عنوان

همسانه‌سازی بخشی از قطعه‌ی ژنومی پوتی‌ویروس‌ها و تعیین گونه و تنوع ژنتیکی آن‌ها

‭۵۴۹۴پ‬

per

همسانه‌سازی بخشی از قطعه‌ی ژنومی پوتی‌ویروس‌ها و تعیین گونه و تنوع ژنتیکی آن‌ها

/ناهید مسعودی

تبریز : دانشگاه تبریز ، دانشکده کشاورزی

‮‭۱۱۹‬ ص‬

چاپی

کارشناسی ارشد

بیماری شناسی گیاهی

‮‭۱۳۹۱/۰۶/۰۱‬

تبریز : دانشگاه تبریز ، دانشکده کشاورزی

با توجه به اینکه سبزیجات ازجمله خانواده کدوئیان، سیب‌زمینی و غیره، از منابع مهم در تغذیه‌ی انسانها، به ویروس‌های مختلفی حساس‌هستند و هرساله زیان اقتصادی زیادی را به کشاورزان تحمیل می‌کنند، شناسایی ویروس‌های عامل این خسارات از اهمیت زیادی برخوردار است .پوتی‌ویروس به عنوان مهم-ترین جنس خانواده پوتی‌ویریده، مهم‌ترین جنس ویروسی است که موجب کاهش شدید در عملکرد کشت این محصولات میشود .بر اساس آخرین گزارش کمیته بین المللی آرایه‌صبندی ویروس‌ها‮‭(ICTV)‬ ، جنس‌پوتی‌ویروس شامل ‮‭۱۴۶‬ گونه می‌باشد .هر ساله نیز گونه‌های جدیدی به این جنس اضافه می‌شوند .ژنوم اعضاء این جنس آران‌ای تک رشته‌ای با قطبیت مثبت با طولی حدود ‮‭Kb۱۰‬ میباشد که تنها دارای یک ‮‭ORF‬ بوده و به یک پلی‌پروتئین ترجمه می‌شود .در این تحقیق سعی بر این شد که با همسانه‌سازی قطعات حاصل از آرتی-پی‌سی‌آر با آغازگرهای دژنره به شناسایی مولکولی پوتی‌ویروس‌های موجود در مزارع آذربایجان شرقی پرداخته شود .جهت این کار، از قطعات ژنومی موجود حاصل از آرتی-پی‌سی‌آر با استفاده از یک جفت آغازگر دژنره به نام ‮‭NIb۲F/NIb۳A‬ استفاده شد .قطعات دی‌ان‌ای ‮‭۳۵۰‬ جفت بازی حاصل از این آغازگر به پلاسمید ‮‭pTZ۵۷R/T‬ تهیه شده در این تحقیق، متصل و در باکتری ‮‭Escherichi coli DH۵‬ همسانه‌سازی شدند .باکتری‌های تراریخت شده با پلاسمید نوترکیب بر روی محیط کشت ‮‭LB‬ حاوی آمپی‌صسیلین، ‮‭IPTG‬ و‮‭Gal- X‬، غربال شده و پلاسمید از آنها به روش لیز آلکالینی استخراج گردید .پلاسمیدهای استخراج شده با آنزیم‌صهای برشی ‮‭EcoR/Hind‬ برش داده شدند .به منظور شناسایی ونه‌های جنس پوتی‌ویروس و مقایسه‌ی توالی نوکلئوتیدی بخش تکثیر یافته از ژن ‮‭NIb‬ جدایه‌ها و مقایسه با سایر جدایه‌های این جنس، تعیین توالی نوکلئوتیدی انجام گرفت .تمامی ‮‭۱۱‬ جدایه‌ی مورد بررسی، به عنوان گونه‌های جنس پوتی‌ویروس شناخته شدند .هر ‮‭۱۱‬ توالی نوکلئوتیدی به اندازه‌ی ‮‭۳۰۲‬ نوکلئوتید) پس از حذف توالی آغازگرها (در پایگاه اطلاعاتی ‮‭GenBank‬ ثبت گردیدند .تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی هر یک از این جدایه‌ها با توالی‌های مشابه موجود در ‮‭GenBank‬ انجام گرفت .هفت جدایه به نام‌ی ‮‭A۱۸۶, T۱۸۰, U۱۶۷, A۲۰۶, T۱۹۲,A۲۱۳‬ و ‮‭T۴۱‬ به عنوان گونه‌ی ویروس موزائیک هندوانه شناخته شدند و در درخت فیلوژنی در دو گروه مجزا قرار گرفتند بطوریکه ‮‭۵‬ جدایه ‮‭A۱۸۶, A۲۰۶ ,T۱۹۲ ,A۲۱۳‬ و ‮‭T۴۱‬ در یک گروه قرار گرفته و بیشترین شباهت را با جدایه‌صهای ایرانی نشان دادند و دو جدایه-ی ‮‭T۱۸۰‬ و ‮‭U۱۶۷‬ با فاصله ژنتیکی مشخص در گروه دورتری واقع شدند .دو جدایه‌ی ‮‭A۷۴‬و ‮‭A۱۸۵‬ به عنوان ویروس وای سیب‌زمینی شناخته شده و در یک گروه مجزا و نزدیک به جدایه‌ص‍ ایرانی این ویروس قرار گرفتند .جدایه‌صی ‮‭T۲۰۹‬نیز به عنوان گونه‌ی ویروس موزاییک سویا شناخته شد و با یک جدایه از کره جنوبی در یک خوشه قرار گرفت .همچنین جدایه‌ی ‮‭T۲۱۰‬ به عنوان گونه‌ی ویروس موزاییک زردکدوی فرنگی) زوکینی (شناسایی شد و همراه با جدایه‌هایی از اسرائیل در یک خوشه قرار گرفتند

