در این پژوهش روش استاد محمد صادقی در تفسیر"الفرقان فی تفسیر القرآن بالقرآن و السنه "مورد بررسی قرار گرفته و مطالب آن در سه فصل تنظیم گردیده است.فصل اول:کلیات، که شامل دو بخش است، ابتدا زندگینامه مولف بر اساس مصاحبه با خود ایشان و منابع موجود، گزارش شده و در بخش دوم منابع مورد استناد مفسر همراه با توضیحی از مهم ترین آنها و نحوه بهره گیری مفسر از این منابع توضیح داده شده، سپس توصیف مختصری از تفسیر"الفرقان "ارایه گردیده است.فصل دوم:که اصلی ترین و محوری ترین فصل تحقیق است شامل سه بخش می شود، بخش اول مربوط به مبانی تفسیر الفرقان است و ابتدا دو واژه"تفسیر "و"تاویل "و مباحث پیرامون آن، مورد بررسی قرار گرفته و به دیدگاه مفسر در این زمینه پرداخته شده و سپس مبانی تفسیر الفرقان نظیر:حجیت ظواهر قرآن، باطن قرآن، محوریت قرآن(عدم نیاز به بررسی سندی روایات به عنوان پیامد این مبنا شرح داده شده است)،عدم اعتماد قرآن بر باطل و عدم تواتر قرائات سبع کاویده شده است.در بخش دوم به روش تفسیری الفرقان پرداخته شده است و با توجه به عمده ترین مستندات مورد استفاده مفسر یعنی قرآن و سنت، موارد و نحوه به کارگیری این مستندات ارزیابی گردیده و به این نکته اشاره شده است که مفسر،تفسیر قرآن با قرآن را راهی برای دستیابی به نخستین معانی و مفاهیم قرآنی در چارچوب دلالت مطابقی آیه می داند و روایات به عنوان وسیله و ابزار، جهت ارایه نمونهها و معانی پنهان آیات و بیان مصادیق مورد استفاده قرار گرفته است.بخش سوم به گرایش های تفسیری الفرقان اختصاص دارد و مهم ترین گرایش های مفسر هم چون:علمی، فقهی، اجتماعی و کلامی به پژوهش نهاده شده است.در این میان نظرات فقهی مفسر در نوع خود بدیع و تازه است.و بالاخره در فصل سوم عمده ترین مباحث علوم قرآنی در تفسیر الفرقان، مورد بررسی قرار گرفته است که عبارتند از:محکم و متشابه، اعجاز، اسباب نزول، تحریف ناپذیری قرآن، نسخ در قرآن