یکی از نخستین محصولاتی که توسط ملاصدرا در زمینه مستعد حکمت متعالیه به بار نشست، نظریه توفیق و هماهنگی میان عقل و وحی است. حکمت متعالیه ملاصدرادر مقام داوری تنها به برهان ملتزم است. معارف دینی از نظر حکیم متاله از سه راه ظواهر نصوص، عرفان و حجت عقل قابل تحصیل است. در این میان، ادله نقلی تنها با احراز چند شرط مهم از جمله عدم تعارض با اصول عقلی قابل اعتنایند. بدین ترتیب هیچگاه میان دلیل عقلی که دلالتش قطعی است و دلیل نقلی (با دلالت ظنی) معارضه ای رخ نداده و در صورت وقوع، دلیل عقلی ترجیح می یابد. برخی از پیروان حکمت متعالیه میان عقل و بخش های مختلف معارف دینی نسبت هایی چون معیار و میزان، مصباح و سرانجام مفتاح یافته اند. ملاصدرا در اجرای عملی طرح توفیق میان عقل و دین، به اثبات فلسفی معاد جسمانی نیز اقدام می کند. این تلاش او از جهاتی چند قابل تامل است. در ادامه، نظریه «وحدت حقیقت فلسفی و حقیقت دینی» به عنوان مبنای طرح توفیق عقل و دین مطرح شده و برخی از آرای مخالفان گزارش می شود. سرانجام تفاوت روی آورد متالهانی چون طباطبایی با نگرش صدالمتألهین مورد تاکید قرار می گیرد.