عنوان

جداسازی وهمسانه سازی ژن پروتئین حرکتی از جدایه های ویروس برگ بادبزنی مو از تاکستانهای شمال غرب ایران به منظور بررسی بیشتر تنوع این ژن

‭۴۰۷۳پ‬

per

جداسازی وهمسانه سازی ژن پروتئین حرکتی از جدایه های ویروس برگ بادبزنی مو از تاکستانهای شمال غرب ایران به منظور بررسی بیشتر تنوع این ژن

/افسانه دلپسند خبازی

تبریز: دانشگاه تبریز، دانشکده ی کشاورزی، گروه گیاهپزشکی

چاپی

کتابنامه: ص.‮‭۷۸-۸۶‬

فاقد اطلاعات کامل

کارشناسی ارشد

گروه گیاه پزشکی

تبریز: دانشگاه تبریز، دانشکده ی کشاورزی، گروه گیاهپزشکی

ویروس برگ باد بزنی مو [‮‭[Grapevine FanLeaf Virus(GFLV)‬ از خانواده‮‭Comoviridae‬ یکی از مهم ترین ویروس های بیمارگر مو می باشد.پیکره این ویروس دو ذره ای، جور قطر، به قطر‮‭۳۰‬ نانو متر بوده ودر طبیعت توسط نماتد ‮‭Xiphinema index‬ منتقل می شود .این ویروس فاقد میزبان لکه موضعی است .در تحقیقات قبلی برای تکثیر ژن پروتئین حرکتی جدایه های ویروس برگ باد بزنی مو در ایران، از آغازگر های مربوط به جدایه های خارجی مانند ‮‭F۱۳‬ و ‮‭NW‬ استفاده شده بود،که نتیجه آن تکثیر این ژن در تعداد محدودی از نمونه ها بود .تصور می شد که عدم تکثیر این ژن در تعداد زیادی از نمونه ها مربوط به مکمل نشدن جایگاه این آغازگر ها در جدایه های ایرانی در مقایسه با جدایه های خارجی بود .با این وجود، تکثیر این ژن در تعداد محدودی از این نمونه ها توالی هایی در اختیار ما قرار داد تا براساس آن آغازگرهایی دژنره طراحی کنیم .یک جفت از این آغازگرها امکان تکثیر این ژن را در تعداد زیادی از نمونه ها فراهم کرد .با همسانه سازی و توالی یابی ژن پروتئین حرکتی، فهم درستی از موقعیت این ویروس در منطقه، جایی که به عنوان مبدأ ‮‭GFLV‬ مطرح است، بدست آمد .برای یافتن منبع ویروسی نمونه برداری از برخی تاکستان های شمال غرب کشور)آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی، اردبیل (صورت گرفت .برای ردیابی ‮‭GFLV‬ در این نمونه ها از‮‭ELISA - DAS‬استفاده شد که وجود ویروس را در ‮‭۸۶‬ نمونه آلوده از کل ‮‭۳۰۰‬ نمونه جمع آوری شده محرز نمود .سپس از این نمونه ها ار ان ای کل استخراج و دی ان ای مکمل ‮‭((cDNA‬ ویروس به طور کامل سنتز شد .بخشی از ار ان ای دوم ویروس که پروتئین حرکتی را رمز می کند، در ‮‭۴۱‬ نمونه به کمک آغازگرهای اختصاصی ‮‭GMPF۱ /GMPR۱‬از روی ‮‭cDNA‬ تکثیر یافت و از این تعداد ‮‭۲۲‬ نمونه به حامل همسانه سازی ‮‭pTZ۵۷R/T‬ متصل گردید .آنگاه‮‭۳‬ - ‮‭۲‬کلون از هر جدایه این ویروس توالی یابی شدند .میزان اختلاف ژنتیکی در بین جدایه های ایرانی و جدایه های از قبل تعیین توالی شده ‮‭GFLV‬ و نیز برخی جدایه های ‮‭ArMV‬ توسط نرم افزار ‮‭GeneDoc‬ بررسی و ماتریس اختلافات بدست آمد .بین جدایه های ایرانی توالی یابی شده‮‭۲۰ - ۵‬، بین این جدایه ها و جدایه های از قبل تعیین توالی شدهء‮‭GFLV‬ مقدار‮‭۲۴ - ۱۳‬، و بین جدایه های ایرانی با جدایه های‮‭۲۸ - ArMV ۲۳‬اختلاف مشاهده شده است

‮‭Grapevine fanleaf virus(GFLV), a member of the family Comoviridae, is one of the most severe viruses of the grapevine. Its virions are biparticle, isometric, and ۳۰nm in diameter. The virus is naturally transmitted by the dagger nematode Xiphinema index. No local lesion host has been reported for GFLV. Previously, amplification of the movement protein (MP) gene from GFLV isolates was done by the primers which were based on previously characterized strains of the virus such as F۱۳ and NW. Although that work resulted in amplifications, the number of grapevine samples giving amplification of the expected fragments formed a small percentage of the analyzed samples. The reason for the failure of amplification was thought to be mismatches in the primer sites of the isolates from Iran compared to that of strains F۱۳ and NW. However, even amplification from a small number of the isolates provided us with quite a few sequence data, on the basis of which, we designed some degenerate primers. A pair of such primers helped us to amplify the gene from a larger number of the screened samples. By cloning and sequencing of these MP gene isolates we have got a better understanding of status of the virus evolution in the region where is known as the origin of GFLV. Sampling was done in vineyards in North West of Iran. Then DAS-ELISA, which was used to screen the collected samples for presence of GFLV, detected the virus in ۸۶ samples. Full-length cDNA was synthesized for the total RNA extractions from the infected leaves. The segment of the virus RNA۲, which encodes the movement protein, was amplified from fullABSTRAC ngth cDNA by the primer set GMPR۱/GMPF۱ and the RT-PCR products were ligated into pTZ۵۷R/T vector (Fermentas, Lithuania). Two-three clones of each PCR product isolate were sequenced.Then, sequence comparisons were, done by using GeneDoc software, within the Iranian isolates and between these isolates and previously published GFLV variants and also between these isolates and some of ArMV isolates. The comparisons revealed difference levels of ۵-۲۰ within the Iranian isolates, ۱۳-۲۴ between them and previously published GFLV variants, and ۲۳-۲۸ between Iranian isolates and ArMV isolates‬

دلپسند خبازی، افسانه

سخندان بشیر، نعمت، استاد راهنما

ترابی، اسماعیل، استاد مشاور

نمایه‌سازی قبلی