پلاسمید برای تعیین توالی به شرکت BIONEER کره جنوبی ارسال شد و بعد از آنالیز توالی‌صها تعلق جدایه‌صها به ویروس پژمردگی لکه‌صای گوجه‌صفرنگی اثبات شد
Gal. Each transformed colony carrying the right plasmid was grown and subjected to plasmid extraction using alkaline lysis method. Then, the extracted plasmids were digested by EcoRI and HindIII whose cutting sites are designed on both sides of the multicloning site in the plasmid. Sequence determination was done by Bioneer company in Korea and after that, sequence analysis was done which showed that these isolates belong to TSWV-specific antibody was done and 28 out of 105 samples suspected to be infected by CMV showed positive reactions. PCR was done for the genus Tospovirus, CMV and the genus Tobamovirus. About Tospovirus, PCR was done with a pair of primer corresponding to the part of the L RNA with 48 C as the annealing temperature which resulted in amplification of the expected DNA fragment with a length of 800 bp from 6 sample. The amplified fragments were digested with EcoRI and HindIII and showed that the isolates belonged to TSWV. About genus Tobamovirus, PCR was done with a pair of primer corresponding to the coat protein gene and 3' UTR with the 50 C as the annealing temperate resulting in amplification of the expected DNA fragment with a length of 800 bp from 37 samples. Digestion of the amplified fragment by the restriction endonuclease TaqI revealed that isolates were ToMV. In this study, TMV wasnot detected. About cucumber mosaic virus, PCR was done with a pair of primers corresponding to the virus coat protein gene with 50C as the annealing temperature ending up in amplification of the expected DNA fragment with a length of 870bp from 6 samples. Amplified fragments with PCR were digested with MspI showed that the isolates belonging to CMV subgroup I. The 800bp DNA fragments from TSWV were ligated in to pTZ57R vector and cloned in E. coli DH5 bacterial cells. The transformed cells carrying the recombinant plasmid were selected and screened on LB medium containing Ampicillin, IPTG and X-ELISA with CMV- sharghi province 205 tomato samples suspected to be infected by viruses were collected during summer and autumn in 2011. Samples had various symptoms including mosaic, stunting, leaf narrowing, leaf and fruit deformation and necrosis. In greenhouse, inoculations were done on Chenopodium amaranticolor as a local lesion host for biological purification and cucurbita pepo and Nicotiana samson as propagation and diagnostic host respectively. TAS-e-Tomato (Lycopersicon esculentum Mill) is an important economic crop all over the world. Cultivation of tomato is important in Iran and there has been an increasing trend toward production of tomatoes in greenhouse over the past few years. Virus diseases are considered as one of the most important problems affecting tomato production in many countries. Some of the common viruses that infect tomatoes include Potato virus Y (PVY), Tomato mosaic virus (ToMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Tomato spotted wilt virus (TSWV) and Arabise mosaic virus (ArMV). In this study, we surveyed infections with common tomato viruses in southern East Azarbaijan province including CMV, TSWV, ToMV and TMV. TSWV belong to the genus tospovirus and family Bunyaviridae. It is considered one of the ten most devastating plant viruses. TSWV and its thrips vector are wide spread and cause extensive damage to numerous agronomic crops. TMV and ToMV belong to the genus Tobamovirus and family Virgaviridae. Tobamoviruses considered as the viruses that cause economical losses on tomato in many parts of the world. CMV belongs to the genus cucumovirus and family bromoviridae. CMV has the most extensive host range. It is prevalent in the fields of Iran. Since detecting viruses and their assessing genetic variation are effective steps in controlling the viruses, the purpose of this study was to utilize appropriate and optimized methods to detect common tomato viruses by the use of inculation of index plants, serological and molecular methods. In this study, in order to detect these viruses from fields of southern Azarbaijan
صبحی، شهین
سخندان بشیر، نعمت، استاد راهنما
راستگو، مینا، استاد مشاور
سیاه و سفید
نمایه‌سازی قبلی
