اندیشمندان اسلامی؛ از فقها و متکلمان گرفته تا حکما و عرفا، توجه ویژه به آیات قرآنی داشته و هر کدام به قدر توان خود و با تکیه بر معارف و مبانی علوم تخصصی خود به تفسیر کلام الهی پرداخته و متون تفسیری گران قدر و مختلفی را نگاشته اند. اختلاف موجود ریشه در تعریف متفاوت آنان از تفسیر صحیح و معیار دارد. ملاصدرا به عنوان بنیانگذار مکتب فلسفی حکمت متعالیه نیز با تکیه بر دو مشرب مشائی و اشراقی تفسیر قرآن کریم نگاشته است. این مقاله بر آن است تا تبیین ملاصدرا از تفسیر صحیح و مفسر معیار را استخراج نماید. وی در قرآن پژوهی خود بر این باور است که مفسر با تکیه بر استدلال و برهان عقلانی از یک طرف و بهره گیری از مجاهدات نفسانی و اشراقات قلبی می تواند به ملکوت و غیب الهی متصل شود و اشارات عرشی و فیوضات ربانی را در آیینه قلب خود مشاهده کند و به مرتبه مکاشفه و رسوخ در علم برسد و معانی آیات الهی را دریافت کند. این دو مقوله در متن تفسیر ملاصدرا با تعبیر «هدایة عقلیة» و «لمعة اشراقیة» بیان شده اند. وی معتقد است که نفس مفسر قرآن با گذر از قوه فکر و مجهز شدن به قوه حدس و سپس با شدت در قوه حدس می تواند به مدارج بالاتری از قوا دست یازد؛ قوه ای که در نوع کمالی آن قوه قدسیه نامیده می شود. ملاصدرا شدت در حدس و قوه قدسیه را علاوه بر نفس شریف انبیاء علیهم السلام برای مفسران غیر نبی -به شرط مواظبت از نفس و رفع موانع و حجاب های نفسانی و اشتعال کبریت نفس به انوار ملکوتی- نیز قائل است. وی تفسیر خود را محصول چنین فرآیندی و فیوضات ربانی بر قلب خودش می داند.