Considering that vegetables including family Cucurbitaceae and Solanaceae as the important sources of human nutrition, are susceptible to different viruses, which impose economic losses to farmers each year, it is important to identify the viruses that cause such damages. Potyvirus as the important genus of Potyviridae, cause severe losses in the cultivation of these crops. According to the latest report of the International Committee on Taxonomy of viruses (ICTV), Potyvirus includes 146 species. Each year, new species are added to this genus. Genome of members of this genus is plus sense single-stranded RNA with a length about 10 Kb that have only one ORF and it is translated to a polyprotein. In this study, we tried to detect potyviruses in the fields of East Azarbaijan by cloning fragments derived from RT-PCR with the degenerate primers NIb2F/NIb3A. The 350 bp DNA fragment resulting from the PCR was ligated into pTZ57R/T vector and cloned in E.coli strain DH5?. The transformed cells carrying the recombinant plasmid were selected and screened on LB medium containing Ampicillin, IPTG and X-Gal and their plasmids were extracted using alkalin lysis method. The extracted plasmids were digested by EcoR? + Hind???. For detecting Potyvirus species and comparison of the nucleotide sequences of the NIb gene of the isolates and also, far comparison with other isolates of this genus, nucleotide sequencing was performed. All 11 isolates detected in this study were identified as Potyvirus species. These 11 sequences, 304 nucleotides in length (after elimination of primer sequencing), were assigned to the GenBank. Phylogenetic analysis of these isolates with available similar sequences in GenBank, were done. Seven isolates called the A186, T180, U167, A206, T192, A213, and T41 were determined as Watermelon mosaic virus and in the phylogenic tree were placed in two distinct groups. Five isolates including A186, A206, T192, A213, and T41 were grouped together and showed the highest similarity with the Iranian isolates, but two other isolates (T180 and U167) were placed in a distant group. Isolates A74 and A185 were identified as Potato virus Y and placed in a separate group near to the Iranian isolates of the virus. T209 was identified as Soybean mosaic virus and was located in a cluster with an isolate from South Korea. T210 was identified as Zucchini yellow mosaic virus and was placed in a cluster with isolates from Israel

Potyvirus

Universal primer

Cloning

Genetic diversity

مسعودی، ناهید

سخندان بشیر، نعمت، استاد راهنما

فرج زاده، داود، استاد مشاور

سیاه و سفید

نمایه‌سازی قبلی