فقه الحدیث دانش فهم حدیث است که راه رسیدن به فهم درست سنت را به ما نشان میدهد. عالمان بسیاری از جمله شیخ بهایی برای رسیدن به فهم درستی از سنت، توجه ویژهای به فقه الحدیث داشتهاند. بررسی شیوه فقه الحدیثی شیخ بیانگر آن است که وی به پیش نیازهای فهم حدیث آشناست. نسخههای مختلف یک حدیث را مییابد و به تصحیف توجه میدهد. مراحل فهم حدیث نزد شیخ بهایی را میتوان در دو مرحله کلی جای داد: فهم ظاهر و فهم مقصود. در فهم ظاهر، مفردات، علم صرف و دانش نحو و معانی بیان را به کار میبرد. در فهم مقصود نیز این گونه عمل میکند: به قرینههای متصل کلامی مانند تلمیح، تعلیل، سوال و تفسیر راوی و سیاق کلام نظر دارد. قرینههای منفصل که مهمترین آن خانواده حدیث است مورد اهتمام شیخ بهایی است و با این قرینه که همان احادیث مشابه است احادیث را تخصیص و تقیید میزند و گاه تبیین میکند. برای تبیین حدیث از آیات بهره میگیرد. وی با توجه به احادیث معارض، در حل تعارض یکی از دو حدیث را بر جواز، استحباب، کراهت، ضرورت، تخییر یا تقیه حمل میکند. از دانشهای بشری چون طب، حساب و نجوم برای شرح حدیث استفاده میکند. وی با موانع فهم حدیث در هر دو مرحله فهم ظاهر و فهم مقصود آشناست. موانع فهم ظاهر نزد ایشان، اشتراک لفظی، تحول زبان، خلط لغت با اصطلاح، عدم توجه به حروف جر، آشنا نبودن با تصنیف و ادراج و تقطیع نادرست است. وی در شناخت موانع فهم مقصود به موانعی چون عدم تتبع کامل، سادهانگاری، جمود، اخباریگری و بیتوجهی به آهنگ سخن آگاهی میدهد. مباحث فقه الحدیثی شیخبهایی عمدتا در آثار حدیثی وی مطرح شده که عبارتند از: الحبل المتین، مشرق الشمسین، الاربعون حدیثا، الحدیقه الهلایه و مفتاح الفلاح. وی در مباحث فقهالحدیثی از عالمان برجسته و محدثان بنامی چون شهید ثانی، شیخ حسین پدر خود، محقق کرکی و شهید اول تاثیر پذیرفته است و تراث حدیثی خویش را وامدار این بزرگان است