مباحث رساله حاضر در سه فصل گنجانده شده است. در فصل نخست، با عنوان «درآمدی بر بحث علم و دین» تاریخچه کوتاهی از چگونگی تعامل و ارتباط علم ودین در دوره های مختلف و حساس تاریخی، ارائه شده است. و از آنجا که زمینه و خاستگاه این بحث جهان مسیحیت می باشد، بیشترین حجم فصل را به نحوه ارتباط علم دین در جهان مسیحیت اختصاص داده ایم. و در پایان، به موضوع علم و دین در جهان اسلام پرداخته ایم و نشان داده ایم که بستر و در نتیجه سرنوشت آن در جهان اسلام ، بسیار متفاوت از جهان مسیحیت بوده وهست. در فصل دوم، که به لحاظ موضوع رساله مهمترین بخش را تشکیل می دهد، درصدد تبیین دیدگاه ننسی مورفی درباره ارتباط علم و دین برآمده ایم. این مهم را در سه مرحله انجام داده ایم: نخست، ارتباط علم و دین را از دیدگاه مورفی دوباره تبیین کرده ایم و نشان داده ایم که از نظر وی، دیدگاه «دو جهان بودن علم ودین» ونیز دیدگاه قائل به «تعارض علم ودین» مردود می باشد و این دو در تبادل سازنده با یکدیگر می باشند. در مرحله دوم، به بیان سلسله مراتب علوم، از دیدگاه مورفی پرداخته وتبیین کرده ایم که وی، با رد تحویل گرایی و اثبات «فیزیک گرایی غیر تحویلی» الهیات را به دلیل وسیع و نیز پیچیده تر بودن قلمرو و موضوع مطالعاتی آن، در رأس سلسله مراتب علوم قرار می دهد. از آنجا که جای دادن الهیات در سلسله مراتب علوم، و آن هم در راس این سلسله مراتب، مستلزم اثبات علم بودن الهیات است،در مرحله سوم به اثبات علم بودن الهیات از دیدگاه مورفی پرداخته ایم. برای انجام این مهم، دو گام برداشته ایم نخست به تحولات همسان درعلم وا لهیات اشاره کرده، نشان داده ایم که، از نظر مورفی، تحول در روش های گوناگون، نظیر تحول از روش قیاسی به روش استقرایی و آنگاه به روش فرضی قیاسی ، که در علوم طبیعی رخ داده است ، عیناً در الهیات نیز صادق می باشد. و آنگاه درگام دوم، به طور خاص به تبیین روش شناسی برنامه های پژوهشی علمی را در الهیات به اثبات برساند و از این طریق علم بودن الهیات را روشن سازد.در اینجاست که وی سعی می کند با جسارت بی نظیری، همه عناصر و سازه های تشکیل دهنده «روش شناسی لاکاتوش»، یعنی هسته مرکزی، راهنمونی سلبی، راهنمونی ایجابی، فرضیه های کمکی و داده ها را در الهیات مورد نظر خود نیز نشان دهد و برای آن مصادیقی ارائه کند. جسارتی که مورفی در این مورد نشان داده است، باعث طرح مباحث بدیع و جنجال برانگیزی شده است. از این رو، در فصل سوم، به نقد و بررسی دیدگاه وی نشسته ایم. اشکالات مورد نظر را در سه دسته کلی گنجانده ایم؛ الف اشکالات مربوط به روش شناسی مورد نظر مورفی ب اشکالات مربوط به محتوای دیدگاه مورفی و ج اشکالات مربوط به بیان دیدگاه های دیگر.