یکی از مسائل مهم در حوزه سیاست دینی، آن است که حقوق اقلیت سیاسی در یک جامعه اسلامی، از دیدگاه قرآن، حدیث و سیره نبوی(ص) چیست و چه محدودیتهای ویژهای برای آنان وجود دارد ؟این پژوهش در این باره به این نتیجه رسیده است که همه افراد جامعهای که دارای سیستم حکومتی است، برگردن حاکمیت آن جامعه حقوقی دارند. در داشتن این حقوق، تفاوتی میان اکثریت(موافقان) سیاسی و اقلیت(مخالفان، منتقدان و دگراندیشان) سیاسی، وجود ندارد. بسیاری از حقوقی که تک تک افراد جامعه بر حاکمیت جامعه دارند، از دسته حقوق فطری، طبیعی و انسانی است و در این گونه از حقوق، عنصر اکثری بودن هیچ امتیازی به حساب نمی آید. پژوهش در قرآن، حدیث و سیره معصومان - به ویژه سیره پیامبر اسلام، امام علی و امام حسن(ع) که توانستند تا حدودی بر مردم حکومت کنند- حکایت از آن دارد که دین نیز مانند وجدان، عقل و سیره عقلا، این دست از حقوق را برای همه افراد جامعه لازم میداند و صرف اقلیت بودن، نفی کننده هیچ یک از این حقوق نیست. اقلیت سیاسی، دارای یک سری محدودیتهایی نیز هست که مهمترین آنها، عبارتنداز: پرهیز از فعالیتهای برانداز، پرهیز از فعالیتهای ضد امنیتی و خروج از پستهای کلیدی کشور. اگرچه محدودیت اول و دوم، نسبت به همه افراد جامعه - چه حاکمیت و چه اقلیت - قابل اعمال است؛ ولی به جهت حالت انتقادی و مخالفت اقلیت سیاسی، این برحذرداشتن برای اقلیت سیاسی، قوت بیشتری مییابد. محدودیت سوم، ویژه اقلیت سیاسی است؛ چرا که مقتضای طبع، دین، قانون و قواعد حاکم بر سیستم دموکراسی، این است.