۲۲۰۹۵پ
per
بررسی بیوانفورماتیکی ساختار و عملکرد پروتئین های فرضی در سویه های مقاوم به آنتی بیوتیک و فوق بیماریزای Acinetobacter baumannii
In silico Structural and Functional Analysis of Hypothetical Proteins of Acinetobacter baumannii Antibiotic Resistant and Hypervirulant Strains
/مریم پاشازاده
: علوم طبیعی
، ۱۳۹۷
، افشاری
۲۵۴ص
چاپی - الکترونیکی
کارشناسی ارشد
زیست شناسی
۱۳۹۷/۱۱/۱۶
تبریز
Acinetobacter baumanniiی یک باکتری بیماریزای گرم منفی است که به علت مقاومت های آنتی بیوتیکی بسیار به یکی از مهمترین چالش های حوزه سلامت تبدیل شده است و امروزه تلاش های فراوانی در جهت پیشگیری و درمان عفونت های حاصل از این باکتری انجام می شود .در این مطالعه لیست سویه های XDR و MDR مقاوم به کارباپنم A. bumannii با ژنوم تعیین توالی شده تهیه گردید و پروتئین های فرضی مشترک با طول بیش از ۲۰۰ اسید آمینه استخراج شد و از طریق نرم افزارهای بیوانفورماتیکی مورد بررسی های بیشتر نظیر بررسی میزان احتمال بیان شدن، تعیین خصوصیات فیزیکوشیمیائی، پیش گویی محل قرار گیری، بررسی میزان آنتی ژنیسیته، بررسی میزان محلول بودن ، بررسی میزان آلرژی زائی، بررسی وجود پپتید نشانه، تعیین احتمال استفاده از مسیر ترشحی غیرکلاسیک، بررسی هلیکس‌های بین غشائی، پیش بینی عملکرد، پیش بینی سمی بودن، پیش بینی دخیل بودن در مقاومت آنتی‌بیوتیکی، بررسی اندرکنش پروتئین ها و رسم شبکه، پیش بینی ساختار دوم و سوم پروتئین‌ها و پیش‌گویی اپی‌توپهای مورد شناسائی توسط لنفوسیت‌های B و T قرار گرفت .مجموعا نتایج بدست آمده نشان داد که از میان ۱۸ پروتئین مورد بررسی بیوانفورماتیکی، ۷ پروتئین با نقش های تنظیم رونویسی، مونتاژ پیلی ، متالوپروتئازی، دخالت در بیوسنتز اسیدهای چرب ، دخالت در کاتالیز اوره و الکالین فسفاتازی و به صورت نظری پتانسیل دخالت در بیماریزائی و استفاده در طراحی واکسن را دارا هستند .این پروتئین ها می توانند مورد بررسی های تجربی فراتری قرار بگیرند
Acinetobacter baumannii is a gram-negative bacterium that has become one of the most important health problems due to antibiotic resistance. Today, many efforts are being made to prevent and treat infections caused by this bacterium. In this study, a list of XDR and carbapnem resistant MDR A. bumannii strains with complete sequencing of genome were prepared and common hypotheses proteins composed of more than 200 amino acids were extracted. More information such as expression probability, physicochemical properties, function, subcellular location, solubility, allergenicity, antigenicity, toxicity, presence of signal peptide and membrane helixes, probability of using non-classical secretion pathway, involvement in antibiotic resistance, B and T lymphocyte epitopes were predicted using the bioinformatics softwares, Overall, the results showed that among 18 in silico investigated proteins, 7 proteins with transcriptional regulation, pili assembly, metalloprotease, involvement in fatty acid biosynthesis, adhesion, involvement in urea catalysis and alkaline phosphatase roles, theoretically have potential of involvement in pathogenesis and vaccine design. They could be experimentally investigated
In silico Structural and Functional Analysis of Hypothetical Proteins of Acinetobacter baumannii Antibiotic Resistant and Hypervirulant Strains
پاشازاده، مریم
pashazadeh, maryam
زرینی، غلامرضا، استاد راهنما
زاده حسینقلی، الهه، استاد راهنما
سیاه و سفید
نمایه‌سازی قبلی
