۲۱۱۰۱پ
per
بررسی مقاومت ژنتیکی به نماتودهای دستگاه گوارش با تشکیل بلوک‌های هاپلوتیپی در گوسفندان نژاد قزل
Study of Genetic Resistance to Gastrointestinal Nematodes with Haplotype Based Association in Ghezel Sheep Breed
/وحید جلیلی
: کشاورزی
، ۱۳۹۷
، میرزائی
۷۳ص
چاپی - الکترونیکی
کارشناسی ارشد
علوم دامی گرایش ژنتیک و اصلاح نژاد دام
۱۳۹۷/۱۱/۱۷
تبریز
نشانگرهای مولکولی یک ابزار دقیق و کارآمد برای برآورد تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیت های یک گونه هستند و امروزه به طور گسترده ای برای تشریح روابط ژنتیکی و تکاملی بین گونه ها و جمعیت ها و مطالعه عدم تعادل لینکاژی استفاده می شوند .استفاده از آزمون هاپلوتیپ‌ها می‌تواند سبب بهبود قدرت آزمون‌های ارتباط ژنومی شود زیرا هاپلوتیپ‌ها نسبت به نشانگر انفرادی می‌توانند در LD بالاتری با QTL یا ژن‌های کاندیدا باشند .بنابراین استفاده از آزمون هاپلوتیپ‌ها ممکن است باعث شناسایی نواحی ژنومی با ارتباط معنی‌دار روی صفت مورد بررسی باشد که در آزمون ارتباط تک نشانگری شناسایی نمی‌شوند هدف از اجرای پژوهش حاضر، مطالعه ارتباط بین جایگاه‌های اسنیپ‌های شناخته شده در گوسفندان نژاد قزل با صفات تعداد نماتود کل و نماتود همونکوس کنتورتوس بررسی شد .پژوهش حاضر داده‌های مربوط به ۲۵۵ راس گوسفند نژاد قزل استفاده شد که داده‌های استفاده شده در این طرح دارای اطلاعات مربوط به صفت تعداد انگل در مدفوع (FEC) و ۱۵۷ جایگاه اسنیپ‌های مربوط کروموزوم‌های مختلف در گوسفند بود .داده‌های مربوط به صفت FEC در ابتدا برای هر نماتود در هر گرم مدفوع (EPG) در نرم‌افزار SAS۹.۲ محاسبه شد .آنالیز واریانس صفات و بررسی معنی‌داری اثرات ثابت با فنوتیپ تعداد تخم انگل در مدفوع به تفکیک برای نماتود کل و نماتود همونکوس کنتورتوس انجام شد .نرمال‌سازی داده‌های مربوط به EPG با استفاده از روش نرمال‌سازیCox - Boxصورت گرفت .کنترل کیفی داده‌های ژنوتیپی با استفاده از نرم‌افزار Plink۱.۹ انجام شد .نقشه عدم تعادل لینکاژی با استفاده از نرم‌افزار هاپلوویو رسم گردید .بلوک‌ها به صورت دستی و با استفاده از نرم‌افزار plink۱.۹ تشکیل شد .ارتباط بین صفات نماتود کل و نماتود همونکوس کنتورتوس با هاپلوتیپ‌های تشکیل شده در نرم‌افزار plink۱.۹ بررسی شد .نتایج حاصل از بررسی ارتباط صفات با بلوک‌های هاپلوتیپی، به ترتیب باعث شناسایی ۲ و ۲۱ بلوک معنی دار (>(۰۵/۰p برای صفات کل نماتود و نماتود همونکوس کنتورتوس شد که بر روی کروموزوم‌های۲ ،۳ ،۶ ، ۱۲ و ۱۶ قرار داشتند .تعداد ۷ ژن با استفاده از تشکیل بلوک‌ها شناسایی شد که عملکرد ایمنی داشته و باعث ایجاد مقاومت به نماتود دستگاه گوارش در گوسفند قزل می‌شدند .ژن‌های شناخته شده در این تحقیق در مسیرهای کنترلی سیستم ایمنی نقش دارند .ژن‌های PRLR ، IL۱۰ ، TLR۵ ، STAT۲ ، CXCR۴، NLRC۴ و TLR۶ به ترتیب در کروموزوم‌های شماره‌ی۱۶،۱۲ ،۱۲ ،۳ ،۲ ، ۳ و ۶ مسیر کنترلی سیستم ایمنی که باعث ایجاد مقاومت به نماتود دستگاه گوارش می‌کنند اعمال نقش می‌کنند
NLRC4 and TLR6 genes respectivey was controlled 16, 12, 12, 3, 2, 3 and 6 immune control patways, that was cause genetic resistance to gastro nematode in sheep ،CXCR4 ،STAT2 ،TLR5 ،IL10 ،Molecular markers are a precise and efficient tool for estimating genetic variation between and within populations of a species and are now widely used to describe the genetic relationships and evolutionary between species and populations and to study the Linkage Disequilibrium (LD). Using the haplotypes test can improve the power of genomic communication tests because haplotypes can be higher in LD than QTLs or candida genes than individual markers. Therefore, the use of haplotype tests may reveal genomic regions with a significant relation to the trait that are not identified in the single markers. The aim of this study was to investigate the relevance between the known SNP in Ghezel Sheep breed with the traits of total nematode and nematode of haemonchus contortus . In this plan, data from 255 sheep breeds of Ghezel were used that data was used in this study that was contained information of Fecal Egg Counts (FEC) and 157 position SNP of different chromosome in the sheep. At first, The data of number of nematode parasites were calculated for Egg per gram (EPG) in SAS9.2 software. Analysed of variance of traits and significant between fixed effects with fecal egg count by SAS9.2 software. Transformation data of Egg per gram of fecal was done using the Box-Cox transformation method in SAS9.2 software. The Quality Control (QC) genotypic data was performed using the Plink1.9 software. Linkage Disequilibrium (LD) mapping was shown using the Haploview software. The Haplotype blocks were created manually using the Plink1.9 software. The association between nematods traits with haplotypes were formed in Plink1.9 software. The result of study of association between traits with haplotypes blocks was shown significance blocks (p>0.05) respectively for total gastro nematode and haemonchus contortus nematode, that were located on 2, 3, 6, 12 and 16 chromosomes, respectively. And, have been identified seven type of gene by using halpltype block association analysis, that have immune functunal and was causes genetic resistance to gastro nematode in Gezel sheep breed. The known genes in this study have important role in cintroling the immune system. The PRLR
Study of Genetic Resistance to Gastrointestinal Nematodes with Haplotype Based Association in Ghezel Sheep Breed
جلیلی، وحید
Jalili, Vahid
رافت، سید عباس، استاد راهنما
علیجانی، صادق، استاد راهنما
شجاع، جلیل، استاد مشاور
سیاه و سفید
نمایه‌سازی قبلی
