شهید زین الدین در ۱۸ مهر سال ۱۳۳۸ ش، در خانواده ای مذهبی در شهر تهران، در خیابان ری دیده به جهان گشود. پدر و مادرش که از معارف اهل بیت برخوردار بودند، اسمش را «مهدی» نهادند. پدر شهید زین الدین از فعّالان مذهبی و سیاسی زمان خود بود که بارها به خاطر فعالیت سیاسی، تبعید و در شهرهای مختلف کشور، طعم تلخ زندان رژیم طاغوت را چشیده بود. مادر آن شهید نیز از مربیان قرآن و اشاعه دهندگان معارف اهل بیت علیهم السلام به شمار میرود.